초기에는 1터미널만 개장했고 1992년 2터미널의 개장과 더불어 1터미널은 순차적으로 리노베이션 및 확장을 거쳤다. 2터미널 개장 후 초기에는 1터미널은 외항사, 2터미널은 일본항공과 전일본공수 양대 국적사(및 일부 외항사)의 허브터미널로 사용하는 체제였다. 2006년 6월 2일 1터미널 확장 완료 후에는 ANA와 유나이티드 항공을 1터미널 남쪽 구역으로 이전하고 각 부분을 스카이팀, 스타 얼라이언스, 원월드등 각 항공동맹의 본진으로 사용하도록 했다. 최근에는 저가 항공사를 2터미널에 배정해 주는 경우가 많다. 2015년 4월 8일부터는 2터미널 북측의 화물터미널 부지를 일부 전용해서 제3여객터미널을 운영하고 있다. 이 3터미널은 LCC(저가항공사) 로만 운영되고 있다. 참고

한국 국적기 중 대한항공과 아시아나항공만 나리타를 오가던 2010년까지만 해도 국내 항공사는 1터미널을 벗어나지 못했다. 아시아나는 2006년 1터미널 남쪽 윙 재개장 전에는 2터미널을 이용했다. 그러다가 이스타항공이 인천-나리타 노선을 개설하면서 2터미널로 들어갔다. 2015년 4월 8일부로 제3터미널이 오픈함에 따라 제주항공 및 바닐라 에어 등은 기존 2터미널에서 3터미널로 옮기게 되었다.

또한, 항공 동맹에 소속되지 않은 기타 항공사들은 각 터미널에 적당히 분산되어 있으니 사전 확인이 필요하다.