• 1991년 3월 4일 부산과학고등학교 개교 (연제구)
  
• 1998년 2월 18일 현재 위치로 신축 이전 (연제구 → 부산진구)
  
• 2002년 5월 3일 대한민국 최초 과학영재학교 전환 (2003년 1기 입학)
  
• 2005년 7월 12일 한국과학영재학교 교명 변경
  
• 2009년 3월 4일 KAIST 부설화 선포. KAIST 부설 한국과학영재학교로 교명 변경
  

한국과학기술원법 제14조의2(과학영재학교의 설치ㆍ운영)
① 과학기술원은 정관으로 정하는 바에 따라 국가 차원의 선도적 과학영재를 교육하고 연구기능을 강화하기 위하여 과학적 능력이 뛰어난 영재를 대상으로 각 개인의 능력과 소질에 맞는 교육을 하는 고등학교 과정 이하의 학교(이하 "과학영재학교"라 한다)를 둘 수 있다.
② 제1항에 따라 과학기술원에 두는 과학영재학교는 「영재교육진흥법」에 따른 영재학교로 본다.
③ 과학영재학교의 학사·교원 및 운영에 대하여는 이 법에서 정한 경우를 제외하고는 「영재교육진흥법」을 따르고 「초·중등교육법」을 적용하지 아니한다.
④ 총장은 과학영재학교를 지휘·감독한다.

• 1층: Scientist's House(과학체험교실)
  
• 2층: 세미나실[42], 야외 테니스장과 연결되는 출입문이 있다. 근데 열리는 걸 본 적이 없다
  
• 3층: 오케스트라실, 음악실, 클럽실
  
• 4층: 미술실, 클럽실
  
• 5층: 학생성장센터, 노래방, 당구장, 클럽실
  
• 6층: 체육관[43]
  

• 1층: 화학 강의실, 화학 실험실, 시약실, 화학생물학부 학부실, 교사 연구실[52], 시청각실
  
• 2층: 생물 강의실, 생물 실험실, 교사 연구실[53], ECC[54]
  
• 3층: 물리 실험실[55], 물리 준비실, 어학 센터(1학년 영어 강의실)
  
• 4층: 지구과학 실험실[56], 물리지구과학부 학부실, 교사 연구실[57], 어학 센터[58]
  
• 5층: 일반화학 실험실, 일반생물학 실험실, 창의공학실
  

• 1층: 보건실, 상담실, 교사 연구실[62], 인문예술학부 학부실
  
• 2층: 강의실, 외국어과 세미나실, 허브실
  
• 3층: 강의실, 외국어과 세미나실, 교사 연구실
  
• 4층: 강의실[63], 유-러닝실, 교사 연구실
  
• 5층: 교사 연구실[64], 수리정보과학부 학부실, 수학실
  

• 1층: NMR실, 분광실, 창조카페 전교에서 와이파이가 가장 잘터지는 곳 중 하나
  
• 2층: 중강당, 전산실
  
• 3층: 자습실, 교사 연구실[70], 물리과 실험실
  
• 4층: 교사 연구실[71], 생물학 실험실, 화학생물학부 세미나실 짱박히기 좋은곳
  
• 5층: 교사 연구실[72], 응집물질물리 실험실, 원자물리 실험실
  
• 6층: 교사 연구실[73], 화학 실험실
  
• 7층: 교사 연구실[74], 프로그래밍 실습실, 수리정보과학부 세미나실
  
• 8층: 자습실, 하늘정원이라 쓰고 CC들이 염장 지르는 곳이라 읽는다
  
• 9, 10층: 천문대
  

• 1층: 주차장
  
• 2층: Idea Conference Room. 태블릿 PC, Wacom, CAD/CAM, SolidWorks 등이 있다. 학생들이 실제로 꿈을 꾸는 곳이다.
  
• 3층: IoT Lab. 3D 프린터, 3D 스캐너, 아두이노 등이 있다.
  
