시외버스는 번호 없이 행선지만 표기하고 다니는 것이 일반적이나 버스 회사에서 승객의 편의를 위해 임의로 번호를 부여하는 경우가 있다. 수도권에서 많이 운행되는 형태며, 노선 번호가 부여되었다고 해서 환승할인이 적용되지는 않는다.

GBIS에 등록되어 있는 노선들에 한해 구분을 해두었다.[1] R표시는 시외버스, A표시는 공항버스다. 또한 고양시와 인천공항터미널을 잇는 3200번과 3300번도 시내버스인 직행좌석버스 면허로 운행되나 공항버스와 유사한 요금 체계를 지니고 있다.

경기고속에서는 주로 공항으로 가는 노선에 숫자를 부여한다. 선진고속 인수 후에는 철원군으로 가는 노선에도 번호를 부여했으며, 이외에 통학용으로 쓰이는 시외버스 노선에도 노선을 부여했다.

다른 곳과 달리 번호만 붙여놓았지 큰 연관성은 없다.

2012년부터 수도권에서 운행하는 시외버스 중에 일부가 GBIS에 등록되었다. 취지는 좌석버스처럼 운행되는 노선에 대한 배차 정보를 알려주자는 것. GBIS에 등록되기 전에 회사에서 번호를 부여한 경우는 그 번호를 그대로 사용하고, 새로 번호를 부여받는 시외버스는 일부 노선을 제외하고 간선급행버스처럼 8천번대 번호를 부여받았다. 하지만 공동 배차를 하는 노선들이 업체에 따라 각자 다른 번호를 부여받았기 때문에 일부 노선들의 배차가 크게 벌어져 보이는 단점이 있다.

번호가 부여된 시외버스들은 기존 버스와의 혼동을 막기 위해 앞에 R(시외버스) 또는 A(공항버스)를 붙인다. 차량 앞부분에 LED가 장착된 차량들은 LED에도 R을 표기하기 시작하였고, LED가 없는 차량들은 번호가 써진 팻말을 두고 다니거나, 아예 스티커로 부착한 채로[10] 다니고 있다.

GBIS에 등록된 시외버스는 여기서 확인할 수 있다. 다만 여기는 일부 노선들만 기재되어 있다. 누락된 노선의 예로는 강원고속/진흥고속의 R1204번(동서울 - 춘천, 무정차) 등이 있다.(유니버스 등 일부 차량에 노선번호가 부착되어 있음)

사실상 환승활인이 적용되지 않는 경기도 간선급행버스처럼 운영한다고 보면 편하다. 안내방송도 이비카드를 사용하는 회사가 많다. KD의 시외버스라면 더더욱 이런 식으로 운영한다.

과거 GBIS에 시외버스 노선들이 등록되었을 때 번호를 부여받았으나, 일부 노선들을 제외하곤 GBIS에서 조회할 수 없게 되었다. 다만, 번호는 남아 있으며 운행사원용 단말기에서만 번호를 확인할 수 있다. 정보가 확실하게 맞는 경우 기울어진 글씨로 처리해놓았다.

보면 알겠지만 번호가 지정되지 않은 것이 불명일 정도로 운행횟수도 그럭저럭 괜찮은 편[25]인 노선도 있지만 대부분의 노선들은 있는지도 모르거나 사람들이 탈까말까 할 정도로 상당히 난해한 노선들이 많다. 이런 노선들은 당연히 1일 1회 운행이 대부분이다.

제주도의 시외버스는 일찌감치 시내버스와 통합하여 운영했으며, 2013년부터 정식으로 번호를 붙이고 운행했다. 하지만, 경유지별로 번호가 분리되어 있지 않아 민원이 많았고, 이로 인해 2014년 8월 18일에 세분화된 현재 번호로 변경되었다.

2017년 8월 26일 개편 때 600번만 남고 모두 시내버스로 전환되었다.