송도지구가 개발되면서 서울로 향하는 통근수요는 늘어났지만, 서울시에서는 서울로 들어오려는 광역버스의 신설 및 증차를 반대하는 상황이었다. 이에 시외버스 면허를 가지고 있는 삼화고속은 광역버스보다 상대적으로 개통이 쉬운 시외버스로 9900번을 만들었다. 이렇게 9900번은 2006년 5월 25일에 신설되었다. 삼화고속 공지사항

2006년 6월 12일부터 강남대로 버스중앙차로에 들어가게 되었다. 삼화고속 공지사항

2007년 4월 16일부터 논현주공5단지와 주적골삼거리에도 정차하게 되었다. 삼화고속 공지사항

하지만 인가대수가 적어(4대) 배차간격이 한 시간이나 되어 주민들의 불만이 높았다. 하지만 여전히 서울시청은 증차를 반대하는 상황. 그러던 차에 삼화고속은 배차간격을 줄이기 위해 충격적이고도 새로운 방안을 생각해냈는데... 바로 같은 회사 소속인 9802번과의 통합이었다.

9802번 역시 인가대수가 적어(3대) 배차간격이 긴 것이 문제였는데, 두 노선이 양재시민의숲부터 고속터미널까지 운행구간이 같으니 두 노선을 합치면 배차간격을 줄이는 효과를 낼 수 있었다. 그래서 2008년 1월 23일 삼화고속은 두 노선을 통합해 9900번으로 운행하기 시작했으며, 이 과정에서 10% 증차도 이루어졌다. 이 때 노선변경 공지에서 9900번 + 9802번 = 9900번이라는 문구를 사용했는데, 이에 버스 동호인들은 이 노선을 19702번이라고 불렀다.

배차간격이 한시간이던 두 노선은 통합되면서 배차간격은 2~30분으로 줄었으나 편도운행시간이 3시간이 넘는 엽기적인 노선이 되었다. 관련 기사 관련 게시물

신반포로 버스중앙차로가 개통됨에 따라 2009년 6월 13일부터 버스중앙차로를 경유하게 되었다. 삼화고속 공지사항

2009년 8월 26일부터 강남역과 신논현역은 중앙차로 정류장 대신 가변차로 정류장을 경유하게 되었다. 삼화고속 공지사항

왕길지하차도 공사로 인해 2009년 11월 21일부터 2010년 2월 18일까지 봉수대로 대신 검단로445번길로 우회하였다. 삼화고속 공지사항 1 삼화고속 공지사항 2

그러다가 노선분리 민원이 들어와 2010년 6월 1일에 다시 9900번과 9802번으로 노선이 분리되었으며 배차간격은 다시 늘어났다. 삼화고속 공지사항

2011년 6월 1일에 9901번으로 흡수되었다. 삼화고속 공지사항

신논현역과 강남역은 가변차로 정류장에 정차했다.

광역급행버스 M6405와 달리 남동구 논현동과 강남구 논현동을 잇는 유일한 노선이었다.

정말 많았던 삼화고속의 인천 - 서울 간 시외버스 노선들 중 마지막까지 시외버스로 남아있던 노선이었다.

요금은 성인기준 2,500원(통합 당시)/2,600원(분리 이후)이었다. 송도 - 만수동은 1,100원.

서울 지하철 2호선 : 강남역

수도권 전철 3호선 : 고속터미널역, 양재역

서울 지하철 7호선 : 고속터미널역, 반포역, 논현역

서울 지하철 9호선 : 고속터미널역, 신논현역