선수단에 변화가 커서 등번호 배번에도 변화가 많았다. 이전 시즌 등번호를 유지한 선수는 김영광, 김준태, 전민광, 김봉래, 김지훈 5명뿐이었다.

최오백이 23번에서 7번으로 옮기며 주목을 받았고, 조향기는 공격수에서 수비수로 전향하면서 등번호도 19번에서 15번으로 바꾸었다. 올시즌 전역할 김성주가 팀에 복귀했을 때 예전에 김성주가 달았던 등번호인 21번을 김성주에게 넘겨주기 위해 이상기는 21번에서 18번으로 변경하였다. 그런데 18번은 주민규의 등번호라 내년에 주민규가 복귀하면 또 바꿔야하게 생겼다. 김현규는 24번에서 19번으로 바꾸었고 최치원은 66번에서 23번으로 바꾸며 팀에서 벌써 세번째 등번호를 변경(30번->66번->23번)하였다. 팀을 떠날 가능성이 높은 전기성과 신일수는 각각 24번, 16번에서 뒷자리 번호인 93번, 94번으로 변경하였다.

새로 영입한 선수중에 파랑새 백지훈은 수원 삼성에서 오랫동안 달았던 20번 대신에 10번을 달고 뛰게 되었다. 로빙요는 9번을 받았는데 프리시즌중에 체중관리에 실패한 탓에 불어난 몸매때문에 누군가가 떠오른다는 반응이다.

재창단 수준으로 선수단의 변화가 많았다. 임대복귀를 제외하고도 28명의 선수가 들어오고 18명의 선수가 팀을 떠났다. 특히 주민규, 김동철, 타라바이, 미첼, 김동진 등 팀의 주전급 선수들이 군입대, 계약만료 등 다양한 이유로 팀을 떠난 것이 타격이 컸다. 지난 시즌과 마찬가지로 선수영입에 적극적으로 나서기보단 28명의 영입 선수들 중 14명이 신인계약 등 자유계약이고 4명을 임대로 보강하는 등 최대한 효율적으로 움직였다. 다만 자유계약이더라도 규정에 따라 이도성, 최병도는 보상금이 발생하였고, 심영성은 이적료가 발생하였다. 한편 보상금 발생 대상이던 조용태는 클래식에서 챌린지로 이적했기 때문에 보상금이 발생하지 않았다. #

영입과정이 순탄한 것만은 아니었는데, 2016년 12월 26일, 파라과이 공격수 빅토르 아키노와 계약했음을 공식 발표했으나 불과 3일 후 선수 본인이 이를 부인하며 베네수엘라의 데포르티보 타치라와 계약을 하였다. 현지 언론사가 보도한 아키노와의 인터뷰 내용에 의하면 세부조항에서 조율에 실패하여 막판에 계약이 엎어졌다고 하며, 영입이 성사된 것도 아닌데 SNS를 통해 오피셜을 발표한 것에 대해 심기가 불편했음을 언급했다. 다음날 서울 이랜드 구단측은 해당 내용이 일정 부분 사실이고 선수측과 소통하던 중에 착오가 있었지만 오해를 풀고 여전히 선수측과 긍정적으로 대화를 하고 있다고 밝혔다. 하지만 2017년 1월 6일, 구단 페이스북을 통해 아키노에 더해 파블로까지도 한국행이 번복됐음을 최종적으로 발표했다. 파블로는 둘째 아이를 갖게 되면서 한국행 뜻을 접었다고. 영입 오피셜까지 내놓은 외국인을 한 명도 아니고 둘이나 최종 영입에 실패하는, 전무후무한 광경이 펼쳐진데다가 언론보도와는 달리 김동진 선수가 재계약에 대해 구단으로부터 아무 말도 듣지 못했다는 소식까지 더해지며 프런트는 집중포화를 당하고 있다. 저 둘의 영입을 고려하고 타라바이와 칼라일 미첼을 떠나보낸 상태이기에 급하게 보강하지 않는다면 큰 전력손실이 생길 전망.

여러가지로 어수선한 가운데 2016년 12월 23일 구단 대표이사가 박상균 대표에서 이랜드그룹 자산개발 본부장을 역임했던 한만진 대표로 바뀌었으며 1월 9일 박건하 감독이 사임하고 김병수 영남대 감독이 선임되었다. 지난 시즌 후반기에 팀에 부임하여 반년간 좋은 성적을 거둔 박건하 감독을 불과 반시즌만에 사임이라는 형식으로 경질하고 신임감독을 데려온 구단의 결정에 비판의 목소리가 높다. 이랜드그룹이 직원착취로 언론에 뭇매를 맞자 이를 무마하고 시선을 다른 곳으로 돌리기 위해 계약이 아직 완전히 성사되지 않은 2건의 외국인 선수 영입건을 서둘러 발표했으나 실패로 돌아가자 박건하 감독을 희생양으로 삼았다는 얘기가 공공연하게 나올 정도다.

