매년 유네스코 세계유산위원회(World Heritage Committee)는 세계유산들 중 전쟁(내전), 테러, 반달리즘, 난개발, 자연재해, 기후변화, 오버투어리즘 등의 문제로 보편적 가치가 파괴되거나 훼손될 위험에 처한 세계유산을 선정해 해당 국가에 조치를 취할 것을 권고하면서 "위험에 처한 세계유산"에 지정한다. 자국의 세계유산이 이 목록에 지정되면 해당 국가는 매년 세계유산의 상태를 점검해 유네스코에 보고해야 하는데 이후 문제 해결을 위한 국가의 노력이 인정되거나 문제가 해결된다면 목록에서 제외된다. 해제된 후 새로운 문제가 생길 경우 다시 지정되기도 한다.

만약 세계유산의 보편적 가치 훼손이 매우 심각하여 더 이상 인류 유산으로서의 가치가 없다고 판단되면 투표를 거쳐 지정 해제될 수도 있는데 지금까지 두 건이 있었다. 2007년 오만의 아라비아오릭스 보호구역이 오만 정부의 보호구역 축소로, 2009년 독일의 드레스덴 엘베계곡은 강을 가로지르는 다리의 건설로 인하여 각각 지정 해제 되었다.

2020년 현재 53개의 세계유산이 위험에 처한 세계유산으로 분류되어 특별 관리를 받고 있으며, 아시아에 19개, 유럽에 3개, 아프리카에 22개, 아메리카에 7개, 오세아니아에 2개가 있다. 대개 훌륭한 유산을 가지고 있지만 관리할 능력을 거의 상실한 막장 국가들인 경우가 많다.

근래 중동권과 아프리카 등지에서 정치 불안이 계속되면서 해당 지역의 세계유산들이 심각한 위험에 처해있다. 탈레반이 바미안 석불을 파괴한 것은 이미 오래전 일이고 이라크 전쟁으로 고대 유적들이 피해를 본 일도 있었다. 2013년엔 시리아 내전이 발생하면서 알레포에 위치한 세계유산으로 지정된 모스크가 폭격으로 파괴되는 등 여러 세계유산들이 파괴되는 불행을 겪었다. 내전으로 앓고 있는 시리아와 리비아는 자국의 모든 세계유산이 위험에 처한 세계유산에 지정되어 있다.

아프리카에서는 말리의 투아레그족 내전 중에 팀북투의 이슬람 성인 묘역들이 파괴되었으며 고문헌들도 위험에 처했으나 현지 학자들의 필사적 노력으로 대부분의 문헌을 안전한 곳으로 옮겼다고 한다. 유네스코도 이런 일련의 사태들에 우려를 표한 상황이다.

과도한 개발로 위기에 처한 세계유산의 예로는 리버풀의 항만지구, 빈의 구시가지, 예루살렘 구시가지 등이 있다. 각각 주변 지역의 재개발, 고층건물 건설, 교외의 난개발이 문제가 되고 있다.