2016년 1월 12일 열린 KBO 이사회에서 1년만에 다시 2개 리그로 돌아간다고 발표되었다. 다시 북부/남부의 양대리그제로 회귀 했으며 팀당 96경기[1]으로 진행되며 kt wiz의 2군이 익산으로 이동함에 따라 kt wiz가 고양 다이노스와 자리를 바꿔 남부리그로 편입되었다.

KBO 또는 구단의 제재로 인해 경기출장에 제한을 받고 있는 선수, 국내 프로구단에 입단하지 않은 상태에서 해외에 진출했다가 귀국한 뒤 상무 및 경찰 야구단에 입단한 선수는 경기에 출장할 수 없도록 하였다. 후자의 경우는 2015년 12월 21일 상무에 입대한 김선기(전 시애틀 매리너스 산하 마이너리그)의 사례로 도입되었는데 정작 그는 이 규정을 소급 적용받지 않지만 이후 입대하는 선수들은 복무 기간 동안 퓨처스리그 경기 출전이 불가능하게 됐다.

2016년 5월 16일부터 월요일 야간 경기가 본격적으로 시행된다.[2] 일명 먼데이나이트 베이스볼[3]. 먼데이나이트 베이스볼은 방송중계도 이루어 졌으며, 2군 구장에 야간 경기시설이 갖춰져 있다면 홈에서 개최하지만 그렇지 못한 구장의 경우 1군 홈경기장 혹은 야간 조명시설이 갖춰진 중립구장에서 경기가 열렸다.

먼데이 나이트 베이스볼을 시작하면서 퓨처스리그 공식 엠블럼이 공개되었다.

투수

타자