이와는 별개로, 이적 시장이 어느 정도 진행된 후에 선임된 김병수 감독은 처음부터 스스로의 의사로 영입을 하지 못했기 때문에 기존 선수들과 선임되기 전에 영입된 선수들을 얼마만큼 자신의 전술에 융화시킬 것인지가 가장 관건이 되었다.

서울 이랜드 FC/유니폼 문서 참조.

백지훈을 원톱으로 기용하는 파격적인 전술을 선보였지만 결과적으로 무득점하며 별로 효과를 보지 못했다. 어이없는 수비 실책으로 선제골을 내주며 그대로 무너졌고 후반 추가시간에 추가골을 내주며 0대2로 완패하였다. 이로서 3경기 연속 무득점이라는 기록을 남겼다.

3경기 연속 무승(1무 2패)중인 팀과 4경기 연속 무승(3무 1패)중인 수원 FC이 만나 득점없이 그대로 비겼다. 이번 시즌 단 3골밖에 넣지 못하고 있는 빈곤한 골결정력이 또 문제가 되었다.

아산 무궁화와 1대1로 비기면서 팀 창단이래 처음으로 리그 최하위로 순위가 추락하였다.

리그 최하위 두팀간의 맞대결에서 2대0으로 승리하며 무승에서 가까스로 벗어났다. 전반적으로 무딘 공격력은 여전했지만 후반 40분 코너킥 찬스에서 김재현이 선제골을 넣었고 5분후 곧바로 심영성이 쐐기골을 넣으며 승기를 굳혔다. 이번 시즌 첫 원정승이자 첫 멀티골 경기였다. 이번 승리로 7위까지 성큼 뛰어 올랐다.

김영광의 통산 400번째 경기로, 경기시작 전에 축하행사와 정성룡, 이운재, 김병지의 영상축하가 있었다.

이준희가 후반 9분 경고를 받고 5분후에 추가경고를 받으며 퇴장을 당했다. 수적열세를 극복하고 역습과정에서 명준재가 때린 슈팅이 상대 수비수를 맞고 굴절되며 득점을 하였다. 하지만 부산의 코너킥 상황에서 5분만에 동점골을 허용하였고 추가시간에 역전골을 허용하며 1대2로 패배하였다.

답답한 골 결정력을 풀어보기 위해 백지훈 원톱이라는 파격적인 전술을 들고 나왔지만 역시 크게 효과를 보지 못했다. 전반전 골문앞 경합상황에서 명준재의 손에 맞고 들어간 골이 득점으로 인정되며 논란의 단초를 제공하였다. 후반 페널티박스 바로 앞 프리킥 상황에서 동점을 허용하였지만 후반 추가시간에 아츠키의 중거리 슈팅으로 결승골을 기록하며 승리하였다. 하지만 오심이 없었다면 달랐을 경기가 2대1이라는 스코어로 끝났고 승리하였지만 오심으로 얼룩진 결과였다.

정말 오랜만에 맞는 홈경기. 전반전에만 2골을 넣으면서 좋은 기세였으나 후반전에 수비에서 완전히 무너지면서 순식간에 2골을 헌납하면서 동점이 되었다. 후반 88분 백지훈이 1011일만에 득점에 성공하며 극적인 극장골을 넣었으나 추가시간 4분에 역시 수비가 버티지 못하면서 크리스찬에게 골을 먹으면서 또 비겼다.

경기 조금 앞서 19:00부터 옆에 있던 잠실보조경기장에서 WK리그의 서울시청과 경주한수원의 경기가 있었고, 여기도 1 대 1로 비겼다.

지난 시즌 후반기에 팀을 잘 수습하여 막판 6연승을 했던 박건하 감독을 해임하고 영남대의 김병수 감독을 야심차게 데려왔지만 오히려 팀의 경기력은 더 나빠졌다. 공격에서는 최악의 골결정력을, 수비에서는 집중력이 부족한 모습을 선보이며 최악의 전반기를 보냈다. 팀내 최다 득점자가 2골을 넣은 심영성, 명준재, 아츠키라는 것이 현재 팀내 공격진의 부진이 얼마나 심각한지 단적으로 보여준다.

100번째 경기, 그러나...

