12월 8일 대구는 12명의 신인선수를 영입했다고 발표했다. 이 중에서 경력은 연령별 대표팀에 속해 있던 김대원과 박한빈이 가장 돋보였지만, 정작 가장 주목을 받은 건 특이한 이름을 가지고 있던 정치인이었다.[3]

그 뒤 대구는 올림픽대표팀 소속으로 4경기에 출전했던 수비수 홍정운을 영입하며 수비자원을 보강하였으며, FC 서울 소속의 이재권과 최정한을 영입했다고 발표했다.

해가 바뀌고, 1월 5일. 매일신문에서 남해 전지훈련에 참가하면서 대구FC 선수명단을 공개하였다.

그뒤 대구는 상대적으로 약했던 수비를 위해 수비수 4명(황재원, 박태홍, 정우재, 오광진)을 영입하였으며, 미드필더 같은경우에는 데이비드와 한재웅을 영입했다고 발표하였다. 특히 데이비드는 에델과 절친한 사이로 알려져 주목을 받았다.

그뒤 외국인 선수들이 대거 나간 공격진같은 경우에는 세징야와 파울로를 영입을 하여 공격진 보강을 했다고 한다.

1월 12일, 대구는 선수단 현황을 업데이트 하면서 이원재, 박민선, 세르징요가 방출됐음을 사실을 알렸다.

1월 18일, 대구는 최호정이 성남 FC으로 임대를 갔다는 소식을 알렸다.

1월 21일, 대구는 조나탄이 브라질 1부리그 스포르트 헤시피로 이적했다는 사실을 알렸다.

1월 28일, 대구는 이준희가 서울 이랜드에 입단했다는 사실과 장백규가 충주 험멜로 임대를 떠난다는 사실을 알렸다. 후에 이준희의 서울 이랜드 입단이 취소되기는 했지만, 이 소식은 대구팬들에게 큰 충격을 안겨다 주었는데 이는 두 선수가 각각 4년, 2년 동안 대구FC에서만 활약해왔던 원클럽맨이었기 때문이다. 거기에다 연습경기 성적까지 상당히 암울했던 상황이어서 (당시까지 단 1승만 기록하고 있었음) 팬 커뮤니티의 반응은 극도로 좋지 않았다.

2월 3일, 대구는 허재원이 카타르의 Al-Khor SC로 이적했으며, 안재훈은 Osotspa FC로 임대를 떠났다는 사실을 알렸다.

문기한의 이적은 데이비드를 데려옴으로써 대구FC는 다시 한번 승격을 위한 도전을 준비하였지만 이번 시즌을 기대하는 팬들은 그리 많지않았다

정말 오랜만에 개막전 승리를 거둠으로써 다시 한번 승격도전의 자격을 증명함 대구FC는 시즌초 탄탄한 수비를 바탕으로 많이 뛰고 역습하는 형태의 축구를 보였다. 그 중에서도 세징야 파울로의 조합이 상당히 뛰어났다. 기본적으로 대구FC는 포백에 두명의 미드필더를 위에 두는 전술형태를 취하였는데 포백의 양 쪽 풀백인 박세진과 정우재의 성장이 무척이나 돋보이던 시즌이었다. 이 둘은 미드필더 진영에서 못하는 커버링과 적극적인 공격을 통해 대구FC의 측면을 상당히 활발하게 만들었다.

시즌 중반부터 쓰리백으로 전환하는 경기운영을 보여주었는데 이는 아마 볼점유 탈압박 수비위치선정이 팀에 비해 심하게 떨어지는 미드필더 진을 커버하기 위해 선택된 것이라고 보인다. 대구FC의 미드필더는 류재문 이재권 주축에 데이비드 우상호 신창무 여름이후 수원FC에서 임대온 배신영으로 구성되었는데 류재문이 시즌 중반 장기 부상을 끊은 이후에는 이재권 우상호 또는 이재권 신창무 로 구성이 되었다. 전북의 이재성의 형이라고 알려진 이재권은 동생과는 달리 저조한 활동량과 수비위치 선정으로 상대팀에게 많은 찬스를 내주었다. 우상호는 외국에서 멀 배워온건지 허접한 패싱력과 탈압박으로 유망주격인 신창무에게 밀리는 모습을 보여주었다. 신창무는 아직 성장가는성이 있는 유망주기때문에 평가를 자제하겠다. 또 배신영은 후반기 임대를와 많은 기대를 모았지만 R리그에만 간간히 출전하는 형태를 보였다. 데이비드는... 방출당했다 이거면 충분할 것이라고 생각이 든다.

이런 허졉한 미들진을 커버하던 파울로의 부진이 나타나면서 대구 FC는 시즌 초 내내 경쟁하던 선두권을 내주게 되며 이영진감독의 경질로 이어지게 된다. 이 당시 김병수 박종훈 감독이 올거라는 루머가 있었지만 손현준 코치가 감독대행으로 승격하였다. 이 당시 다수 챈들은 조광래 사장이 이제 직잡적으로 대 놓고 현장에 간섭하겠다는 것이 아니냐며 많은 비판들을 하곤 하였다. 이영진감독이 경질당하며 아쉬운 모습을 보여주던 데이비드를 보내고 과거 강원에서 활약하였던 알렉스를 데려온다. 이적후 몇 경기를 제외하고 출전하지 못했던 알렉스였지만 세징야와 에델의 각성에 큰 도움을 주었는지 둘은 후반기 파울로의 결정력 문제를 커버하고도 남을 정도의 퍼포먼스를 보여준다.

시즌 중 안산의 연고이전 및 구단 창단으로 안산이 1위임에도 승격이 불가능하게 됨으로써 대구는 2위 클래식 직행을 노릴 수 있게 된다.

마지막 대전과의 경기에서 이겼지만 대구 FC 다득점에 밀려 2위를 하게 된다. 하지만 클래식 승격이라는 목표를 이루어낸 대구 FC는 성공적인 시즌을 이루어냈다고 할 수도 있다. 이 과정에서 정우재, 박세진, 조현우, 세징야의 활약이 돋보였고 고잘적인 문제점으로 떠오르던 후반기 집중력 부족의 문제점도 잘 해결하였다고 볼수있다.

작년과 마친가지로 1위와는 승점 동률로 2위를 하며 우승컵은 올해도 못 들었으나. 안산 경찰청의 아산으로 연고이전, 그리고 안산에 새 구단이 창설되면서 두 팀 모두 승격자격의 상실로 대구 FC가 3시즌만에 드디어 K리그 클래식으로 승격하게 되었다. 15시즌처럼 골득실 우선제도 였다면 대구 FC가 K리그 챌린지 우승컵을 들 수 있었으나, 다득점 우선제도가 도입되면서 안산 경찰청에 우승컵을 내줬다. 정규시즌 2위했기에 최초로 승격한 시즌 2위팀이 되었긴 하지만[12] 떨떠름한 건 사실.

2015시즌 J리그챔피언 산프레체 히로시마을 홈 대구로 불러들여 친선전을 치뤘다. 전반초반 데이비드의 선취점으로 경기리드를 하였으나, 후반 히로시마에 2골을 먹혀 아쉽게 패배하였다.

파일:DAEGUFC_2017Best11.jpg
현대오일뱅크 2016 K리그 챌린지 시상식에서 올해의 베스트11에 GK부문 조현우, DF부문 황재원, 정우재, MF부문 세징야가 선정 되었으며, 감독상은 손현준 감독대행이 받게 되었다. 아쉽게 MVP부문은 받지 못하였다.

손현준 감독대행은 11월 22일 정식 감독으로 승격했다.