2007년 10월 10일에 시외직행버스 노선으로 개통되었다. 당시 모습 이 때는 '연수구청후문 - 신연수 - 선학역 - 인천터미널 - 구월동 - 만수동하이웨이주유소 - (고속도로 직행) - 사당역' 구간을 오가는 노선이었다. 삼화고속 공지사항 인천 구간은 이후 9902번 시외버스가 개통될 때 같은 구간으로 운행하게 된다.

2007년 12월 13일에 '사당역 - 이수역 - 이수교차로 - 고속터미널' 구간이 연장되었다. 삼화고속 공지사항

2008년 고유가 파동 때 저조한 수요와 비싼 유류비 문제 등으로 한때 운행중단까지 고려하는 일까지 있었으나 극심한 민원으로 운행중단 시행 바로 전에 취소가 된 적도 있었다. 삼화고속 공지사항 하지만 그 일을 겪고 난 이후에도 긴 배차시간으로 인해서 많은 수익을 벌어들이지 못하는 적자 노선으로 유지되었다.

신반포로 버스중앙차로가 개통됨에 따라 2009년 6월 13일부터 버스중앙차로를 경유하게 되었다. 삼화고속 공지사항

동작대로 버스중앙차로가 개통됨에 따라 2009년 11월 21일부터 버스중앙차로를 경유하게 되었다. 삼화고속 공지사항

2011년, 인천시에서는 국토해양부의 광역버스 진입 거리제한이 풀림에 따라 삼화고속의 경기 면허 시외직행 노선을 상반기까지 형간전환시킨다고 발표했다. 그에 따라서 기존까지 남아있던 삼화고속의 경기면허 직행버스(9800, 9801, 9802, 9902)이 순차적으로 형간전환이 되고 이 노선과 9900번만이 삼화고속에 남은 번호가 달린 시외버스로 남았다. 9502번은 인천시 구간이 없어서 형간전환 대상에 포함되지 않았다.

9900번과 9901번 통합이 논의되었을 당시 광역급행버스 M6410의 정류장 문제로 인해 9900번으로 통합, 에코메트로(한화지구)를 경유하는 방안이 나왔고, 이에 따라 9900번이 미경유하게 될 만수3지구 구간의 경우 9100번이 대신 투입되는 것으로 논의되었다.[2] 그리하여 최종적으로 인천터미널 - 신연수역 - 논현1지구 - 에코메트로 - 강남 노선이 거의 확실시 되는 듯했으나...

5월 25일 삼화고속 공지사항에 게시된 통합 노선의 결과는 정반대로 만수3지구 구간이 남고 당초 논의되었던 한화지구 경유안은 결국 무산되었다. M6410번 정류장 삭제 문제로 불만감이 많았던 한화지구 주민들에게는 큰 실망감을 안기는 소식이었다.

통합노선이 한화지구로 들어가지 않은 데에는 여러 이유가 있었겠지만 가장 큰 원인은 국토해양부에서 광역급행버스에 대한 정류장 제한을 각 지역 첫 정류장 기준 5km 내 정류장수 4개 제한 ▶7.5km 내 정류장 수 6개 제한으로 상향조정을 하면서 M6410번이 다시 한화 9단지로 들어갈 수 있는 여지가 생겼기 때문으로 보인다. M6410번이 미경유하면서 통합노선이 대신 투입하려 했던 계획이 틀어지면서 더 이상 한화지구를 경유할 이유가 없어지고, 그렇게 계획이 무산되었다. 한화지구-고잔요금소 직통노선을 바랐던 한화지구 주민들에게는 아쉬운 소식이 아니었을지...[4]

2011년 6월 1일에 광역노선 전환이 발표되었다. 9900번이 9901번에 흡수되고 9901번의 인천터미널~만수동 구간과 9900번의 만수3지구 구간을 살리고 서울 구간은 9900번에 맞춰 '인천터미널 - 고속터미널' 노선으로 최종 확정되었다. 또한 이 때 기점이 인천터미널로 단축되면서 정류장이 터미널 내부로 이전되었다. 삼화고속 공지사항

하지만 9900번과 통합한 이후에도 여전히 승객 부족에 시달리던 와중에 2011년 삼화고속에서 파업을 한 이후 승객 부족을 이유로 인천시에 폐선 신청을 냈다가 취소한 적이 있다고 한다.(...) 하지만 이 노선에 관심을 가졌던 인강여객이 이 노선을 인수하게 되었으나 인강여객에서는 이 노선을 9100번 증차에 쓸 예정이고 밝혔으며 결국 삼화고속 파업이 종료된 11월 17일에 인천광역시에서 정식적으로 공지했다. 하지만 실제로는 9201번 증차에 쓰였다.

이후 한동안 인천터미널 출발 강남 행 노선이 없다가, 2014년 중순에 9500번이 터미널까지 연장되면서 9901번의 뒤를 잇게 되었다. 대신 인천 구간은 1400번 + 9500번으로 운행된다는 게 차이점. 10900번 하지만 세운교통으로 인수되고 몇 달 뒤 다시 단축되어 인천터미널 출발 강남 행 노선은 다시 하나도 없게 되었다.

2019년 10월 23일 M6439번이 개통됨으로서 인천터미널 출발 강남행이 다시 생겼다.

수도권 전철 3호선 : 고속터미널역

서울 지하철 7호선 : 고속터미널역

서울 지하철 9호선 : 구반포역, 신반포역, 고속터미널역

인천 도시철도 1호선 : 인천터미널역