경기 시작 전부터 비가 주룩주룩 쏟아지면서 개었다가 비가 왔다가를 반복하는 날이었다. 옆에서 야구경기를 하던 잠실야구장도 세 번이나 우천 중단이 되는 등 어수선했던 탓인지, 가족단위의 팬들이 야구장 대신 축구장으로 입장하기도 했다.

한 골을 먹고 바로 페널티킥으로 동점, 그리고 김창욱이 멋들어진 중거리슛으로 데뷔골을 넣으면서 역전했지만, 후반에만 2골을 더 먹으면서 패했다. 두 골 모두 부산의 김문환에게 완전히 수비들이 낙엽마냥 바스라지면서 당한 실망스러운 실점이었다.

경기 종료 후, 팬들에게 인사를 하러온 선수들에게 몇몇 팬들이 큰 소리로 나무라는 등의 사건이 있기도 했다.

몇 번의 득점 찬스를 살리지 못했지만 우세한 경기를 하다가 오심으로 PK골을 내주면서 무너졌다.
심영성은 여전히 존재감이 없었고 김연수, 최오백이 오랜 부상기간을 지나 오랜만에 스쿼드에 들어갔다.

김영광이 팀 통산 리그100경기 출전을 달성하였다. 뜻깊은 기록에도 불구하고 성남 FC를 상대로 또 이기지 못하며 결국 리그 최하위로 추락하고 말았으며 무승 기록을 9경기로 늘려갔다.

알렉스가 2골을 넣는 등 후반에만 4골을 몰아치며 5월 29일 안산전 승리 이후 75일만에 승리를 거두었다. 이날 승리로 9경기 무승에서 벗어날 수 있었다.

알렉스의 4경기 연속골이 터지면서 올 시즌 처음으로 2연승을 하게 되었다. 이번 승리로 8위까지 순위가 올라갔다.

구단 창단 이후 세 번째[19] 해트트릭이자 최오백의 프로통산 첫 해트트릭에 힘입어 리그 3연승을 기록했다.

이번 시즌 챌린지 넘사벽 1위 경남을 2경기 연속골을 기록하게 된 최오백의 득점으로 잡아 팀의 6경기 연속 무패이자 리그 4연승을 기록하게 되었다.

25라운드 대전전 이후 세경기만에 부상에서 복귀한 알렉스가 5경기 연속골을 넣으면 분전했지만 팀의 패배를 막을 수는 없었다.

서울이 전반전에 두 골을 몰아 넣었고, 후반 18분에 부산이 선수 한명이 퇴장당한 데다가 엎친 데 덮친 격으로 선수 3명을 모두 교체한 상황에서 선수가 부상으로 빠지며 경기의 승기를 잡은 듯 했다. 하지만 수비에서 집중력을 잃으며 9명이 뛰는 부산에게 내리 2골을 허용하며 결국 2대2 무승부로 끝이 났다.

알렉스의 골이 옵사이드 판정이 나면서 아쉽게도 무득점 무승부. 남은 경기는 4경기, 4위와의 승점차는 14점으로 벌어지게 되면서 이번시즌도 승격은 불가능해졌다.

2017년, 시즌을 앞두고 신임 대표이사로 한만진 대표가 선임되면서 박건하 감독은 신임 대표이사 체제에서 팀이 새롭게 출발할 수 있도록 구단의 뜻을 받아들여 합의하에 감독직을 사임했다. 신임 감독은 영남대학교 감독이였던 김병수 감독으로 계약기간은 3년이다. 박건하 전 감독처럼 프로 경력은 전무하지만 영남대를 이끌며 대학 무대에서의 명성은 자자했고, 또한 탁월한 전술가적인 이미지가 강했기에 팬덤에서는 환영하는 분위기다. 사실 감독 선임 시기가 늦은 편이었는데 전지훈련 팸투어 인터뷰 중에서 김병수 감독 본인 또한 처음부터 스스로의 의사로 영입을 하지 못한 것을 아쉬워한 바 있다. 그리고 시즌을 8위로 마무리하며 김병수 감독이 자진사임했다. 그러나 사실 보드진의 의중이 반영된 경질성 사임이라는 꼬리표가 달렸다.

나아진 공격력과 여전한 수비력. 여름이적시장에 영입한 알렉스와 최오백, 최치원 등의 맹활약으로 골결정력에서 답답함은 어느 정도 해소했다. 8월에 4경기 연승질주를 하며 반등하나 했지만 그걸로 끝. 이후 또 다시 5무 4패, 9경기 무승을 기록하며 그대로 시즌을 끝마쳤다.