1977년에 영국의 식민지이며 동아프리카 3국의 지역협력 기구였던 동아프리카 공동체가 해산되고 뒤이어 동아프리카 항공(영어: East African Airways)이 파산한 후 설립되었다. 국영 기업으로 시작했다가 동아프리카의 중심이라고 할 수 있는 케냐의 경제 성장에 따라 항공사도 같이 성장했으며, 1996년 4월 민영화되면서 아프리카의 항공사들 가운데 가장 성공적이고 안정적인 길을 걸었다. 하지만 최근 홍콩, 하노이 노선을 단항한 것으로 봐서는 회사 운영에 어려움이 있는 듯하다.
허브는 나이로비 조모 케냐타 국제공항.

2010년 항공동맹 스카이팀의 정회원으로 가입되었다.

무한도전 해외극한알바 특집 때 정준하, 박명수가 이용했던 게 이 항공사다. 당시 방콕에서 나이로비로 10시간 동안비행.

대한민국에는 취항하지 않는다. 대한항공이 한때 운항했던 인천 ↔ 나이로비 직항에 코드셰어로 때웠으나, 그놈의 에볼라 때문에 현재는 나이로비행이 단항하면서 그런 거 없다. 대신 대한항공의 방콕 직항(인천발 KE651, 방콕발 KE652)에 편명공유코드를 걸었다.(인천발 KQ5103, 방콕발 KQ5104)

에어 프랑스-KLM 항공사에서 사용하는 Flying blue 마일리지 프로그램을 사용하고 있다.

케냐항공은 다음의 항공사와 코드셰어를 하고 있다.
Hongkong Airlines, Air Mauritius, Air Mozambique, Precision Air, Air Burkina, Air Namibia, Kulula, Royal Air Maroc, Etihad airways, Jet airways, Jambojet, Korean Air

* 국내선

* 아프리카 국제선(서아프리카, 중앙아프리카, 남아프리카)

* 아프리카 국제선(동아프리카)

* 아프리카 외 국제노선