해상자위대의 기동운용을 수행하는 부대로 지방대의 보조를 받는다. 대한민국 해군의 해군작전사령부에 상당하며 자위함대사령관은 작전사령관에 상당한다. 자위함대사령관 출신들은 덕분에 해상막료장으로 영전하는 경우가 많다일 줄 알았는데 나가타 히로시 이후에 25년 동안 자위함대사령관 출신 해상막료장이 없었다.[1] 스기모토 마사히코가 25년만에 나왔는데 타치카제 은폐사건[2]으로 곧 사임했다. 뒤를 이은 가와노 가쓰토시도 자위함대사령관 출신이긴 하지만 생각보다 많지는 않다.

연합함대처럼 자위함대도 많은 함정들을 보유하고 있다.

관함식 등의 행사도 자위함대사령관이 집행자(執行者)가 된다. 자위함대사령관은 해장(중장)이다.

1953년에 경찰예비대가 제1, 2, 3 함대군(船隊群)[3]을 만들었고 1954년에 해상자위대가 발족하면서 자위함대로 개칭되었다. 휘하 함대군은 호위대군(護衛隊群)으로 바뀌었다.

자위함대사령부가 있으며 그 휘하에 주요 함대, 전단급 부대들이 위치한다.

함대는 한국의 함대와 같은 급이며 대군(隊群)은 어감과는 달리 대군(大軍)이 아니라 대(隊, Squadron)의 군(群, 집단)이란 뜻으로, 전단급 부대(Flotilla)를 말한다. 요코스카, 구레, 마이즈루, 사세보에 총 4개의 호위대군을 보유하고 있다. 또한 준장이 존재하지 않는 자위대의 특성상 함대사령에 해장(중장), 대군사령에 해장보(소장)가 보임된다.

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해상자위대의 원활한 활동을 위해 각종 자료와 정보를 수집해 데이터화 하는 부대. 이들이 보유한 해양관측함 중 각종 최신첨단 설비가 들어간 대형함은 이지스함에 버금가는 가격을 가지고 있다.

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