2006년 12월 21일 대개편 때 신설된 송정39번(도산동 - 대인광장 - 구시청사거리 - 광주역육교 - 전남대후문 - 오정초교 - 문흥지구 - 장등동)이 전신이다. 송정19번과 함께 160번을 견제하던 노선이며, 2006년 개편 전까지 따지면 전남대 후문을 지나 살레시오고까지 운행하던 구 6번도 전신이라 할 수 있겠다. 이때도 6분 정도 간격으로 160번을 견제했다. 본래 이 노선은 현대교통에서 운행했다.

현대교통의 재정난으로 이 노선은 문흥18번과 함께 대창운수로 넘어왔다.(시기 미상)

한때는 광주 도시철도 1호선의 미개통 구간만 운행하던 상무02번[3] 및 송정196번[4]과 통합하여 '나주터미널 - 장등동'으로 변경했다. 하지만, 광신고속의 반발로 인해 2007년 2월 21일 다시 환원되었다.

2008년 4월 광주 도시철도 1호선이 전 구간 개통했고 수완지구 입주가 시작되면서 동년 9월에 노선을 변경했고 수완지구로 들어가게 되었다. 노선 번호도 지금의 문흥39번[5]으로 변경됐다. 첨단92번과 함께 처음으로 수완지구에 들어가게 된 노선.[6] 노선 변경 당시에는 수완지구 도로망이 완벽히 구축되지 않았던 관계로 목련마을8단지까지만 운행했다가 수완지구 내부 도로들이 개통되면서 수완동공원까지 정식 연장되었다.

이후 임방울대로 전 구간 개통과 맞물려 수완지구 - 첨단지구 통학 수요를 위해 대창운수 본사[7]까지 연장되어 현재에 이른다. 그리고 이 노선의 배차간격을 줄이기 위해 '첨단2동행정복지센터 ~ 정부광주지방합동청사입구' 구간을 금호46번이 운행하고 있었던 '첨단1동행정복지센터 ~ 광주교통방송' 구간과 교환하였다.

아무래도 금남로와 대중교통이 많이 안 다니는 서구청 앞 도로(경열로)를 다니다 보니 광주고 학생, 금남로나 양동시장 가는 사람 등 다양한 승객들이 탄다.

문흥지구에서 금남로로 제일 빨리 가는 노선이다.문흥80번은 필문대로를 경유해 조선대에서 금남로 방향으로 우회전 해서 시간이 더 걸린다. 게다가 필문대로는 출, 퇴근 시간때는 상습정체 구간이고 신호등도 많아서 소요시간이 더 걸린다.

2008년에 노선이 바뀔 때 문흥지구 구간[8]과 서구청 구간만은 유지되었는데, 아무리 160번에게 밀린다지만 고정수요가 꽤 있어 이 두 구간은 그대로 유지된 것으로 추측된다.

정말 여담이지만 예술의거리입구 정류장을 양방향 경유하는 유일한 간선 노선이다.[9] 다른 간선 노선들은 다 국립아시아문화전당 방향으로 좌회전하는데 반해 이 노선은 금남로5가역 방향으로 우회전한다. 그러므로 이 구간의 고정수요도 있는 편.

금남로 일대에 행사가 있어 통제되더라도 우회없이 그대로 다녔으나, 2017 충장축제에서 수창초교 정문까지 통제됨에 따라 일부 시간대에 우회했다. 양동시장역 ~ 수창초교후문 ~동부소방서 ~ 전남여고[10] ~ 광주고로 우회했다.

송정39번 시절에는 광주광역시 간선버스 중에서 전라남도(나주시) 땅을 밟은, 즉, 광주광역시 시외로 나가는 거의 유일한 노선이었다.[11] 현재 대형버스 투입 노선들 중, 광주광역시 시외로 나가는 유일한 시내버스 노선은 좌석02번이다.

2013년에 매월26번, 일곡38번과 함께 버스에 두다다쿵 래핑을 한 적이 있었다.

