일본 사이타마현 와코시에 본부를 둔 자연과학종합연구소로 문부과학성 산하의 연구 기관으로 독립행정법인으로 운영되고 있다. 흔히 리켄(RIKEN)이라는 이름으로 알려져 있다. 일본 최고로 꼽히는 곳이면서 세계적으로도 높은 연구 실적을 가진 곳이다.

일본 각 지역에 연구 거점을 두고 있으며 약 3천명의 직원들과 약 900억엔 수준의 예산으로 운영된다.

1913년 일본의 과학자인 다카니메 조키치는 국가 주도의 연구소의 필요성을 주장했으며 이 주장이 받아들어져 1915년 제국 의회에서 이화학연구소의 창립이 결정되어져 1917년에 설립되었다. 이후 이화학연구소는 상업적 목적으로 과학적 성과를 이용하기 시작하며 여러 방계 회사를 만들며 재벌화됐는데 이게 구 15대 재벌 중 하나인 리켄 재벌이다. 패전 이후 이화학연구소는 GHQ에 의해 재단법인이 해체되고 주식회사 형태로 바뀌었다가 1958년 특수법인 이화학연구소로 다시 시작했다. 이후 2003년부터 독립 행정 기관으로 운영되고 있다.

이화학 연구소의 목적은 이화학 분야에서 평화적이고 산업에 이바지 하는 활동을 함으로써 일본 산업의 혁신을 추진하여 공공의 이익에 이바지하는 것이다.

사이타마현 와코시에 위치한 혼죠, 와코 연구소 외에도 이바라키 현 츠쿠바시에 위치한 츠쿠바연구소, 효고현에 위치한 하리마 연구소와 고베 연구소, 요코하마 시에 위치한 요코하마 연구소, 그 밖에 혁신지능통합연구센터, 판교 분소 등의 연구소가 있으며 국외에도 거점을 두고 있다. 연구소마다 연구 분야가 다른데 와코 연구소의 중앙 연구소는 물리학, 화학, 생물학, 지구과학 및 천문학의 기초 연구를 수행하며 뇌과학종합연구소에서는 분자학, 생물 세포학, 신경 과학에 이르는 분야를 연구하고 고베 연구소는 제약, 재생 의학 등을 연구한다. 이 외에도 중이온가속기를 연구하는 곳이나 차세대 슈퍼컴퓨터 연구 등도 하고 있으며 기업들과 연계해서 연구를 진행하기도 한다.

2020년 6월 기준 세계 1위의 슈퍼 컴퓨터인 후가쿠의 개발에도 참여하였다.