1991년에 영종여객에서 신설하였다. 이 때는 BS106, 에어로시티, BH116이 운행하였고, 노선은 '상대원(사기막골) - 종합시장 - 모란역 - 가락시장역 - 잠실역 - 아차산역 - 동부간선도로 - 노원역 - 수락산역 - 의정부터미널 - 양주역 - 덕계동 - (구)동두천터미널 - 미2사단 정문 정류소' 였다.

그러다가 1998년 사기막골 차고지를 경기교통에 매각하면서 종점이 성남종합버스터미널로 변경되고 전곡시외버스터미널로 연장되었다.

2005년, 선진네트웍스가 영종여객을 인수하면서 선진고속으로 이관되었다.

2005년 말에 아차산역에서 잠실로 넘어가는 루트에서 동서울터미널을 경유하도록 조정되었으며 '3300'번으로 노선번호가 생겼다.

2006년에 동서울터미널을 경유하지 않도록 변경되었다.

2007년 9월 1일 인가를 분할하여 의정부-노원-강남-성남노선의 3100번과 의정부-전곡-연천의 3200번을 분리신설했다. 다만 3200번은 얼마 못 가서 다시 흡수되었다.

2008년에 노선만 경기고속에 인수되었다. 기존차량은 선진고속이 회수하여 철원권과 3100번으로 이동했으며 경기고속 시외부에서 다니던 BH116이 투입되었다.

2011년 7월에 덕정역을 경유하게 되었으나 얼마 못 가 다시 무정차한다.

2012년을 전후로 고읍지구를 경유하게 되었다. 당시에는 G1300번도 없어 고읍지구에서 서울로 나가는 교통편이 좋지 않았기 때문에 투입되었다. 따라서 양주역은 서지 않는다.

2013년에 전곡터미널로 단축되었다. 하지만 기존에 연천역으로 가던 승객들을 위해 1일 4회는 연천역으로 지원운행하게 되었다.

2016년 4월 6일에 '덕계동 - 현진에버빌 - 덕현초교 - 의정부성모병원 - 의정부터미널' 구간이 '덕계동 - 양주역 - 암매교차로 - 의정부터미널'로, '장암주공5단지 - 수락산역 - 도봉면허시험장 - 동부간선도로 - 아차산역 - 강변북로' 구간이 '장암주공5단지 - 의정부IC - 서울외곽순환고속도로 - 토평IC - 강변북로'로 변경되었다. 또한 동두천역, 동두천터미널, 장암주공5단지 등 상당수 중간 정류장에 정차하지 않는 대신 양주역과 장암역에 추가로 정차하였다. 관련 게시물

민원으로 인하여 2017년 4월 3일부터 장암주공5단지와 동두천역에 다시 정차한다. 관련 게시물

2018년 4월 1일에 양 방향 막차가 21시에서 20시로 앞당겨졌다. 관련 게시물

2018년 4월 20일에 성남종합버스터미널에 주박하는 차량이 사라지고 연천역으로의 지원운행이 1일 2회로 감회되었다. 연천 출발 차량은 GBIS에서 위치 확인이 되지 않는다. 동시에 시간표가 대폭 개정되면서 첫차와 막차도 일괄 개정되었다.

2020년 1월에 전곡터미널에서 연천공영버스터미널로 연장되었고, 1일 12회로 감회되었다.

경기도 공공버스 G6000번의 개통 준비로 인하여 2020년 1월 13일에 태평고개, 가천대, 장암역, 장암주공아파트, 의정부터미널, 양주역, 덕계동, 덕정사거리를 경유하지 않고 세종포천고속도로 직통으로 변경되었다. 관련 게시물

2020년 4월 20일에 '가락시장 - 장지역 - 모란역 - 성남종합버스터미널' 구간이 '가락시장 - 수서역'으로 단축되었다. 관련 게시물 다만 GBIS에는 5월 7일이 돼서야 반영되었다.

2020년 8월 5일부터 신평화로 상에 위치한 ‘의정부민락’[2], ’민락IC’ 정류소에 정차한다. 해당 정류소에서 G1300번의 대안으로 잠실역까지 이동할 수 있으며, 이 노선은 더 나아가 수서역까지도 이동가능하다.

선진고속 시절에는 과속이 일상이었지만, 경기고속에 인수된 뒤로는 90km/h로 정속하였다. 하지만 현재는 국도에서 80~90km/h, 고속도로에서 100~105km/h로 다니면서 다시 과거의 속도를 보여주고 있다.

경원선 통근열차와 함께 1호선이 소요산역으로 연장된 후 수요가 급감하였다. 과거에는 양주시, 동두천시, 연천군에서 서울시까지 가장 빠르고 편하게 이동할 수 있는 노선이라 수요가 많았지만 1호선 연장 이후에는 3번 국도의 열악한 도로사정과 동부간선도로의 상습 정체, 비싼 요금으로 인해 이용객이 급감했으며, 그로 인해 감차도 많이 되어서 전성기에 15분 간격으로 다니던 노선이 이젠 40~60분에 1대씩 다닌다. 또한 G1300번이 개통한 이상 양주시 구간의 수요도 어떻게 될지 의문.

무정차 구간은 세종포천고속도로를 이용한다. 출퇴근 시간때에도 이용률이 적은 도로라 상대적으로 정체구간이 없이 이동이 가능하다.

모든 차량이 선진고속 출신 BH116 NGV였다. 인수 당시에는 디젤차량으로 다녔으나, 2010년 초에 철원권 노선과 차량 맞교환을 하면서 디젤차량을 3001번으로 보내고, 여기에 있던 가스차를 3300번으로 가지고 왔다. 2015년 중반에 잠깐 유니버스와 에어로 스페이스가 투입되기도 했다. 2017년에 기존 차량들이 노후되면서 대차되어 타 노선으로 넘어가고 현재는 FX II 116으로 운행한다.

경기도 공공버스 노선인 의정부 - 잠실 버스가 개통되면 의정부시 수요가 분산될 것으로 보였으나 이제는 양주ㆍ의정부를 아예 경유하지 않고 연천 - 전곡 - 동두천 - 잠실역 - 가락시장 - 모란역 - 성남으로 조정되면서 연천ㆍ전곡ㆍ동두천에서 잠실권 및 성남 등지로 가는 직행노선의 성격이 강해졌다. 또한 노선을 수서역으로 단축하면서 이 성격은 더 강해졌다.

의정부~잠실~성남 구간을 제외하면 거의 공기수송으로 다녀서 동두천~전곡 구간을 단축시키려고 하였으나, 연천군의 항의로 인하여 무산되었다가 오히려 연천구간이 메인이 되어버렸다.

파일:Seoulmetro1_icon.svg 수도권 전철 1호선: 동두천역, 소요산역

파일:Seoulmetro2_icon.svg 서울 지하철 2호선: 잠실역

파일:Seoulmetro3_icon.svg 수도권 전철 3호선: 수서역, 가락시장역

파일:Seoulmetro8_icon.svg 서울 지하철 8호선: 가락시장역, 잠실역

파일:SBLine_icon.svg 수도권 전철 수인·분당선: 수서역

파일:SRT.png 일반 철도역: 수서역(SRT)