• 4층: Convergence Lab. 전자현미경(TEM, SEM)이 있다.
  
• 5층: Complex Workshop. 레이저 커터 등이 있다.
  

• 1차: 5월/11월에 처음으로 받는 수강신청이다. 이때 학생들은 듣고 싶은 과목을 계획하고, 이에 따라 수강신청서를 작성한다. 수강신청서는 담임선생님 확인 후 교무지원부로 제출하고, 수강신청서와 동일한 내용으로 학사사이트에 온라인으로 신청한다. 이 때는 총 26학점까지 신청할 수 있고, 재순강은 최대 한과목까지 신청할 수 있다.
  
• 2차: 1차 수강신청 결과 폐강과목이 있는 사람들이 있는 사람들을 대상으로 한 수강신청이다. 이때는 폐강된 학점만큼 다른 과목을 온라인으로만 신청하는데 이때는 담임 확인과 수강신청서 작성이 필요없다. 그 외의 수강신청 조건들은 1차와 같다. 2차 수강신청이 완료되면 수강신청 결과와 함께 수강신청 벌점 대상자를 공지한다. 수강신청 벌점은 OT를 불참하였거나, 과목을 잘못 신청한 사람들에게 부과된다.
  
• 추가: 방학이 끝나갈 무렵 시간표가 편성되는데, 그런 다음 추가로 과목 신청을 하는 것이다. 이때는 일반인은 30학점까지, 직전학기 평점이 3.7이상인 사람은 33학점까지 추가신청 할 수 있다.[106] 이때는 과목 신청을 하려면 해당 과목의 강의시간이 현재 시간표와 중복되지 않아야 한다. 중복되는 경우는 추후에 수강신청 정정을 통해 할 수 있다.
  
• 정정: 개학~개학 후 2주간 이루어지며, 이 때 수강 과목과 분반을 변경할 수 있으며, 재수강 과목을 추가할 수도 있다. 많은 경우는 수강 정정을 위해 분반 트레이드를 해야 하고, 추가로 수강하고자 하는 과목의 분반별 수강 최대 인원(18명)에 걸리지 않기 위해 과목 담당 선생에게 싸인을 빨리 받아야 하므로 개학하는 시기는 학생들에게 여러모로 바쁜 시기이다.
  

• 학제운영 전체
  
  • 자연 68학점, 인문 62학점, 총 150학점을 이수한다.
    
  • 자연교과 선택학점(11학점)을 융합 과목으로 채울 수도 있다.
    
  • PT는 영어와 세계사를 취득할 수 있다.
    
• 자연과목
  
  • 수학 1을 이수하기전에, 5학점짜리 기초수학을 이수한다. 그리고 국내학생에게는 필수과목인 미적분학2가 선택과목이다.
    
  • 물리/화학/생물 필수과목이 5학점이다. 물리/화학을 1학년때 이수하고 생물을 2학년때 이수한다.
    
  • 정보과학을 2학년때 이수하고, 지구과학 필수과목은 3학기에 지구환경과학/천체관측의기초 중에 선택하여 듣는다.
    
  • 이외의 선택과목은 국내학생과 동일.
    
• 인문과목
  
  • 한국어를 1~4학기에는 학기당 4학점을, 5~6학기에는 학기당 3학점, 총 22학점 이수한다.
    
  • 사회과목은 1~2학기에는 세계사를, 3~4학기에는 한국사를, 5학기에는 정치학/경제학/철학 중 선택하여 듣는다. (총 10학점)
    
  • 제2외국어(중국어/일본어/스페인어)는 수강하지 않는다.
    
  • 영어/예체능/체육은 국내학생과 동일.
    
