당시의 우선 지명 개념은 2006년 드래프트 제도 재개 발표 이전에 기존의 자유계약제에 따라 각 구단과 이미 계약을 마쳤던 선수들에 대해서 각 구단에 우선권을 부여한 것이었다.

이 드래프트까지만 해도 부천 SK의 이름으로 지명권을 행사하였는데 이 드래프트가 끝나고 약 50여일뒤 SK는 연고이전을 해버린다.

전년도의 13개팀에 경남 FC가 새롭게 참가하였다. 부천 SK는 연고이전을 감행하여 팀명을 변경했다.

전년도와 같이 전.후기로 나뉘어 치루어진 후, 4강 플레이오프로 최종 우승팀을 가리는 방식으로 치러졌다.

전기리그 13경기 6승 4무 3패(승점 22점)로 2위를, 후기리그 13경기 7승 4무 2패(승점 25점)로 2위를 기록하여 통합성적 2위로 플레이오프에 진출했다.

플레이오프에서 후기리그 우승팀인 수원 삼성 블루윙즈를 만나 1대0으로 패하며 챔피언결정전 진출에 실패하였다.

고기구와 이동국이 각각 8득점 7득점으로 득점순위 4위와 5위를 기록했다.

김기동이 21경기 6도움으로 도움순위 2위를 기록했다.

2006년 독일 월드컵 기간 전후로 하여 5월 14일부터 7월 29일까지 개최되었다.

전체 13개팀이 참가, 단일 풀리그로 각 팀별로 1라운드씩을 치른 뒤 우승팀을 가리었다.

13경기 6승 1무 6패(승점 13점)로 9위를 기록했다.

엔리끼가 11경기 5득점 3도움으로 득점순위 4위 도움순위 6위를 기록하며 맹활약했다.

이번 시즌부터 연말이 아닌 시즌 중에 각 구단의 연고지에서 개최되어, 2006년 4월 16일부터 12월 3일까지 각 구단 연고지 홈 구장에서 열렸다.

내셔널리그 신생팀,대학팀,2종클럽 16개팀이 예선을 치러 승리한 8개팀이 본선 진출, 프로 14개팀과 내셔널리그 10개팀과 함께 32강전을 치른다.

준결승과 결승은 중립지역이라 할 수 있는 서울월드컵경기장에서 치러진다.

16강전에서 FC 서울에게 패하며 대회를 마감했다.