2020년 11월 20일부터 금호36번과 함께 현대 일렉시티 차량 1대가 운행에 들어갔다.[12]

수완지구에서 광주종합버스터미널 가는 수요가 많음에도 이 노선은 동천마을로 돌아간다. 이에 반해 무진대로를 경유해서 더 빨리 가는 수완03번이 생기면서 광주종합버스터미널로 가는 수요 대부분을 빼앗겼다.[13] 대창운수에서도 수완03번이 문흥39번의 수요 대부분을 뺏을 걸 예상한 건지 03번 신설 때 이 노선의 가장 최신 차였던 15년식 NSAC을 수완03번으로 이동시켰다. 이후 첨단09번으로 이동되었다.[14]

이 노선은 광주광역시 남구를 제외한 동,서,북,광산구 4개의 구를 모두 경유하는 근성노선이다. 기ㆍ종점은 분리 노선인 자사의 첨단23번과 동일하지만 이 노선은 말바우시장, 금남로4가역, 양동시장, 서구청, 광주종합버스터미널, 동천마을, 수완지구로 정말 엄청나게 뱅뱅뱅 돌아간다. 빨리 가려면 첨단23번을 타는 게 정신건강에 이롭다. 이거 타면 1시간 30분을 날린다. 광주 시내 여행하고 싶으면 이 노선을 추천.[15] 또한 문흥지구/각화·우산·두암동에서 터미널을 가려고 할 때도 이거 말고 동문대로 연선 주민은 송암47번이나 담양311번을, 문흥지구 주민이라면 문흥53번을 이용하자. 이 노선은 금남로4가, 양동시장, 서구청으로 뱅뱅 돌아간다. 이거 타면 40분을 날린다. 문흥지구 ~ 구도심 ~ 서구청 구간에서도 우세를 점하지 못하고 있는데 그 이유는 송정19번의 평일 배차간격이 약간 더 좋기 때문이다. 그리고 그 구간에는 160번이 있기에 문흥39번의 미래는 암울하기만 하다. 첨단에서 터미널로 가는 수요도 애초에 자사노선 첨단09번의 인지도가 훨씬 크고 이 노선은 수완지구로 돌아가기 때문에 09번의 보조 노선으로 지내고 있다. 첨단지구 - 수완지구 통학수요도 친구 노선인 금호46번과 또 다른 자사 노선인 일곡10번이 있기 때문에 이 세 노선 중 먼저 도착하는 걸 타는 식의 수요분담으로 지내고 있다.. 본래 지선이던 일곡10번이 간선으로 전환되어 셋 다 간선이라 차급의 차이는 없다.

무등도서관 - 동천마을 구간은 약 50분이 소요되지만, 이 노선은 굴곡 노선들의 특징인 물갈이 수요가 주를 이루고 있으나 회전율이 높은 만큼 꽤 많이 타므로 빈 자리를 찾기 힘들다.

2017년 광주 시내버스 개편으로 경쟁노선이 상당히 많아졌는데 이 노선은 경쟁노선에 반해 배차가 비슷하거나 더 길고, 돌아가는 구간이 많아서 고된 경쟁을 하게 되었다. 안습 친구 노선인 금호46번에는 블루시티 16년식 3대, 15, 17, 18년식 각각 1대가 투입되는데 반해, 이 노선은 다른 노선에서 굴리다 온 차가 대부분이라 차의 연식이 11~13년식이었으며, 가장 좋은 차가 15년식 현대 저상 3대이다.[16][17] 그러다가 2018년에 첨단23번과 차량 트레이드를 행하면서 11년식 상당수를 보내고 12~14년식 차량들이 들어왔다. 그나마 좋은 14년식 차량이 들어오면서 차급은 꽤 나아졌다.

파일:광주1상징.png 광주 도시철도 1호선: 금남로4가역, 금남로5가역, 양동시장역, 돌고개역, 농성역

일반 철도역: 극락강역(무궁화호, 누리로)