  
  

• 창의설계 활동: 1학기에 진행된다. 교사와 분야를 한 묶음으로 24개 정도의 팀이 학교 웹페이지에 공지된다. 일반적으로 팀당 6명 정도의 학생들이 배당된다. 학생들은 교사와 분야 설명을 잘 보고 신청을 하면 된다. 이렇게 교사와 분야가 결정되면 일주일에 한 번씩[113] 3교시 동안 지정된 장소에 가서 수업을 듣는다. 분야에 따라 하는 것은 각각 다르다. 실험을 할 수도 있고, 정말 수업만 할 수도 있다. 지도교사 맘대로다. 창의설계 활동이 끝나고, 2학기 초반에 있는 창의연구활동 중간발표회에서 창의설계 활동 동안 배우거나 연구한 것에 대해 발표를 하게 된다.
  

• 연구방법 기초세미나: "공식적으로는" 1학기 창의설계 활동으로 기본기를 다진 학생들에게 본격적으로 연구에 필요한 기초적 자질들을 교육시키는 코스. 지도교사만 바꾸어 창의설계 활동을 다시 한다는 비판도 있지만, 엄밀히 보면 창의설계는 "연구를 설계하는 활동", 연구방법기초세미나는 "연구의 기초적인 방법을 배우고 실행해보는 활동"이다. 만약 A라는 분야에서 B에 대해 C의 방법으로 연구를 한다면, 창의설계에서는 "C를 이용한 A에서의 B 연구"라는 주제를 뽑아내어 설계하는 것이 중요한 목표고, 연구기초세미나에서는 B를 연구하는 과정에서 C라는 방법을 배우고 익히면서 연구보고서를 작성하는 과정이다. R&E와 비교하면, 연구 목적과 선행 연구를 조사해서 주제를 잡는 것이 창의설계의 연장, 그 이후의 과정이 연구방법기초세미나의 연장이다. 많은 경우 연구방법 기초세미나 팀이 R&E 팀까지 이어질 것을 권장한다. 팀원들의 맞트레이드는 권장하지는 않지만 허용해주었다고 한다.
  

• R&E: KSA에서 가장 많은 인력과 예산을 지원하는 핵심 프로그램. 3,4학기에 걸쳐 진행된다. 일반적으로 3명이 하나의 팀을 이루고, 특수한 경우 2명이나 4명이 한 팀을 이루어 주제를 잡아 연구를 진행하는 것이다. 팀은 학생들끼리 자율적으로 정하고 기본적으로 1,2학기와 여름방학 기간으로 나뉘어지며, 여름방학 기간에는 최소 20일간 해당 연구기관(지도교사, 혹은 지도교수가 속한 기관[115])에서 R&E를 진행해야 한다.
  

• 국외 위탁교육: 2학년 여름방학에 이루어지며, 모두 국외 대학교/영재학교에서 각 기관이 제공하는 캠프나 특별 프로그램을 통해 진행된다. 3학기 3월 경에 위탁교육 오리엔테이션을 하고 기관을 정한다. 여름방학에 R&E 팀원들은 국내현장연구기간 20일을 채워야 하므로 같은 기관 혹은 비슷한 시기에 교육을 시행하는 기관에 가는 것이 일반적이다. GPA 및 여러가지 종합적인 사항이 좋은 경우에는 3학년에 국외 위탁교육을 한번 더 갈 수 있다.
  

• PT를 수용한 후, 상위과목을 수강한다. 이 경우는 보통 2, 3학년과 같은 반에서 수업을 듣지만, 영어 PT는 한 학년에 10명 이상 있기 때문에 PT반을 따로 꾸려 수업을 진행한다.
  
• PT를 수용한 후, 상위과목을 신청하지 않고 공강으로 처리한다. 이때 PT딴 과목을 청강하기도 한다.
  
• PT를 드랍(drop)한다. 단 PT로 취득한 성적보다 낮은 성적을 받았을 때 PT때의 성적을 복구할 수는 없다.
  

