수도권 전철 1호선과 마찬가지로 유독 다른 노선들 보다도 유난히 사건 사고가 많다.[1]

2013년 10월 15일 오전 6시 28분 경, 서울메트로 오이도행 전동열차가 반월역으로 진입하던 중 집전장치가 고장나면서 멈춰섰다. 사고 수습을 위해 인근 역의 전력 공급을 차단하여 산본역 ~ 안산역 구간의 하행선 운행이 중단되고, 상행선으로 양방향 열차를 운행하였다. 트위터

평일 출근시간대에 발생한 사고 때문에 승객들이 큰 불편을 겪었다. 이후 사당역 ~ 금정역 구간의 하행선 운행도 중단하게 되자, 안그래도 붐비는 사당역 4번 출구 버스정류장으로 서울을 빠져나가려는 승객들이 몰려 헬게이트가 열렸다.

한국철도공사 관할 구간에서 서울메트로 소속 열차가 사고가 났기 때문에 양측은 서로 책임을 떠넘기려는 모습이 보였다. 코레일 전광판 서울메트로 전광판

2013년 10월 15일 오전 10시 37분, 복구가 완료되었다. 트위터

2015년 4월 2일 오후 9시 5분경, 낙뢰와 강풍으로 인해 안산선 오이도~한대앞 구간에서 단전이 발생, 하행 방면 열차운행이 중단되는 사고가 발생했다. 일부 승객들은 전동차에서 내려 다른 교통수단을 이용해야만 했으며, 코레일은 임시방편으로 상행 선로를 이용해 단선 운행을 하였다. 이 사태는 오후 10시 40분경 해소되었다.

덩달아 수인선 월곶~오이도 구간도 운행중단되었다.

2016년 1월 6일, 한성대입구역 부근을 지나던 서울메트로 열차에서 단전이 일어나 승객들이 철로로 대피하는 소동이 일어났다. 사고 원인은 노후화된 기계 부품을 1997년 이후로 한번도 교체하지 않은 것으로 인한 고장으로 밝혀졌다.[2]

2016년 1월 26일, 출근시간에 미아역에서 전동차가 고장나 승객들이 불편을 겪었다. 한성대입구역 사고 이후 한 달도 되지 않아 발생한 사고이며 그 원인도 전동차의 기기 결함으로 같다. 제동장치 이상으로 보인다 한다.

2017년 1월 13일 오후 5시 46분경, 창동역에서 서울메트로의 전동열차가 고장나 승객들이 불편을 겪었다. 고장난 전동열차는 역 안에서 정차 중이던 상태여서 터널로 대피하는 등의 소동은 없었다. 서울메트로는 열차 정지 원인이 동력 공급 문제로 추정된다고 밝혔다. 사고 시점으로부터 약 30분쯤 뒤 고장난 열차가 끌려가고 나서 전동열차 운행이 정상 재개되었다.

고장열차는 409편성이며 뒤에서 밀어준 구원열차는 코레일 오이도행 납작이 341x04이었다. 현재 409편성은 수리 후 정상 운행중이다.또한 현재341x04편성은 중간차 노후화로 Tc칸을 제외한 나머지 객차들을 311x01편성에서 차출시켜 운행하고있다.

2018년 10월 29일 오전 6시 7분, 이촌역에서 한국철도공사 소속 당고개행 전동열차가 전력공급 차단으로 인해 멈춰섰다. 7시 25분 경, 구원열차가 출동하였으나 체결기 고장으로 인해 회송이 늦어졌다.

사고 열차는 8시 10분 경 회송을 시작하였고 목적지인 한성대입구역에 도착하였다. 하지만 체결기 문제로 작업이 지연되었고 9시 30분 경까지 작업이 끝나지 않았다. 이 여파로 상행선이 마비되어 4호선의 역들이 큰 혼란을 겪었고, 타 노선에도 영향을 끼쳐서 월요일 아침부터 출근대란이 일어났다.

구원열차의 도움으로 약 2시간 만에 운행이 재개되긴 했으나 다이어가 개판이 되어 여파가 하루종일 이어졌다. 또한, 서울교통공사와 한국철도공사의 무책임한 태도로 인해 시민들의 분노는 더더욱 가중되었다.

2019년 1월 8일 오후 11시 55분경, 이촌역과 동작역 사이에 지나는 동작대교에서 한국철도공사 소속 오이도행 전동열차가 열차 전기 출력 이상으로 추정되는 문제가 생겨 갑자기 멈춰섰다. 이 사고로 열차를 타고 있던 승객들이 동작대교 위에서 약 17분 동안 불안에 떨어야 했고 2019년 1월 9일 오전 12시 12분경에 멈춰선 열차는 운행을 재개해 동작역에 정차한 후 승객들을 하차시켰다.

고장 열차 안에 있던 일부 승객의 항의에 따르면, 열차가 동작대교에 멈추고 5분 이상이나 안내방송을 한 적이 없었다고 한다.

이 여파로 한때 수도권 지하철 4호선 하행선의 운행이 15분 간 중단되었다. 출처

2019년 7월 27일 오전 08시 04분경, 범계역을 출발한 서울교통공사 전동차에서 이상이 발생해 구조물을 파손시켰고, 안산선 금정역~과천선 정부과천청사역 구간이 단전되었다.

이 사고의 여파로 금정~과천 구간이 4시간동안 운행 중단되었고, 타 열차는 당고개~대공원, 금정[3]~오이도 간 반복운행을 함으로써 사상 최초로 대공원행열차가 운행을 하였다.[4]

2020년 6월 11일 상계~노원 구간에서 열차 추돌사고가 발생하였다. 서울교통공사 소속 461편성이 당고개역을 출발하여 창동차량기지로 이동하던 중 한국철도공사 소속 341X23편성을 충돌하여 사고 이후 복구전까지 모든 열차는 노원역까지만 운행했으며, 상계~당고개 구간이 셔틀버스로 대체운행되었다.
당일 오후 4시 18분경 복구가 완료 되었다.

2020년 7월 8일 오전 7시분경 과천선 금정 - 선바위 구간 전차선이 단전되었다.
오전 7시 36분경 전차선 단전은 복구되었으나 이 여파로 4호선 일부 열차의 운행이 지연되었다.

2020년 7월 11일 오전 9시 24분경 30대 여성이 인덕원역에 진입하는 오이도행 전동차에 뛰어들어 중상을 입었다. 여성은 병원으로 옮겨졌고, 이 여파로 열차 운행이 20여분간 중단되었다. 이 당시 인덕원역에는 스크린도어 개량공사로 인해 문이 열려있었다.

2021년 1월 7일 8시 21분 상행선 지하철이 고장으로 멈춰섰으며 이후 전차선까지 고장났다. 이후 10시 40분에 정상화 되었다.

장애인 단체의 4호선 상행 점거 시위로 인해 2시간 가량 전철 운행이 정지되었다.