1999년 창단하여 부산지역의 터줏대감인 동아대학교와 부산산업대 시절부터 이어오던 경성대학교에 비해 후발주자로 시작하였으나 롯데 자이언츠 출신의 김민호, 조성옥 등 역대 동의대 감독들이 무명 선수들을 맹조련하여 수 차례의 우승을 일궈내었다. 결승전에만 진출했다 하면 지지 않는 결승불패 스토리를 써내려가기도 했다.

그나마 2018년 시즌에 U리그 전반기에서 조 3위, 후반기에서는 조 1위를 기록했다.

전국대학야구선수권대회는 최근에 제2의 전성기를 맞은 강호 연세대에게 5:2로 패하며 8강에서 탈락.

대통령기 전국대학야구대회는 16강에서 또다른 강호 원광대에게 7:5로 패하며 탈락.

대학야구 U-리그 왕중왕전에서는 권역 2위로 1경기 부전승했으나 2라운드에서 약체 계명대에게 충격패하며 탈락.

드래프트에서는 서호철, 신용수 2명이 지명되었다.

2019년 시즌에는 U리그 전반기에서 4승 1무 무패로 E조 1위를 기록, 후반기에서는 8승 1무 1패로 E조 1위를 기록했다.

전국대학야구선수권대회는 연세대에 4:3으로 작년에 이어 또다시 패하며 8강에서 탈락.

대통령기 전국대학야구대회는 16강에서 상대적으로 약체인 경남대에 2:5로 15년만에 충격패하며 탈락.

대학야구 U-리그 왕중왕전에서는 권역 2위로 1경기 부전승하여 결승전에서 성균관대를 만나 6회에 투수진의 난조로 역전당하면서 8:13으로 패하며 준우승했다.

드래프트에서는 노상혁이 지명됐다.

2019년 10월 10일 제 100회 전국체육대회 야구소프트볼 남자 일반부 결승전에서 강릉영동대를 김재현 투수가 7⅔이닝 3피안타 3볼넷 9탈삼진 무실점으로 틀어 막고 타격진이 폭발하여 9:0 완승을 이루어 내면서 2001년에 이어 두번째 체육대회 우승이라는 18년만의 쾌거를 이뤘다.

노경은이 2018 시즌 이후 롯데 자이언츠와 FA 협상이 결렬되면서 1년 간 동의대에서 무적(無籍) 신분으로 개인훈련을 했다고 한다. 때문에 롯데 자이언츠 갤러리에서는 FA에서 의견 차이가 커서 협상이 늦어지거나 이적에 실패할 경우, 동의대 야구부로 가는 것이 아니냐는 예측도 심심찮게 튀어나왔다. 에이전트 해고 전까지 협상이 지지부진하던 이 선수나 아예 결렬 돼 버린 이 선수 등. 이후 노경은이 롯데와 재계약에 성공하면서 선수단에게 크게 한 턱을 쐈다고 한다. 30여 명의 선수단 밥값으로 80여만 원이면 무지 저렴하게 먹은 듯 하다. 염가로 잘 알려진 식당이라고