발터 베버 항공대장(1935년 3월 1일 ~ 1936년 4월 24일) 알베르트 케셀링 항공대장(1936년 6월 5일 ~ 1937년 5월 31일) 한스위르겐 슈툼프 항공대장(1937년 6월 1일 ~ 1939년 1월 31일) 한스 예쇼네크 상급대장(1939년 2월 1일 ~ 1943년 8월 19일) 귄터 코르텐 항공대장(1943년 8월 25일 ~ 1944년 7월 22일) 베르너 크라이페 항공대장(1944년 8월 2일 ~ 1944년 10월 28일) 카를 콜러 항공대장(1944년 11월 12일 ~ 1945년 5월 8일)
1937년 괴링은 국가항공성을 군사분야와 민간분야로 분할할 것을 발표했다. 이때 군사부문이 바로 공군최고사령부가 되었다. 그러나 민간항공과 군사항공의 분리는 완벽하지 못했으며, 군사 부문의 일부 부서(중앙부서, 일반항공청, 감사총국)는 공군총감 에르하르트 밀히 원수의 통제 하에 있었다. 이러한 편성은 나치 당내에서 인기를 얻고 있던 밀히를 견제하기 위한 것이었는데, 그 다음해 괴링은 또다시 조직을 개편하여 밀히에게 딸려 있던 3개 부서를 없애고 공군최고지휘관 직속의 3개 부서를 신설했다
