일본 야마구치현 시모노세키시에 위치한 JR 니시니혼의 철도역이다. JR 화물의 화물역이 있기도 하다. 산요 본선의 경우 이 역을 기점으로 모지역까지는 JR 큐슈의 관할이며, 산인 본선은 원래는 하타부역까지가 산인 본선 구간이지만 이 역까지 운행한다. 신칸센은 이 역에 서지 않으며, 대신 북쪽의 신시모노세키역이나 남쪽 코쿠라역으로 가면 된다.

혼슈와 큐슈 두 지역의 경계라는 특성상 이용객의 불편함을 해소하기 위해 2014년 4월 1일 이후로 이 역까지 큐슈/북큐슈 레일패스 사용이 가능해졌다. JR 큐슈 관할인 시모노세키-모지 구간이 새로 이용 가능하다. 덕분에 규슈 인아웃에 시모노세키를 관광하거나, 부관페리를 이용해 시모노세키에서 큐슈 갔다오는 일정의 경우 훨씬 편해졌다.

역내 매표소(미도리노마구치)에서 패스를 교환할 수 있지만, 여기서는 전국 JR패스나 JR 서일본쪽 발매 패스중 시모노세키가 포함되어있는 패스만 교환 해준다. 규슈 쪽 패스는 쓸 수는 있는데 교환은 안된다(!?). 양사의 경계역이긴 하지만 전반적인 운영권은 JR 서일본에 있기 때문인듯.

JR큐슈패스중 JR후쿠오카와이드패스는 유인개찰구에 도장을 받아 개시하기 때문에 이 역부터 사용 가능하다. 만약 부관훼리를 이용해 후쿠오카쪽으로 가는 일정이 있다면 이용해보는 것도 괜찮다. 그외 북큐슈, 전큐슈패스를 교환받으려면 일반열차를 이용해 일단 고쿠라역까지 가야한다.

시모노세키~코쿠라간 산요 본선의 관할이 JR 큐슈이기에 니시니혼 발행 패스론 코쿠라까지 별도의 운임이 든다. JR 서일본 발매 패스 소유자가 코쿠라로 가고 싶은데 추가요금 내기 싫다면 신시모노세키역에서 신칸센으로 갈아타면 된다.

역은 시모노세키 시가지의 남단에 위치한다. 역 앞에 '시 몰(シーモール) 시모노세키'라는 쇼핑센터가 위치하며, 시모노세키항이 있다. 또 역 동쪽에는 시모노세키항 국제여객터미널이 있어, 부산에서 페리를 탔다면 여기에 내릴 일이 많을 것이다. '시 몰(シーモール) 내부에는 유니클로(2F)를 비롯한 의류점이나 다이소(3F)와 같은 여러 편의 시설이 존재한다. 식당가(4F)는 물론이고 영화관도 붙어 있으며, 시 몰을 벗어나는 순간부터 중소도시의 정겨움(?)을 느낄 수 있으니 어지간하면 이 곳에서 해결하거나 아니면 열차를 타고 인구 백만 대도시 중심지로 있을 건 다 있는 코쿠라역까지 넘어가는 것이 좋다.

산요 전기궤도 쵸칸선과 야마토마치선의 시모노세키에키역이 역 앞에 있었으나 1971년 폐지[1]되었다.

역 근처에 시모노세키항 국제터미널이 있어서 부산국제여객터미널에서 배를 타고 온 한국인 관광객들이 가장 먼저 만나는 역이며 여기서 키타큐슈시 모지구로 배를 타고 넘어갈 수도 있다.

역 남쪽에 시모노세키 종합차량소가 위치하는데, 이 곳은 히로시마현 내의 기동차(키하 40계)와 전동차(115계)의 검수를 진행하는 운용검수센터 이다. 개조 및 중검수, 폐차는 하타부역 바로 옆에 있는 본소에서 진행한다.[2]

일제강점기 당시에는 이 역에서 발착하는 부관연락선과 부산광역시의 부산잔교역을 통해 산요 본선이 경부선-경의선-남만주철도와 연결되는 개념이었다. 부관연락선은 광복과 함께 폐지되었고 한일수교 이후 부관페리가 부활하였으나 이젠 철도연락선이 아닌 일반 페리 노선이기 때문에 이 역과는 직접적인 관련이 없다. 다만 한일공동승차권이 일제시대 부관연락선과 비슷한 방식으로 운영되기는 했다.

전체 3면 6선식이며 3번, 4번 승강장은 하차 전용 승강장이다.

처음에는 바칸역(馬関駅)으로 개업했다. '바칸'이라는 명칭은 당시 도시명이었던 아카마가세키(赤間関)의 약칭으로, 이듬해 시모노세키로 명칭이 바뀌면서 역명도 함께 변경되었다.

JR 큐슈는 교통카드 SUGOCA 사용 지역에 시모노세키역을 넣었지만 JR 니시니혼은 이 역을 포함한 야마구치 일대에 ICOCA를 도입하지 않았다. 따라서 교통카드는 큐슈 방면으로 이동할 때에만 사용할 수 있다. ICOCA도 SUGOCA와 호환되니 사용은 가능하지만 역시 큐슈 방면으로만 쓸 수 있다.[3]

여담으로 이 역에서 사용되는 접근 멜로디들이 JR 히가시니혼 도쿄도 수도권에서 쓰이는 발차 멜로디를 채택하고 있었으나, 현재는 JR 니시니혼이 오사카부, 히로시마현 등에서 사용 중인 발차 멜로디를 채택하고 있다.