인천광역시가 창단한 시민구단인 인천 유나이티드가 이번 시즌부터 리그에 참가한다.

1996년 이후 8년 만에 전후기 양대 리그로 나뉘어, 전후기 각각 팀당 12경기씩 치러 순위를 가렸다.

플레이오프 제도를 병행 실시하여 전, 후기 각 1위 팀, 전후기 통합성적 최상위팀과 차상위팀 총 4개 팀이 플레이오프전과 챔피언결정전을 거쳐서 우승 팀을 가렸다.

안양 LG 치타스가 연고지 이전 승인을 받아 안양에서 서울로 연고지를 이전하고 FC 서울로 구단명칭을 변경했다.

전기리그 12경기 6승 5무 1패(승점 23점)로 우승을 차지하였고, 후기리그 12경기 2승 3무 7패(승점 9점)로 13위를 기록하여 플레이오프에 진출했다.

플레이오프에서 통합성적 1위팀인 울산 현대 호랑이를 만나 승리하고 챔피언결정전에 진출, 후기리그 우승팀 수원 삼성 블루윙즈를 만나 1,2차전 모두 2무로 승부차기로 돌입했고 결국 패배하며 준우승을 기록했다.

우성용이 24경기 10골로 득점순위 4위, 따바레즈가 23경기 4도움으로 도움순위 6위를 기록했다.

문민귀가 신인상을 차지했고, 김병지가 특별상을 수상했다.

시즌 베스트 11에 소속선수 중 산토스와 따바레즈가 선정되었다.

2004년 아테네 올림픽 기간동안 대회가 개최되었다.

전체 13개팀이 참가하여, 단일 풀리그로 1라운드씩을 경기를 치른 뒤, 최종 결과 가장 승점이 높은 팀을 우승팀으로 하였다.

12경기 4승 3무 5패(승점 15점)로 7위를 기록했다.

따바레즈가 11경기 5도움으로 대회최다도움을, 코난이 11경기 5득점으로 득점순위 9위를 기록했다.

2004년 12월 14일부터 동년 12월 25일까지 경상남도 일대에서 개최되었다.

1.2라운드 예선을 거친 후에 13개 프로 축구팀과 8개 대학 축구팀, 4개 아마추어팀 및 6개 실업 축구팀이 토너먼트를 통해 우승팀을 가리었다.

32강에서 대학팀인 동의대학교에 충격의 패배를 당하며 대회를 일찍 마감했다.

최순호 감독이 이 대회를 마지막으로 재계약 없이 계약종료로 팀을 떠났다.