당시 개교한 망포고등학교로의 통학을 위해 2008년 3월 3일에 신설되었다. 당시 운행구간은 '망포고 - 벽산빌리지 - 잠원초교 - 태장초교 - 뜨란채A - 현대홈타운 - SK아파트 - 살구골 - 영통공원 - 청명주공아파트 - 청명산 - 황골마을'이었다. 당시 운행차량은 총 4대.

이후 2008년 4월에 현대 카운티 차량으로 급이 내려가면서 기산동으로 연장되었다.

영통홈플러스로 단축되었다. 이 때 차량도 2대로 감차되었다.

2009년 1월 2일에 '영통홈플러스 - 황골마을' 구간이 환원되었고, 동탄이마트로 연장되면서 차량도 4대로 증차되었다.

2009년 7월 23일에 '동탄공영차고지 - 흥덕지구(이마트흥덕점)'로 연장되었다. 차량도 1대 증차된 총 5대.

2010년 2월 4일, 수원버스터미널까지 연장되었다. 상세 구간은 '이마트흥덕점 - 흥덕지구1~2단지 - 태평양화학 - 원천주공1단지 - 한국2차아파트 - 매원중 - 매탄주공4~5단지 - 동수원뉴코아 - 갤러리아수원점 - 농수산물시장 → 권선보성.두산동아.신우아파트 → 이마트수원점 → 수원버스터미널 → 권선시장 → 농수산물시장 → 이후 역순'

하지만 권선시장 구간은 출퇴근시간대를 제외하면 수요가 저조했던 탓에 2011년 6월 20일부로 '동탄신도시 - 기산동' 구간이 단축되었고, 수원버스터미널 대신 서수원터미널과 성균관대역으로 종점이 변경되었다. 이와 함께 우만동, 장안구청 등을 경유하게 되었다.

2012년 초에 수원여대로 연장되었다.

99-2번이 신설되면서, 2012년 9월 4일부터 '수원여대 - 한일전산여고 - 권선구청 - 탑동우방A' 구간 대신 '수원여대 - 한일전산여고 - 칠보/호매실지구' 구간을 운행하게 되었다. 관련 게시물

2013년 3월 5일부로 호매실지구 구간이 변경되어 한일전산여고를 지나지 않게 되었다.

2014년 11월 1일부로 금곡동(강남아파트, 삼익3차)에 들어가게 되었으며, 이마트트레이더스로 노선이 단축되었다. 단축된 구간은 8번과 99-1번이 통합, 변경되면서 맡게 되었다.

2015년 11월 10일에 '이마트트레이더스 - 망포역 - 신영통 - 동탄신도시 - 동탄2신도시' 구간이 연장되었다. 용남고속 공지사항 관련 게시물 동시에 6대가 증차되었는데, 무려 현대 블루시티. 카운티 2대로 다니던 노선을 살리다니

아주대~조원동 구간은 99와 99-2가 제일 빨리 이어주는 관계로 대낮에도 입석을 서는 진풍경을 보여준다. 그 덕분에 아주대-조원동 직통[2]은 동사 88번이나 4-1번이 고전중이다. 해당 노선으로 조원동에서 법원사거리로 가려면 팔달문과 중부대로를 거쳐야 하기 때문이다. 한번 직통 맛을 보면 폐선될 때까지 계속 타게 되는 것을 보여주는 셈.

한때 심한 노선 굴곡을 자랑하던 노선이었지만 흥덕지구 및 영통구청 미경유, 99-1번과 99-2번 분리 신설과 동탄2신도시 연장으로 현재는 예전에 비하면 상당히 곧은 노선이 되었다.

동탄1신도시를 지나가기는 하지만 그 구간이 매우 짧다.[5] 동탄2신도시에서 동탄신도시를 거의 거치지 않고 바로 신영통으로 가는 몇 안되는 노선 중 하나다.[6]

은근히 62-1번과 묘한 라이벌 관계를 지니고 있는데 몇구간빼고는 비슷한 구간을 가지고 있기 때문인데[8] 예컨대 62-1이 지나가면 뒤에 99번이 슬금슬금 다가와 주워먹는 식이다. 하지만 99번이 62-1번보다 배차간격이 길다.

2015년에 잠깐동안 미묘하게 노선을 바꾸기도 했었다. 서수원점 홈플러스를 지나고 강남아파트 쪽에 가는줄 알고 탄사람들은 칠보입구에서 내리는 일이 잦았다. 이 때문에 다시 강남아파트 쪽으로 회차하도록 재변경했다.

수원여대입구에서 조원동(장안구청), 연무시장입구 방면을 갈 때에는 금곡강남아파트와 칠보입구, 이목동 등지를 경유하여 오래 걸리기 때문에 19번을 타는 편이 낫다.

2008년 즈음에는 카운티로 운행하다 이후 글로벌900으로 교체되었고, 2011년 노선 변경 이후로 승객이 급격히 증가하여 2005년식 뉴 슈퍼 에어로시티 한 대를 추가투입하여 운행하다 2012년에는 전차량 대형버스 신차로 교체되었다. 2015년부터는 블루시티가 도입되기 시작하여 2016년에는 88처럼 전 차량 블루시티로 교체하였다. 이전에 운행하던 뉴 슈퍼 에어로시티들은 예비로 격하되거나 99-2번으로 이동하였다. 이후 예비로 격하된 차량 중 일부는 90번으로 이동.

수원에서 제일 긴 노선이다. 74.6km로 62-1번보다 길다.

88번과 마찬가지로 전차량 블루시티이다.

수도권 전철 1호선 : 성균관대역

수도권 전철 수인·분당선 : 매탄권선역, 망포역

일반 철도역: 동탄역(SRT)