세종시 연장 이전에는 1번 국도로 바로 가지 않고 용담리 등 다양한 마을들을 거쳐 대평리종점까지 갔다. 2010년 기준으로 대평리에서 유성온천역까지 약 40분 정도 소요되었다. [2]

세종시첫마을에 입주가 시작되자 대평리에서 첫마을까지 연장되었다.

2012년 12월 3일에 세종시 첫마을에서 국토해양부(당시 명칭)까지 연장되었으며, 655번이 신설되면서 대평리, 발산리, 감성리, 국곡리 등 세종시 외곽 마을들을 경유하지 않고 BRT차로로 직통하게 되었다. 대전광역시 공지사항

2013년 4월 22일부터 블루시티 차량으로 정상 운행하는 BRT(990번)와 기존에 운행하던 655번과의 노선중복 문제, 그리고 도안신도시 개발 확대에 따른 수요 증가로 인해 2013년 6월 10일에 폐선되었다. 대전광역시 공지사항 이 때 109번을 보조했던 651번도 폐선됐다. 그리고 폐선의 불편을 줄이기 위해 2013년 6월 1일부터 대전광역시 시내버스 및 대전 도시철도와 세종특별자치시 BRT(990번), 655번과의 무료환승제도가 시행되었다. 이후 개통된 세종특별자치시 시영버스인 1000번에도 동일한 환승 제도가 적용되고 있다. 폐선된 109번이 지나갔던 대평리, 발산리, 감성리, 국곡리에는 기존에 운행하던 655번이 대체하고, 외삼1통은 116번과 세종 655번[4]이 대신 경유하게 바뀌었다.

대전광역시와 세종특별자치시를 연결했던 주요 노선이다. 그러나 둔산동이나 대전역 부근이 아니라 충남대학교까지만 운행하는지라 도심으로 가기 위해서는 다른 버스나 지하철로 환승해야 했다.

물론 시경계를 왔다갔다하니 시계외요금도 받았으며, 티머니로 추가요금을 한 번 더 찍은 후 무조건 앞문으로만 하차했다. '첫마을아파트 - 반석역(시경계)' 구간을 오가는 경우라면 총 요금이 약 2,000원 수준.

배차간격도 25분으로 다소 긴 편인지라 별도의 시간표를 게재하기도 했다. 그래도 배차간격이 답이 없는 공주시 시내버스보다는 낫다 환승 필요없이 그냥 유성에서 내릴 거라면 터미널에서 유성행 시외버스를 타는 편이 나았다. 요금도 비슷하거나 더 싸다.

제32보병사단을 경유하는 유일한 노선이었기 때문에 동원훈련을 가는 사람들이 많이 이용하기도 했다.

세종특별자치시 개발에 맞춰 신설된 크고 아름다운 버스중앙차로를 이용해 첫마을아파트까지 바로 갔다. 무려 외삼삼거리 다음 정류장이 첫마을이었다. 급행4번이라 불러도 손색없을 정도라 한동안 세종특별자치시 BRT를 팀킬하고 다니기도 했다(...)[6] 실제로 BRT와 소요시간상 별 차이가 없었기에 이렇게 된 것.

이후 세종특별자치시에 들어오는 대전광역시 시내버스는 외곽노선인 72번 및 75번만 운행하다가 몇 년 후 1001번과 1002번이 추가됐다.

대전 도시철도 1호선 : 유성온천역, 월드컵경기장역, 노은역, 지족역, 반석역