• 1단계 전형: 학생기록물 평가
  

• 2단계 전형: 창의적 문제해결력 평가
  

• 3단계 전형: 영재성 다면평가
  

• 김현근
  
• 박대기[141]
  
• 박유림
  

• http://www.ksa.hs.kr - 학교 메인 사이트. 사실상 대외 홍보용에 가까우며, 자주 사용하지는 않는다. 학사일정식단표은 여기서 볼 수 있다. 교직원 소개도 여기에 있다.
  
• http://admission.ksa.hs.kr - 입학 관련, 입학 전 합격 확인, 진단평가 일정, PT 일정 등 거의 대부분의 것이 올라온다. 수험생들의 애환이 담긴 사이트. 매년 리뉴얼된다.
  
• http://ksasf.ksa.hs.kr - KSA에서 개최하는 국제 과학행사인 KSASF에 관련된 사이트이다.
  
• http://gaonnuri.ksain.net/wiki - KSA 학생회에서 만든 위키위키이다. 이 위키 프로젝트는 KAIST 부설 한국과학영재학교의 역사를 정리하고, 학교에 대한 여러 정보를 체계화하여 KSA 구성원들에게 제공하는 것을 목적으로 한다. 외부인의 열람도 허용한다. 학생들이 관리하기 때문에 서버가 비교적 자주 터진다는 문제가 있지만 복구는 빠른 편이다.[143]
  

• http://mathcs.ksa.hs.kr - 한국과학영재학교 수리정보과학부[145]
  
• http://newton.ksa.hs.kr - 한국과학영재학교 물리지구과학부
  
• http://chembio.ksa.hs.kr - 한국과학영재학교 화학생물학부
  
• http://human.ksa.hs.kr - 한국과학영재학교 인문예술학부
  

• http://www.kaist.edu/camtour/ksa/index.html - 교정을 스트리트 뷰 형식으로 볼 수 있다.
  

• 기수/학번제: 기수로 학생들을 구별하는 다른 과학고나 영재학교들과는 달리, KSA에서는 학번으로 구별한다. 예로 2019학년에 입학한 학생들은 19학번이 되는 것이다. 물론 부산과학고 시절의 역사까지 합쳐서 n기로 부르는 경우도 있으며, 공식적으로는 구 부산과학고 당시의 동문들을 포괄할 수 있는 이 방법이 선호된다.[148] 이렇게 세면 2019년에 입학한 학생들은 29기가 된다. 중학교 조기졸업 및 고등학교 재수생들로 인해 학번과 나이가 서로 다른 경우가 종종 발생하는데, 대체로 학번 순서를 나이 순서보다 우선시하는 분위기이다.[149] 물론 대학가면 그런 거 없고 다 친구
  

• 교복: 한국과학영재학교의 교복은 짙은 남색의 스타일이다. 하지만 여기에 함정이 있는데... 한국과학영재학교 학생들은 교복을 입지 않는다. 정확히 말하면, 교복을 착용하는 경우는 입학 후 한 달이 되지 않은 신입생[152]들과 한 달에 한 번 정도도 없는 있는 전체 모임뿐이다. 심지어 두발 규정도 없고 (지나치게 튀는 색이 아니라면 염색도 허용해준다.) 복장 규정도 사실상 없는 것이나 마찬가지이다.[153] 한국과학영재학교의 자유로운 분위기가 나타나는 부분.
  

• 지역 분포: 분명 전국 지역 모집인데 수도권이 70% 가까이 된다. 사실 이는 다른 학교들도 마찬가지지만. 10명 미만의 지방 중소도시나 농어촌 지역 합격생들도 매 해 존재한다.
  

