여러가지 이유가 있지만 그중에도 가장 대표적인 이유로는 1기 지하철 계획 당시에도 그렇고 현재도 그렇고 도로와 선형이 유사하게 지어진 구간들이 많은데, 그래야 건물이나 유적지나 기타 랜드마크등을 지나가는것보다 공사가 쉽고 빠르기 때문이다. 하지만 도로의 특성 상, 어느 한 곳의 중심지보다는 경계를 나눠주는 역할을 하는 경우가 더 많기 때문에 경계에 역을 짓다보면, 자연히 어느 한쪽의 지명으로 역 이름을 짓게된다. 가령 예를들면 천호역의 경우 역의 주소지는 성내동인데 반해 역 근처의 중심 랜드마크는 천호동 로데오 거리이다. 게다가 역 서쪽으로는 풍납동이 자리잡고 있기 때문에 가장 유명한 지역명인 천호를 붙이게 되었고 오히려 천호동과 명일동의 중간에 있지만 주소지도 천호동이면서 지리상 천호동의 중심부에 가까운 역에게는 굽은다리역이라는 생소한 이름을 붙여주게 되었고 더 심한 경우 잠실역은 신천동에 있는데 관습상 지명으로 잠실역주변을 잠실이라고 부르는 통에, 정작 잠실동에 있는 역이 신천역이 되어버렸다가, 잠실새내역이 되었으며 잠실동에 있는 다른 역은 성내천이 주변에 흐른다는 이유로 오랜시간동안 성내역이였는데, 강동구에 이미 성내동이란 지명이 있단 이유로 잠실나루역으로 개정되었는데 둘 다 매우 최근의 일이며, 그래서 그런지 서울 지하철 2호선을 이용하는 승객들도 다소 어색해 하는 편이다. 단적으로는 이러한 이유들로 추후에 지어지는 다른 노선들은 지역의 중심부에 지어져도, 지역 경계에 있는 역이 이미 지명을 가져가 버려서 쌩뚱맞은 역 이름을 갖다 붙이게 되고 그것이 혼란의 악순환이 되어버렸다. 그래서 분명 지역명을 붙이는 지하철역 이름인데 역 이름만 가지고는 지하철의 선형이나 지역위치를 가늠하기 어려워지게 되었다.

지하철 노선 번호도 대체로 개통 순서와 일치하지 않는 경우가 많다. 예를 들어 서울 지하철 6호선은 5, 7, 8호선보다 늦게 개통되었다.[62] 그리고 중국에서도 베이징 지하철 3호선은 아직 건설 중인 반면 13호선은 1, 2호선 다음으로 개통되었다.

지하철이라고 해서 꼭 지하만 다니는 것은 아니고,[63] 어떤 시에서 운영하는 지하철이라고 해서 꼭 그 시 안을 벗어나지 않는 것은 아니다. 수도권 전철도 수도권만 다니지 않고 충청남도와 강원도 일부 지역도 다닌다.

기차 역시 본래의 의미인 증기 기관차(蒸氣機關車)가 철도차량 전체를 의미하는 것으로 확장된 단어이니 이름과 실제가 다른 것 중 하나이다.