해군정보단은 대한민국 해군의 해양정보 수집·분석 업무 수행 부대이다. 미 해군정보국(ONI: Office of Naval Intelligence)과 같이 해군정보의 컨트롤타워 역할 수행을 목표로 하고 있다. 단장의 계급은 대령이다.#

공군항공정보단과 공군기상단이나, 해상자위대 자위함대의 정보업무군(情報業務群)과 해양업무·대잠지원군(海洋業務・対潜支援群)을 합쳐놓은 것과 유사한 조직이다.

1995년 10월 1일 해양기상, 전자전 등을 담당하는, 작전사령부 예하 해양전술정보단(Maritime Tactical Intelligence Group)으로 창설됐고,# 2012년 2월 1일 해양정보단으로 개편됐다.

해군정보단은 해양정보 수집, 분석 및 전술자료화에 관한 업무와 해군 작전세력에 대한 해양환경예보 업무 등을 수행한다. 각 함대 및 예하 작전부대, 함정들은 해양환경과 관련된 DB 및 예보자료를 해군정보단에서 지원받는다.#

수중음향정보·전파정보·해양환경정보 등 수집이 주임무인 해양정보함(해양조사함)[1]은 해군정보단이 운용한다.

신천지함은 대한민국 해군 최초의 해양조사함으로, 1993년 취역한 1,000톤급 함정이다. 2013년 12월 퇴역하였다.##이름이...?

신세기함은 해군의 두 번째 해양조사함으로 2003년 취역하였고, 쌍동선 형태의 2,800톤급 함정이다.## 무인기(UAV) 운용이 가능하다.#

신기원함은 '신천옹(AGX-II) 사업'을 통해 건조된 해군의 세번째 해양조사함으로, 2012년 인수한 3,500톤급 함정이다.# 신세기함과 마찬가지로 무인기(UAV) 운용이 가능하다.

해군은 국방개혁 2.0의 일환인 감시정찰 전력 강화를 위해 AGX-III 사업을 추진하고 있다.#

빅토리어스급 해양감시함(ocean surveillance ship): USNS Victorious (T-AGOS-19), USNS Able (T-AGOS-20), USNS Effective (T-AGOS-21), USNS Loyal (T-AGOS-22)
임페커블급 해양감시함: USNS Impeccable (T-AGOS-23)

정보수집이라는 민감한 임무를 수행하면서도 무장은 빈약하다보니 해양조사함들은 늘 적국 해양세력의 위험에 노출되어 있다. 미 해군의 해양조사함 임페커블함이 2009년 3월 중국의 EEZ에서 해양 정보 수집 활동을 하다가 중국 해군과 중국 해경에게 곤욕을 치른 것이 대표적인 사례. 중국측은 임페커블이 해당 해역에 있는 것이 불법이며 이탈하지 않으면 가만두지 않겠다고 통신을 통해 협박했고, 이후 자국 함정들을 임페커블함에 충돌 직전까지 접근시키거나 군용 항공기를 근접 비행시키는 등 물리적 위협을 가했다. 견디다 못한 임페커블함은 중국의 요구대로 해역에서 이탈하려고 하였으나 중국 함정들은 임페커블의 진로를 가로막거나 장애물을 투척하여 항해를 방해하였고, 어선으로 위장한 중국 해군 함정이 접근하여 수중에 전개되어 있는 임페커블의 예인소나를 파손시키려 시도하였다. 사건 당시 임페커블함은 단독으로 작전 중이라 속수무책으로 당할 수 밖에 없었다. 이후 작전부턴 호위 함정이 동행하였다고 한다. 미국은 외교 라인으로 EEZ에서 중국의 주권은 자원 관리, 해양 개발 등 경제적인 분야에 한정되기에 미 해군의 함정을 위협한 것은 국제법 위반이라고 항의하였으나, 중국은 딱 중국답게 '왜 이상한 소리를 지어내서 우리한테 불평하냐?' 정도의 반응만 보였다.

후타미형 해양관측함: 와카사(AGS-5104)
니치난형 해양관측함: 니치난(AGS-5105), 쇼난(AGS-5106)
히비키형 음향측정함: 히비키(AOS-5201), 하리마(AOS-5202), 아키(AOS-5203)#

815형 전자정찰선(815型電子偵察船): 9척 취역#
927형 소나탐측선(927型声纳探测船): 1척 취역, 2척 진수#

Vishnya급 정보함(Project 864 reconnaissance ship): 7척 취역#

해군정보단이 운용하는 해양조사함 탑재 무인기(UAV) 획득 사업이 논란이 되었다.##