• 벚꽃엔딩: 벚꽃의 꽃말은 중간고사 학교에 벚나무가 굉장히 많다. 덕분에 4월만 되면 캠퍼스의 분위기가 상당히 로맨틱해진다. 아침에 흩날리는 벚꽃잎을 맞으며 등교하는 풍경은 상당히 낭만적이다. 또한, 그 덕분에 학생들은 매 강의마다 야외수업을 핑계로 한 꽃놀이(...)를 나가자고 졸라대기도 한다. 하지만 이 기간에 로맨틱해진 캠퍼스의 분위기를 타 커플의 생성이 굉장히 활발해지며, 기존의 CC들의 염장질 또한 한층 심해진다. 솔로들은 그저 피눈물만 흘린다고 한다. 또한 학교내 도로를 중심으로 심어져 있는 벚꽃의 개화 시기가 중간고사와 절묘하게 맞물리기도 한다. 그리고 중간고사 망하면 벚꽃엔딩
  

• 명칭 문제: 정식 명칭은 KAIST 부설 한국과학영재학교, 보통 한국과학영재학교라고 부르는 것이 정석이나, 다른 영재학교들과 달리 이름이 여러 바리에이션(...)들이 존재한다. 아마 이름이 다른 영재학교들과는 달리 고등학교라는 말이 아예 없고[156], 이름을 바꾼 전적이 있어서 외부인 입장에선 헷갈리기 때문으로 추정된다. 심지어 그냥 부산과학고로 아는 경우도 있고[157], 정식 명칭은 제대로 알 지 못한 채 부산영재고, 부영고, 한국과학고등학교, 한국영재고등학교, 한국과학 뭐더라(...)같은 이름으로 부르는 경우가 왕왕 있다. 2010년대 초반에 과학고들이 영재학교로 전환되기 전에는 국내 유일 영재학교였던 관계로, 영재학교라고 하면 곧 한과영을 지칭하던 시절도 있었다 내부적으로는 영문 약칭인 'KSA'라는 명칭을 가장 많이 사용하며(공식적인 문서에서도 KSA 혹은 KSA of KAIST로 사용), 대화 시에는 KSA를 그대로 읽은 '크사' 혹은 줄임말인 '한과영'이란 말을 사용한다.
  
  위에서 언급한 교명관련 문제 때문인지는 몰라도, 부산 지역에서 택시를 타고서 '한국과학영재학교로 가달라'고 말한다면. 택시기사가 목적지를 모를 확률이 약간 존재한다. 이 때는 당황하지 말고 "당감동 영재학교" 혹은 "백양터널 지나서 국제고 올라가다 좌회전하면(혹은 육교 밑에서 우회전 하면) 나오는 학교"라고 하고 가자. "학교 어디 다니니" "국제고밑에서좌회전고등학교 다닙니다." 이 문제를 학교 교사들도 알고 있어, 신입생 OT 때 택시 기사에게 '한국과학영재학교'라는 명칭을 각인시켜달라고, 만약 기사가 어딘지 모른다면 "네? 그 학교를 모르세요?"라고 말하라고(...) 한다.
  
  정 반대의 경우로는, 그냥 '과학고 가주세요'라고 해도 한국과학영재학교로 가는 경우도 존재한다. 분명 부산에 있는 다른 과학고등학교도 두 개나 있고, 영재학교는 법적으로는 과학고와 전혀 다른데도 말이다.
  

• 부산국제고와의 관계: 한국과학영재학교의 전신이 되는 부산과학고등학교의 신축이전과 부산국제중고등학교의 설립이 같은 정순택 교육감에 의해 동시에 추진되었기 때문에 서로 100미터도 떨어지지 않은 자리에 위치한다. 그럼에도 불구하고 양 학교 간의 교류가 그리 활발하지는 않은 편인데, 특기할만한 점이라면 2015년에 KNN에서 방송하는 틴틴콘서트에서 두 학교의 대결을 벌였던 점이 있을 것이다. 98년도에 국제고 건물이 다 올라가지 않은 상태에서 당시 부산과학고 건물을 국제고와 같이 썼다. 2018년 SAF에서 국제고와의 토론대회및 축하공연 등의 교류가 있었다. 괜히 서로 못잡아 먹어서 아옹다옹 했다 카더라.
  

