구마모토현에 위치한 도시. 구마모토현의 남서부에 위치하며 면적은 구마모토현에서 가장 넓고 인구는 구마모토시, 야츠시로시에 이어 3번째로 많다. 한자어로는 천초시.

아마쿠사 제도의 남부에 위치하며, 가장 큰 섬인 시모시마의 서부 지역(구 혼도시 지역)이 중심지이다. 시모시마 이외에도 두번째로 큰 섬인 우에시마의 대부분을 차지하고 있고, 고쇼노우라섬이나 요코우라섬, 쿠스모리섬, 타케섬, 요코시마섬, 츠지섬 등 많은 섬이 관내에 있다.

우에시마에서 카미아마쿠사시와 접하며 시모시마에서 아마쿠사군의 레이호쿠마치와 접한다. 북쪽으로는 아리아케해를 끼고 나가사키현의 미나미시마바라시와 접하며 남쪽으로 작은 해협을 끼고 이즈미군의 나가시마초와 접한다.

지형은 대부분 산림으로 이루어져 있고, 평야는 하천변이나 해안가에 있어서 시가지는 주로 해안가에 밀집해있다.

과거에는 히고국의 아마쿠사군이였으며, 이 영역은 히젠국의 카라츠번(현 사가현 카라츠시)에서 지배하고 있었다. 그 당시 카라츠 번주였던 테라자와 히로타카(寺沢広高)는 아마쿠사에 토미오카성(富岡城)을 쌓고, 마을을 만들었다. 그러나 몇 십년뒤 시마바라의 난이 일어나면서 테라자와는 쫒겨나고 아마쿠사군에는 '토미오카번'이 생겨났다.

그 뒤에는 막부가 직접 다스리는 막부령[3]이 되었고, 폐번치현 이후에는 아마쿠사현[4]이 되었다. 그러나 4개월만에(...) 나가사키부에 편입되었다가 1869년에 나가사키부가 나가사키현으로 이름이 바뀌면서 나가사키현 소속이 된다.

1871년에는 야츠시로현 소속이 되었으며, 1873년에는 시라카와현에 야츠시로현이 합병되면서 시라카와현 소속이 되면서 시라카와현 아마쿠사군이 되었다. 그러나 또 1875년에 시라카와현이 구마모토현으로 이름을 바꾸면서 최종적으로 구마모토현의 아마쿠사군이 되게 된 스펙타클한 역사(...)를 가지고 있다.

그 후 1954년에 혼도마치를 중심으로 한 8개의 정촌이 합병하여 혼도시가 되었고, 우시부카마치를 중심으로 한 5개의 정촌이 합병하여 우시부카시가 되었다.

2004년에는 아마쿠사군의 북부 지역이 카미아마쿠사시로 떨어져 나갔고, 2006년에 레이호쿠마치를 제외한 모든 아마쿠사군의 정촌과 우시부카시, 혼도시를 합병하여 현재의 아마쿠사시가 되었다.

섬이다보니 철도나 고속도로는 없고, 가장 가까운 역과 IC는 각각 미스미선의 미스미역, 큐슈자동차도의 마츠바세IC이다.

국도는 266번 국도, 324번 국도, 389번 국도가 지나가고 있다.

시내버스는 큐슈산코 그룹 산하인 산코버스(産交バス)에서 운행 중에 있다. 고속버스로는 구마모토에서 우토, 미스미를 경유하여 혼도 버스터미널까지 오는 '아마쿠사호'(あまくさ号)가 있다. 그 외 버스는 혼도 버스터미널을 중심으로 운행하고 있다.

혼도항에서 우키시 미스미마치로 가는 크루즈선이 운행하고 있다. 소요시간은 57분 가량이며 운임은 천엔(왕복은 1,800엔)이다.

우시부카항에서는 이즈미군의 나가시마초의 쿠라노모토항으로 가는 크루즈선이 운행하고 있으며, 오니이케항에서는 나가사키현 미나미시마바라시의 쿠치노츠항으로 가는 여객선도 운행중이다.

그 외에도 관내의 여러 섬을 잇는 노선들이 운행 중에 있다.

관내에 아마쿠사 비행장이 있으며, 아마쿠사 항공에서 구마모토 공항과 후쿠오카 공항 노선을 운행하고 있다.