1991년에 귤현동 이북의 교통 편의를 위해서 '장기동~부평역' 노선으로 신설되었다. 이후 검단으로 연장되었다가 1998년에 박촌동으로 단축되었다. 1999년에 인천 도시철도 1호선이 개통되면서 적자로 폐선되었다.

2002년 4월 1일에 문학터널이 개통되면서 주민들이 문학터널을 거쳐 주안역으로 가는 노선을 개통해달라고 요청한다. 하지만 조합에서는 적자를 핑계로 계속 개통을 미루다가 2003년 9월 1일에야 개통한다. 신설될 당시에는 '동춘동 - 동막역 - 유수지 - 소망화장품 - 동춘역 - 적십자병원 - 가천대 - 동남스포피아 - 청학공고 - 문학터널 - 신동아5차 - 신기시장 - 시민공원 - 주안역' 구간으로 선정되고 인천여객에서 운행을 시작하였다.

2004년 6월 3일에 도영운수로 매각되었다. 증차를 거쳐서 60분이던 배차간격을 20~30분으로 줄였고 산단 통근 수요를 잡기 위해서 남동인더스파크를 경유하게 되었다. 시간이 흐르면서 문학터널 경유 노선들이 서서히 수요가 늘어나고 인지도도 쌓이는데, 차량은 코스모스라 수요에 비해 차가 너무 작다는 민원이 들어왔다. 이후 BS090 증차분으로 투입되었지만 이 차량도 출퇴근 수요를 모두 감당할 수 없었다. 결국 빗발치는 민원으로 인해 2009년에 한성여객 출신 SAC이 도입되었고, 이듬해에 NSAC F/L이 도입되면서 모든 차량이 대형버스가 되었다.

2011년 12월 22일에 '청능로사거리 - 인천논현역 - 논현고잔동행정복지센터' 구간이 연장되었다.

38번의 종점이 서창2지구로 변경되면서 2012년 3월 28일에 '논현고잔동행정복지센터 - 에코메트로5단지 - 논현13단지' 구간이 연장되었다.

2012년 4월 17일에 1대가 증차되어 배차간격이 개선되었다.

2012년 12월 28일에 '청능로사거리 - 논현동힐스테이트 - 에코메트로506동 - 소래포구역 - 소래마을 - 한라아파트 - 논현12단지' 구간이 '청능로사거리 - 논현9단지 - 논현14단지 - 소래풍림아파트 - 한라아파트 - 소래포구역'으로 변경되었다.

2014년 4월 23일에 1대가 35번으로 이동되었다.

2014년 6월 25일에 소래포구역에서 4시 45분, 동춘역에서 4시 50분에 출발하는 차량이 생겼다.

2016년 7월 30일에 동춘공영차고지로 입성하면서 논현지구 구간을 새로 신설된 68번에게 넘기고 연수지구에서 바로 주안역으로 향한다. 또한 기존에 경유하던 용담마을 대신 6번, 6-1번을 대신하여 청학중학교를 추가로 경유하게 되었다. 배차간격은 16~21분으로 조정되었다.

65번이 신설된 덕분에 학익동이나 문학동에 거주하는 주민들이 연수구로 더 빨리 갈 수 있게 되었고, 같은 역할을 하는 65-1번, 81번, 58번이 운행을 시작한 계기가 되어 문학터널을 통해 연수구 - 주안역을 최단거리로 이어주는 노선중 하나이다.

문학터널을 경유하는 모든 버스 노선들이 그렇듯 요금소에 진입하면 카드를 접촉한 후 통과한다.

최단 배차간격은 16분이나 실제로는 20분을 자주 넘기는 수준으로 배차간격이 길다. 주말에는 최대 30분까지 기다려야하므로 배차를 확인하고 이용할것을 추천한다.

2016년 개편당시 개악이 된 케이스이다. 차고지 시종착을 위해 65번과 68번으로 노선을 분할하였는데 이 분할로 인해 수요가 꽤 줄어들었다. 연수동~논현지구 수요가 줄어들었으며, 동춘동에서 주안역을 가고자 할 경우 남동공단으로 우회하는 선형이 되어 시간 소요가 많이 늘어났기 때문. 63번의 선형이 나쁜 것은 아니긴 하지만 63번은 문학터널 직통이 아니기에 다소 부족한 부분이 있다.

파일:Seoulmetro1_icon.svg 수도권 전철 1호선: 주안역

파일:Incheonmetro1_icon.svg 인천 도시철도 1호선: 동막역, 신연수역,[6] 원인재역[A]

파일:Incheonmetro2_icon.svg 인천 도시철도 2호선: 시민공원역, 주안역

파일:SBLine_icon.svg 수도권 전철 수인·분당선: 원인재역[A]