기관계(器官系)는 동물에게만 있으며 식물에는 존재하지 않는 개체 구성 요소이다. 기관이 모여 이루어지며, 대표적인 인간의 기관계로는 소화계, 호흡계 등이 있다.

포유 동물의 기관계는 골격계, 근육계, 생식계, 호흡계, 순환계, 피부계, 내분비계, 림프계, 신경계, 소화계, 배설계, 면역계가 있다.