일본 홋카이도 왓카나이시에 위치한 JR 홋카이도 소야 본선의 역으로, 왓카나이역이 관리하는 사원배치역이다.

개업 당시에는 왓카나이역이었으며, 6년 후 연장된 현재의 왓카나이역은 왓카나이미나토역(稚内港駅)이었다. 1939년에 이 역은 미나미왓카나이역으로 개칭되었고, 왓카나이미나토역은 왓카나이역으로 개칭되었다.

1943년부터는 오토이넷푸역까지 이어지는 텐포쿠선(天北線)의 종점이기도 하였으나, 1989년에 수요 부족으로 폐선되었다. 텐포쿠선 운행 기간동안 '일본 최북단 환승역'이었으며 현재는 아바시리역이 최북단 환승역이다.

역 주변에는 소야 종합진흥국 청사, 왓카나이 경찰서, 왓카나이신용금고 미나미지점, 왓카나이미나미 중학교, 시립도서관 등이 있다.

2면 3선식 승강장을 갖춘 지상역이다. 과선교를 통해 반대편 승강장으로 건너갈 수 있다. 2번 승강장은 교행시에만 사용하며, 3번 승강장은 여객열차가 정차하지 않고 보선차량 유치선으로만 쓰인다.

개업 당시에는 여객승강장 2면, 여객선 4선, 측선 3선, 화물선 3선과 전차대를 갖춘 규모가 큰 역이었다. 1952년에 역을 남쪽으로 1km 이전하면서 상당수 측선이 철거되었고 1985년 화물취급이 폐지되면서 측선이 모두 철거되었다.