2009년 2월 22일에 신설되었다. 신설 당시 무진대로를 경유한다는 점 때문에 큰 이슈가 되기도 했다. 이 때는 삼원운수와 공동 배차로 운행했다.

2010년 11월 25일에 문흥39번의 배차간격을 줄이기 위해 '첨단1동주민센터 ~ 광주교통방송' 구간을 문흥39번에게 주는 대신 39번으로부터 '첨단2동주민센터 ~ 정부광주지방합동청사입구' 구간을 받아왔다.

2012년 3월에 대창운수 단독 운행으로 바뀌었다.

자동차전용도로 구간인 무진대로를 경유하여 수완/첨단 일대에서 상무지구로 빠르게 이어준다. 2018년 현재 광주시 시내버스 노선 중 무진대로의 자동차전용도로 구간을 이용하는 노선은 금호46번과 송암68번, 수완03번, 선운14번 넷 뿐이다. 그러다 첨단-상무지구는 빛고을대로를 이용하는 첨단22번이 생기면서 이용객이 분산되었고,[2] 금호46번은 주로 수완지구에서 상무지구를 잇는 노선으로 자리를 잡았다.

수완지구의 남북 중심축 간선인 임방울대로를 전 구간 이용하는 노선이기도 하다. 사실 임방울대로의 경우 수완지구 조성 당시부터 중앙버스전용차로를 설치하였다. 그러나 턱없이 부족한 차량대수로 수완지구를 커버하기도 힘들었고, 그것도 가변차로와 중앙차로 정류장을 전부 만들다보니 사실상 가변차로 정류장만 이용, 결국은 조성한지 2년여만에 버스중앙차로에서 해제되었다. 안습. 많은 수완지구 경유 노선들이 턱없이 부족한 차량대수로 수완지구 이곳저곳을 커버하다보니 많이 분산되어있는데 이 노선은 임방울대로 직진이라는 특징이 있다.

그 외에도 광주 시내버스 최초의 상무중앙로 왕복 노선이라는 특징도 있다. 상무지구를 남북으로 운행하는 노선들 전부 기존 상무지구에 조성된 아파트를 연계하기 위해 상무역 방향으로만 상무중앙로를 운행하고 시청 방향으로는 그 옆의 치평로를 이용한다. 그래서 상무지구 일대의 회사로 출근하는 경우 치평로까지 걸어가서 이용해야 하는 불편이 있었다. 그러나 46번은 신설 당시부터 상무중앙로를 왕복하면서 상무지구 주민들 이용보다는 상무지구행 출퇴근 수요를 더 신경 쓴 노선임을 알 수 있다. 당 노선과 선운14, 첨단22, 지원25, 운림50[3]을 제외하면 상무중앙로를 왕복하는 노선은 환승 시 추가 요금을 내야 하는 '''좌석버스 02번밖에 없다(...)

은근 운행대기가 잦다. 종점인 서광주역에 도착하자마자 바로 국립광주과학관 방향으로 출발하는 경우도 있다. 그만큼 운행간격이 길다는 증거다. 광주무역회관에서 1대 놓치면 서광주역 방향 다음 차는 이제 막 농수산물유통센터에 도착했고, 과학관 방향 다음 차는 운천저수지 사거리에서 신호 대기 중인 경우가 많다.

광주광역시에서 현대 블루시티가 가장 많이 운행 중인 노선이다. 총 6대 운행 중이며 위 사진의 개선형 블루시티도 운행 중이다.

빛고을 아트버스를 1대 운영 중이다.

뽕따러 가세에 나온 적이 있다. 본 노선을 운행하는 김호진 승무원이 사연을 신청하여 대창운수 차고지에서 촬영을 했다. 차량은 블루시티였고 다른 동료 승무원들이 사진도 찍고 손까지 흔들어 주었다.

수소일렉시티가 운행 중인 노선이다.

파일:광주1상징.png 광주 도시철도 1호선: 운천역, 상무역

일반 철도역: 서광주역(무궁화호)