2017년 7월 3일에 운행을 개시하였다. 당시엔 회천4동주민센터가 기점이었다.

양주시의 요청으로 2017년 7월 17일에 회암사지박물관까지 연장되었으며, 출발시간은 기존과 동일하다. 관련 게시물

2017년 12월 경 일부 차량 전광판이 새 전광판으로 교체되었다. 특이하게 다른 노선에는 없는 현재시간 표시가 나온다.

2018년 4월 2일에 두 대가 증차되어 평균 배차 간격이 많이 줄었다. 출근 시간에는 10분 간격으로 오는 시간대까지 생겼다. 다만 교대시간과 첫차/막차 시간대는 여전히 30분 간격으로 운행된다.

2020년 3월부터 코로나-19 영향으로 1대가 감차되어 배차간격이 평일/휴일 동일하게 20~30분 간격으로 조정되었다.

2020년 9월 28일자로 천보초 이북 구간이 '회암사지 - 회천4동행정복지센터 - 천보초' 에서 '양주교통차고지 - 김삿갓교 - 옥정3단지 - 천보초'로 변경된다. 또한 같은 날부터 해당 노선 차량 5대 전부가 전기버스로 교체되어 운행된다. 경원선 연선의 경기북부지역에서는 최초. 다만 이 과정에서 추석 연휴가 끼는 바람에 노선 수정이 전산상 반영되는데 평소보다 시간이 더 걸렸고, 단말기의 오류인지 차량별 위치가 gbis상에 일주일 넘게 제대로 표시되지 않는 일이 벌어졌다. 차량 위치는 10월 7일 오후에야 정상표시되기 시작했다.

자사의 70번대[3]와 80번대[4] 시리즈와는 달리 옥정지구 전용으로 운행하는 최단거리 버스로, 양주신도시 옥정지구의 발전 가속화로 노선 개통시점에 입주한 옥정로 연선의 아파트 중심으로 경유지가 짜여졌다. 옥정동로나 율정로 연선에 위치한 아파트는 80, 83, 108번 등을 이용해야한다.

옥정로를 경유하는 최초의 양주교통 노선이다. 그 이전까지는 옥정 푸르지오 - 대림1차 - 옥정마을 16단지 - 마라니공원 - 장거리.한양수자인1단지 - 덕현초교.덕고개 구간을 경유하는 진명여객의 118번이 유일했다. 이후 90번과 118번 노선 선형을 적절히 섞은 자매노선 81번이 개통되어 수요를 분산하고 있다.

개통 초기부터 자사의 82번처럼 양주시청을 경유하지 않고 바로 양주역으로 향한다. 따라서 양주시청으로 가기 위해서는 옥정에서는 77번을, 고읍에서는 7번이나 108번을, 광사동 이남에서는 7번, 108번과 80번을 각각 이용하는 것이 낫다. 부득이 90번을 이용해야한다면 양주역에서 내려 맞은편의 정류장에서 환승하는 것으로 대체가 가능하다.[6]

회암사지박물관 회차 당시, 회암고개를 경유해 포천으로 넘어가는 78번이 노선 구조상 화합로의 회암사입구만을 경유하는 것과는 달리 박물관 주차장까지 들어와서 회차하였다. 이러한 노선 구조는 이후 개통된 700번도 동일하였다. 하지만 2020년 9월 노선 개편으로 90번은 회암사와 관계없는 노선이 되어버렸다. 개편 시점에는 코로나-19의 영향으로 회암사지박물관이 휴관중이라 큰 영향은 없을 듯 하나, 추후 재개관시 박물관 수요는 700번이 전담하게 될 전망이다.

파일:Seoulmetro1_icon.svg 수도권 전철 1호선: 양주역