航空総隊 (こうくうそうたい). Air Defense Command, 항공막료감부가 군정권을 담당하는 것과 달리 항공총대는 전투부대를 담당한다. 항공자위대의 군령권을 총괄하는 조직이다. 한국의 공군작전사령부와 비슷하다. 방위대신 직속이며 휘하에 항공방면대를 둔다. 해상자위대에선 유사한 자위함대가 있으며 육상자위대는 육상총대를 설치할 계획이다.

지휘관은 사령관으로 중장이 보임되며 항공막료장에 오르는 유망전도한 루트이다. 부사령관도 중장이며 막료장은 소장이다.

항공방면대 문서 참조.

항공방면대는 한국 공군의 공군기능사령부와 비슷한데 차이점이 있다. 사령관이 중장급으로 한국의 소장보다 높은 편이다. 한국군에서 방공포병을 담당하는 공군방공유도탄사령부나 방공관제를 담당하는 공군방공관제사령부가 각 공군기능사령부와 동격으로 작전사령부에 속하는 것에 비해 항공방면대는 각 항방대마다 전대급 방공포병부대와 대급 레이더 사이트를 두고 있으며 별도의 방공관제사령부나 방공포병사령부가 존재하지 않는다. 이런 통합운영으로 인해 비조종 출신의 항공막료장이 나오기도 한다.[1] 한국 방공포병의 진급 상한선은 방공유도탄사령관으로 소장이다.

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항공구난단(航空救難団, JASDF Air Rescue Wing)은 항공구조사가 근무한다. 장비는 U-125, UH-60, CH-47이다. 지휘관은 소장이다.

기지경비교도대(基地警備教導隊, Base Defense Development & Training Squadron)는 기지방호를 전문적으로 연구하는 부대이다.

경계항공대(警戒航空隊, JASDF Airborne Early Warning Group)는 조기경보기와 공중조기경보통제기를 운용하는 부대이다.

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비행경계감시대(飛行警戒監視隊)는 경계항공대 소속으로 예전엔 제601비행대였다.

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비행경계관제대(飛行警戒管制隊)는 경계항공대 소속이다. 2014년 4월 20일부터 제602비행대로 개칭된다.

정찰항공대(偵察航空隊, JASDF Tactical Reconnaissance Group)는 정찰기를 운용하는 부대이다. 화산 등을 관찰한다. RF-4와 T-4를 운용한다.

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정찰항공대 소속의 제501비행대(第501飛行隊, JASDF 501st Tactical Reconnaissance Squadron).

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작전정보대(作戦情報隊, Air Intelligence Wing)는 도쿄 요코다 기지에 주둔하는 정보부대이다.

작전시스템운용대(作戦システム運用隊)는 방공지휘군(防空指揮群)과 프로그램관리대(プログラム管理隊)를 통합한 부대로 항공정보를 수집하는 부대이다.

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항공총대사령부비행대(航空総隊司令部飛行隊)는 이루마에 주둔한다. 전자전기 등을 다룬다.

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전자전지원대(電子戦支援隊, Electronic Warfare Squadron)는 사령부비행대 소속의 비행대이다.

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전자비행측정대(電子飛行測定隊)는 사령부비행대 소속의 부대이다.

비행교도대(飛行教導隊, Tactical Fighter Training Group)는 가상 적기(敵機)를 운용하는 부대이다.

고사교도대(高射教導隊, Air Defense Missile Training Unit)는 방공포병 교육을 지원한다.