한국해양과학기술원 - 이전 인력이 770여명이다. 게다가 연구인력이 많으므로 고소득 고학력자들이 다수이다.

국립수산물품질관리원 - 종전에는 뜬금없는 위치인 경기도 고양시 일산동구 중산동에 위치해 있었으며, 영도구 이전으로 결정되면서 서울 강남에 있는 한국노인인력개발원에게 건물을 팔고 이전하였다.[1]

국립해양조사원

한국조선해양기자재연구원

부산항만소방서 - 부산항만소방서 소속으로 소방1정대, 소방2정대가 있는데, 부산705호(103톤급), 부산706호(113톤급) 등 소방선을 운용한다.

부산항만공사 - 2016년 자산총액 기준 상호출자제한 기업 중 62위(자산 약 5.5조원)를 기록했다.

한국해양대학교 - 2캠퍼스를 짓는다고 한다.

부산해양경찰서

중앙해양특수구조단

부산항해상교통관제센터

해양환경교육원 - 해양환경공단 부설 기관이다. 국가해양환경교육센터도 운영하고 있다.

해양수산 관련 기관 중 해양금융종합센터, 캠코선박운용, 한국선박해양, 한국해양보증보험 등은 남구 문현혁신지구 쪽에 자리를 잡았고, 이들 기관 중 한국선박해양, 한국해양보증보험은 한국해운거래정보센터와 2018년 7월 통합되어 법정자본금 5조원 규모의 한국해양진흥공사로 출범했다.

국립수산과학원과 한국수산자원관리공단은 기장군에 청사가 있다. 한국수산자원관리공단의 전신인 수산자원사업단 출범 준비 당시인 2010년 경에는 경기도에 본부를 두려고 하였으나 충남 보령·서천 지역구의 류근찬 의원(당시 자유선진당), 전남 해남·완도·지도 지역구의 김영록 의원(당시 민주당), 부산 서구 지역구의 유기준 의원, 부산 영도 지역구의 김형오 의원, 부산 해운대·기장 갑 지역구의 서병수 의원(이하 한나라당) 등 각 지역구 정치인들이 입김을 넣어 결국 부산으로 끌어내렸다. 이런 정치적 개입에 대해 수산업계 관계자가 해운대구에선 "국립수산과학원과 지리적으로 가깝다는 논리를 내세우는데 그런 논리라면 애초에 수산자원사업단과 국립수산과학원을 분리할 필요도 없지 않았냐"고 지적하기도 했다.

서병수 시장 재임 당시 부산시 측에서 한국해양과학기술원 부설기관인 극지연구소(인천 소재)도 가져오려 했으나 실패했다. 이런 식의 주장이 통한다면 해양수산부가 이전한 세종특별자치시에서 해양수산부 소속기관인 국립수산물품질관리원, 국립해양조사원도 세종시로 가져와야 한다고 주장할 수도 있다.[2]

국립해양문화재연구소

한국수산회 - 본회 위치는 서울 서초구이지만 부산 기장군에 수산과학관을 운영하고 있다.

국립청소년해양센터