일본 홋카이도 왓카나이시에 위치한 JR 홋카이도의 철도역이며 소야 본선의 종착역이다. 이 역은 일본 최북단의 철도역이라는 타이틀을 가지고 있다. 차내방송에서도 "일본 최북단 역, 종점 왓카나이역에 도착했습니다."라고 나온다. 환승역인 아사히카와역을 제외하면 소야 본선에서 유일하게 에키벤을 파는 역이다. 이곳에서만 파는 가리비가 들어간 사이보쿠에키벤(最北駅弁) 외에도 게살, 성게알 등 종류가 다양하다.

역 주변에는 왓카나이시청 및 레분 섬과 리시리 섬으로 가는 배가 출발하는 왓카나이 페리 터미널이 있으며, 일본 최북단 소야곶(소야미사키)[1]이나 노샷푸미사키 혹은 타 도시로 가는 소야버스(宗谷バス)가 여기서 출발한다. 날씨가 좋으면 노샷푸곶(노삿푸미사키)이나 소야곶에서 라페루즈 해협을 사이에 두고 사할린을 볼 수도 있다.

개업 당시에는 왓카나이미나토역(稚内港駅)이었으며, 현재의 미나미왓카나이역이 왓카나이역이었다. 1939년에 이 역은 왓카나이역으로 개칭되었다. 당연히 당시 왓카나이역도 미나미왓카나이역으로 동시에 개칭되었다.

과거 사할린이 일본 땅이었던 시절에는 한반도의 부산잔교역에서 철도연락선인 부관연락선을 통해 산요 본선의 시모노세키역으로 이어지듯이 여기도 왓카나이잔교역(稚内桟橋駅)에서 치하쿠 연락선을 통해 오토마리를 거쳐 가라후토 토요하라시 토요하라역까지 이어졌었다.

과거 왓카나이공원 로프웨이의 산로쿠역과 가까웠다. 로프웨이 운행 당시 도보로 20분 걸렸으며, 환승할인이 있거나 하지는 않았다. 여담으로 산로쿠역은 1975년부터 2006년까지 일본 최북단 역[2]이었다.

2020년 3월 다이어개정 이후

1면 1선의 단선 승강장이다. 지상역이며, 5층 역사 건물이 붙어있다. 2010년까지는 섬식 승강장이었다. 역 빌딩 쪽으로는 세이코마트, 일본 최북단 영화관인 T-JOY 왓카나이, 기념품 가게, 왓카나이 일대의 노선버스 회사인 소야버스(宗谷バス)의 왓카나이역 터미널 대합실이 위치해있다.

참고로 이 역에서 일본 본토 최남단 종착역인 마쿠라자키역까지 보통열차로만 가는데만 최소 5일이나 걸린다. ((청춘 18 티켓 루트, 2020년 4월 기준) 왓카나이 → 마쿠라자키, 마쿠라자키 → 왓카나이) 신칸센, 특급열차를 타더라도 하루만에 못 가며 이틀이나 걸린다. 대신 숙박시설 등에서 숙박을 하지 않고 이틀 만에 가는 것은 가능하다. 핵심은 선라이즈 이즈모/세토. 시간표는 아래와 같다. (2020년 3월 다이어 개정 기준)[3] 노조미, 미즈호를 탑승하지 않기 때문에 JR패스로도 도전할 수 있다. 여담으로 이 루트는 일본 철도 동호인 사이에서 일명 '돈지랄 루트'[4]로 유명한데, 이유는 이 루트에서 보통열차를 이용하는 구간은 이부스키마쿠라자키선 구간이 유일하며 나머지 구간은 신칸센이나 특급을 타야하는 그야말로 돈을 때려붓지 않으면 불가능한 루트라고 한다. 전 구간 운임만 해도 67900엔(한화 약 70만원)이다.[5] 괜히 일본 철도에서 그린샤를 제외하고 가장 비싼 운임을 자랑하는 루트라는 평이 있을 정도. 물론 외국인(한국인 포함)은 JR패스의 존재로 인하여 절반도 안 되는 가격인 29650엔(7일권)으로 땡칠 수 있고, 같은 가격으로 이 루트를 편도 3회까지 오갈 수 있다.