• 인문학 비중: 다른 학교에 비해서 인문학 과목수업이 매우 많고[160] 인문 과목 숙제가 살인적이라 학생들 사이에서는 "한국인문영재학교"나 "한국과학인문학교"로 불리기도 한다는 모양이다. 하지만 절대 타 영재교에 비해 과학 이수학점이 적은 것은 아니다. 즉, 과학 학점을 줄이고 인문학 학점을 늘린 것이 아니라, 졸업학점을 늘리는 방법으로 인문을 늘린 것이다. -그리고 14학번부터는 융합과목[161]을 필수적으로 이수해야 한다.
  

• 인터넷 학술 사이트 사용권한: 한국과학영재학교 학생들은 NDSL, RISS 등에 기관회원으로 인증받아 가입할 수 있다. 또한, 한국과학영재학교 학생용 KAIST 도서관 계정 역시 존재한다.[163]
  

• 영어: 외고도 아닌데, 모든 수학, 과학 과목의 교재는 원서이며[167], 수업 자료(강의 슬라이드, 인쇄물), 시험지 등이 모두 영어로 되어 있고, 일부 과목[168]의 경우 답안 작성시 용어를 영어로 써야 한다. 심지어 일부 과학 과목의 경우, 외국인 교원이 영어로 강의하는 경우도 있다.[169] 즉, 영어를 못하면 살아남기 힘든 시스템이다. 게다가, 영어로 강의를 진행하는 "EC" 과목을 15학점 이상 이수해야 졸업이 가능하다.
  

• 교내 Wi-Fi: 크사파이[172] 학번과 학생 사이트 비밀번호[173]로 로그인해 사용할 수 있는 내부인 전용 와이파이가 학교 전역에 깔려 있다. 속도는 건물에 따라 편차가 커서 경우에 따라서는 와이파이로 카카오톡 이상의 것을 할 수 없는 장소, 혹은 카카오톡조차도 느려서 할 수 없는 장소도 존재한다. 사진 전송도 힘들다 반면에, 와이파이로 대용량의 파일을 빠른 속도로 받을 수 있는 곳도 있다. 평균적으로는 약 10Mbps 정도가 나온다. 특기할 점은, 이 네트워크는 KAIST 대덕캠퍼스, KAIST 서울(홍릉)캠퍼스, 과학기술정보통신부와 직접 연결되어 있다(...) 즉, 이 네트워크로 엄한 동영상이나 불법 다운로드 등을 하면 다 잡힌다. 특히, 이런 엄한 자료들을 다운로드 받다가 바이러스에 감염될 경우, 바이러스가 KAIST 본원까지 퍼지는 경우가 수두룩하다고 한다. KAIST 부산캠퍼스설 인증 KAIST 보안을 담당하는 업체에서 나와서 제발 이상한 것 좀 받지 말라고 당부까지 했다. 또한, 아이피 기반으로 인증되는 일부 고가 과학 연구용 소프트웨어 등은 이 네트워크로 접속해야만 사용할 수 있다. 그러나 2016년에 전체 Wi-Fi 공사를 통해서 조금 나아졌으나 2017년엔 전과 같이 매우 심각한 상태를 보이고 있다고 한다. Wi-Fi로 리그 오브 레전드를 하면 재접속 시도중을 종종 경험하게 된다. 오버워치는 패스트핑이라는 프로그램을 통해서 재접속 없이 즐길 수 있다.
  

• ATM과 수수료: 교내에 부산은행 ATM이 설치되어 있다. 문제는 KSA의 학생증은 농협 체크카드라는 것.[175] 즉, 입/출금 시마다 수수료가 나간다.국제고 학생들도 대부분 여기서 출금을 한다 제발 좀 고치라고... 2만원 뽑는데 수수료를 1000원씩 매번 뜯어가냐 KDB산업은행 카드는 수수료가 없다.
  

