종훈이란 이름은 여러 사람에게 향기를 내뿜으라는 뜻으로 할아버지가 지어주셨다고 한다. 훈음은 쇠북 종(鐘), 김 쐴 훈(焄)[23]. 주변 배우들이 예명을 쓰는 경우가 많다 보니 본인도 이름을 바꿀까 고민한 적이 있지만 할아버지가 이름에 남긴 의미를 되새기며 바꾸지 않기로 결심했다고 한다. 《텐아시아》 2013년 9월

정식으로 연기를 배운 적이 없다. 고등학교 때부터 연극영화과를 희망했지만 아버지의 극심한 반대로 대전대학교 외국어 문학부에 진학했다. 하지만 연기에 대한 미련과 갈망을 떨칠 수 없어서 아버지를 설득하기 위해 군대를 서둘러 마쳤으나, 제대 후에도 아버지의 반대가 여전하자 전재산 70만원을 들고 무작정 상경해 공연 스태프로 일하며 어깨 너머로 연기를 배웠다. 당시에 누나가 종종 혼자 사는 자신을 챙겨줬으며 아버지와 재회한 것은 그로부터 무려 5년 후였다고...

아이러니하게도 배우를 꿈꾸게 된 이유는 부모님 때문이라고 한다. 어머니, 아버지 모두 영화를 좋아해서 7살 때부터 극장에 자주 다녔다고. 극장에서 처음 본 영화는 <터미네이터 2: 심판의 날>.

긍정적이고 차분하며 끈기 있는 성격이다. 본인의 인생을 관통하는 철학도 진인사대천명(盡人事待天命)과 새옹지마라고 한다.

롤 모델은 배우 박해일과 이종혁.

1984년생인 나이에 비해 상당한 동안이다. 드라마 <펜트하우스>에서 고등학생 딸 하은별과 식사하는 장면이 나오는데 살벌한 분위기만 빼면 연상연하 커플의 데이트인 줄 알았다는 시청자 평이 주를 이룬다. 클립

사람과 술을 좋아하며 주량이 센 편이다. 2병 정도 마시면 기분이 좋고, 3병 째에는 알딸딸하다고 한다. 《아이즈》 2014년 3월

야구를 좋아해서 사회인야구를 2년 간 한 적이 있다고 한다. 포지션은 주로 2루수 아니면 좌익수. 대전 출신으로서 한화 이글스를 응원한다고 밝혔다.

군 제대 후 상경해 보증금 20만 원에 월세 13만 원의 집에서 바퀴벌레, 곱등이와 동거한 적이 있다고 한다. (...) 열악한 환경 때문에 힘들었을 만한데도, 오히려 오랜 기간 월세 한 번 안 올린 주인집 할머니, 할아버지에게 감사한 마음을 전했다. <옥탑방의 문제아들>에서 밝힌 후일담으로는 2년 전[25] 그 집을 다시 찾아가 봤는데 할아버지는 돌아가셨고, 할머니는 연로하셔서 윤종훈을 못 알아봤다고 한다.

서울액션스쿨 12기 출신이다. "사실 저는 아무 것도 못합니다. 하지만 여기를 못 견딘다면 앞으로 저는 어디 나가서도 성공 못할 것 같습니다."라는 패기 있는 말에 정두홍이 합격시켜줬다고 한다. 넘사벽 수준의 동기들 때문에 매번 꼴찌를 면하지 못했지만 발차기 하나는 예쁘다고 칭찬 받았다고 한다.

드라마 <응답하라 1994>의 김기태 역으로 인지도를 높였다. 사실 단역이나 조연을 가리지 않고 다작을 하면서 주연의 자리까지 올라온 배우라 출연 이력을 보고 뒤늦게 "이 작품에도 나왔었다고?"하며 놀라는 사람들이 많다.

2017년, 서예에 입문했다. 서예 선생님께 서정(敍炡)이라는 호를 받았다고 한다. 가끔 인스타그램에 본인의 작품을 올린다.

마루라는 이름의 반려견을 키우고 있다. 견종은 말티즈.

의사 역할 전문 배우다. 드라마 <응급남녀>, <리턴>, <어쩌다 발견한 하루>, <그 남자의 기억법>에 이어 <펜트하우스>에서도 의사를 맡아 연기했다.[27]

닮은꼴로는 신혜성, 이정재, 박건우가 언급된다.

짝눈이 콤플렉스였으나, 드라마 <몬스타>에서 만난 김원석 감독[29]이 "매력적인 눈이다. 배우로서 장점이 될 거다."라고 말해준 뒤 자신감이 붙었다고 한다. 지금은 짝눈 덕분에 선역, 악역을 가리지 않고 할 수 있었다며 자신의 이런 부분을 좋아한다고 밝혔다. 실제로 팬들이 꼽는 매력 포인트 중 하나기도 하다. 《스타뉴스》2021년 1월

드라마 <펜트하우스>에서 하윤철 역할을 맡으며 병약 섹시라는 독창적인 별명이 생겼다.[31] SBS 드라마 유튜브 채널인 SBS Catch에서 대놓고 나 병약 섹시 좋아했네..라는 제목으로 시즌 1의 하윤철 요약본을 올려주기도.

31살 때부터 일반인 친구와 동거 중이라고 한다. 항상 시간 남는 사람이 자연스럽게 집안일을 해와서 7~8년동안 단 한 번도 싸운 적이 없다고 한다. 만약 친구가 여자였으면 결혼했을 지도 모른다는 생각도 했다고. 윤종훈 본인이 살림하는 걸 워낙 좋아해서 미래의 배우자가 바깥일을 주로 한다면 본인은 전업주부를 해도 괜찮다고 말하기도 했다.

이상형은 진취적이고 자기 할 일을 잘 하는 사람.