일본 나가사키현에 위치한 일본의 도시. 운젠 온천과 운젠아마쿠사 국립공원으로 유명하다.

본래 시마바라번 타카키군 지역에 속하였으며, 폐번치현 이후 시미바라현에 속하였으나 시마바라현이 나가사키현으로 합병되면서 나가사키현 소속이 미나미타카키군이 된다.

그 뒤 2005년 오바마초, 쿠니미초를 비롯한 7개의 정촌이 합병하여 운젠시가 되었다. 도시 이름은 운젠다케산(雲仙岳)에서 따왔다.

시마바라 반도에 위치하며, 시역의 대부분은 운젠 산맥이다. 바다의 가까운 부분은 평야지대이며 시가지가 발달되었다.

북서쪽으로 이사하야시 남쪽으로 시마바라시, 미나미시마바라시와 접하고 있다.

어업, 농업등 1차 산업이 발달했으며, 그 외로는 운젠 온천, 국립공원 등 관광업이 발달했다.

시마바라 철도의 시마바라 철도선이 지나며, 아이노역부터 타이라역까지 운젠시에 속한다.

57번 국도, 251번 국도, 389번 국도가 지난다. 가장 가까운 고속도로 나들목은 이사하야IC이다.