• 여가 생활: 서면이 비교적 가깝게 위치해 있고(택시로 5000원, 1004번 버스 기준으로 20분 정도의 거리), 서면을 통해 부산 다른 곳으로의 교통도 원활하고, 무엇보다 주말 외출이 사실상 자유롭기 때문에 다른 학교들과 달리 많은 학생들이 주말에 놀러 간다. 해운대, 서면[178] 뿐만 아니라 부산대나 경성대[179]등으로도 자주 놀러가며, 여러 명이서 바닷바람을 맞으러 해운대를 가기도 한다.
  

• 코로나19로 인한 영향: 바이러스 대유행으로 인한 영향은 이 학교 역시 피해갈 수 없었다. 처음에는 다른 학교와 같이 개학을 미루다가 전국의 고등학교와 그에 준하는 교육기관 중 가장 먼저, 3월 23일에 온라인 개학을 실시했다. 논란은 있었으나 온라인 수업은 순조롭게 이어졌고, 몇 주간의 온라인 수업 후 순차적으로 학생들은 학교로 귀교하여 이후 약 2달 동안 외출/외박이 금지된 상태로 학교 밖으로 단 한 발짝도 나가지 못한 채 준 감금 상태에서 1학기가 끝날 때까지 일정을 진행했다. 봄축제인 SAF는 당연히 취소되었고, 이외에도 동아리 활동 금지, 운동시설 사용 금지 → 사용 제한 등의 조치가 있었다. 또 1학기가 끝난 후 원래 진행되어야 할 2학년 학생들의 국외위탁 교육은 크게 축소되어 학교 및 가정에서 온/오프라인으로 진행되는 특강으로 대체되었다. 그리고 2021년에도 국외위탁 교육은 큰 이변이 없다면 온라인으로 진행될 것으로 보인다.
  2학기에는 1학기보다는 정상적으로 귀교를 진행하여 수업을 진행할 수 있으리라는 기대가 있었으나, 8.15 광복절 문재인 정부 규탄 집회로 인해 전국으로의 코로나 확산이 가속되며 이 꿈 역시 산산이 부서지고 말았다. 교육부의 '3분의 2' 지침에 따라 동시에 두 학년만 학교에 있는 상태로 2학기가 진행되었으며, 학교에 없는 학생은 온라인으로 수업에 참여하였다. 이와 같은 상태로 학기 내내 지내다가, 시험기간에만 전체 학생을 기숙사로 불러들여 2학기까지 확진자 없이 운영하는 데 성공했다.
  2021년이 시작하고도 코로나19가 잦아들 기미가 들지 않고 오히려 사립학원 기숙사에서 집단 감염 사태가 일어나자, 2021학년도 1학기가 시작하기 전 다른 기숙학교와 마찬가지로 선제검사를 필수화하는 조치를 취하였다. 그 외에 자가검진을 비롯한 기본적인 방역 조치는 원래대로 계속될 예정이다.
  사태에 대한 학교의 대응은 학생들에게 많은 비판을 받고 있다. 1학기에는 학교에 감금되어 있는 것은 학생들임에도 불구하고 교직원의 학교 운동시설 이용을 보장한다며 학교 운동시설 이용을 일주일간 완전히 막은 일, 그 외에도 전반적으로 감염될 가능성이 훨씬 낮은 학생들에게 자가검진을 강요하고 시설 이용을 제한한 점에 대하여 크게 비판받았고, 방학 중에는 R&E 연구 때문에 교외에 지속적으로 있었던 2학년 학생들의 건강을 되려 제대로 체크하지 않는 모습을 보였고,
  2학기에는 3분의 2 지침에 따라 귀교할 학년을 정하는 과정에서 공지를 번복한 점 및 학생/학부모 의견을 무시하면서 결정의 책임은 학생들에게 전가하려고 한 점, 학생들의 불만 제기에 제대로 답을 하기는커녕 벌점 등으로 학생들을 통제하려고 한 점, 교육부 소속이 아닌 과학기술정보통신부 소속의 기관으로써 교육부의 지침에서 벗어나 기숙학교이자 영재학교인 한과영의 특수한 상황을 충분히 설명, 전수검사 후 전원 귀교 등의 조치를 취하는 것도 학교 측의 노력이 있었다면 충분히 가능했을 텐데 이와 관련된 행동을 전혀 하지 않은 점 등 많은 문제점을 보였다. 전교생이 400명에 미치지 못하는 상황임에도, 학생 전용 사이트 내 익명 건의게시판에 기고된 비판글에는 많게는 1200회 이상의 조회수가 기록될 정도로 학생들의 불만은 빗발치고 있는 상황이다.
  2021년 1학기에는 비록 2월에 재학생 전원 귀교하여 정상 일정을 수행하고 있다고 해도, 이전과 별로 다를 것 없는 상황에, 학생들은 이번엔 선제검사까지 완료했는데도 학생들의 행동을 이렇게나 제한하나며 불만의 목소리가 계속되고 있는 실정이다. 학교 구성원들의 방역지침 준수에 대한 피로도가 점점 높아지고 있는 만큼, 어떤 결과로 이어질지 관찰이 필요해 보인다.
  

• 지원부서 관련 논란: 대한민국에서 손에 꼽히는 이름 높은 교육기관임에도 불구하고, 그에 걸맞지 못하게 지원부서의 업무 능력은 부실한 편이다. 문제점이 드러난 사건을 정리해 보자면,
  
  • 다른 학교 학생들은 당연하다는 듯 지원받는 교재비를 한국과학영재학교는 지원받지 못하고 있다. 이는 즉 학생들에게 지워지는 교재비 부담이 다른 학교보다 더 크다는 것이다. 게다가 이 학교에서 사용하는 교재 대부분은 기본 가격부터 통상의 고등학교 교과서보다 크게 높아서, 학생들은 매 학기 교재비로 수십 만원의 지출을 부담하고 있다. 학교 측에서는 사용하는 교재가 특수해서 지원받기가 어렵다, 학생들이 수강신청을 하기 때문에 예산이 정확히 얼마가 필요한지 산출하기 어렵다 등 다앙한 이유를 대고 있으나 당장 타 영재학교는 교재비를 지원받고 있는 상황에서 이는 서류처리를 하기 싫음을 숨기려는 구차한 변명에 불과하다. (출처: 자문위원회 위원의 증언)
    
  • 2020년 태풍 마이삭으로 피해를 입은 것은 예지관뿐만이 아니었다. 창조관의 엘리베이터 샤프트 벽 파손, 형설관 5층의 천장의 누수, 일부 건물 외장재 유실 등 다양한 피해가 있었는데, 이중 형설관 5층 천장의 누수는 몇 년 전에 옥상에 설치한 소형 천문대 시설과 태양광 발전판의 무게로 인해 벽체에 균열이 가 발생했다는 제보가 있다. 이미 이전부터 균열은 관찰이 가능한 정도였는데, 누수로 인한 실제 피해가 발생하기 전까지 아무런 조치도 없었다고. 건물의 설계를 고려하지 않고 무리하게 시설 설치를 진행한 것뿐만 아니라, 관리마저 제대로 진행하지 않은 것은 큰 실책이 아닐 수 없다. 게다가 이 문제를 고치겠답시고 동원한 것은 방수페인트 수십 통...
    
  • 위에도 언급되었지만, 학교 측에서 코로나에 대한 대응이라고 내놓은 것도 다양한 문제가 있었다. 학생들에게 체온보고를 요구해놓고 정작 비정상 체온을 보고한 사람들에게 아무 조치도 취해주지 않는 등 학생들의 안전을 위해서가 아니라 오직 실적을 위해서 일하고 있음을 드러내기도 하였으며, 학생회의 건의 및 제안을 전혀 받아들이지 않고 '학사일정은 원래부터 선생님들이 정하는 것'이라며 구시대적인 시각을 아직도 버리지 못하고, 영재학교라는 특수한 환경을 전혀 활용하지 못하는 모습을 보이기도 했다.