2005년부터 전력분석원을 맡고 있던 김태한을 1군 불펜 투수코치로 임명했다. 아 안돼! 기존 1군 불펜 투수코치였던 김현욱은 2군 투수코치가 됐다.

박흥식 1군 타격코치와 이종두 2군 타격코치의 보직이 맞바뀌었다. 그동안 3점 라이온즈라고 불릴 정도로 타선이 전반적으로 침체된데다 2006년 한국시리즈에서도 타격 부진으로 어려움을 겪었기 때문이었다.

전년도 부진했던 박석진, 트레이드된 후 2년 동안 1군에 못 올라온 최용호, 그리고 경찰 야구단에서 복무 중이던 라형진이 방출됐다.

진갑용, 김재걸, 전병호가 FA로 풀렸다. 진갑용은 3년간 재계약하고 나머지 2명은 2년 재계약했다.

2006년 11월 21일에 강영식이 롯데 자이언츠의 신명철을 상대로 트레이드됐다.

상무 피닉스 야구단에서 복무한 권오원과 김문수, 병역비리에 연루돼 현역 포병으로 복무한 곽동훈이 제대했다.

김효남과 임익준이 상무에 입대했다. 신인이었던 임익준은 합격자가 아니었지만, 원래 상무에서 송승준을 위해 한 자리를 비워두었다가 송승준이 2008년 베이징 올림픽을 노리면서 입대를 미뤘고, 그 덕에 입대할 수 있었다. 개막전 이후에 입대하면서 다른 선수들에 비해 입대날짜는 늦었지만, 그래도 동갑내기들에 비하면 상당히 일찍 군복무를 마쳤다.

1차 지명자 중 1명인 김상걸은 계약금 8천만원을 받았다. 1차 지명자 중 1자리는 일찌감치 김동명으로 결정된 가운데 뽑을 선수가 없어서 다른 1명을 정하지 못했는데, 1차 지명 후보자를 둘러보던 선동열 감독은 김상걸을 지목하면서 "그나마 얘는 체격이 좋잖아."고 한숨 쉬며 말했다는 후문이 있다.

테스트를 통해 신고선수로 입단한 조인권은 제주산업대 졸업 후 일본 사회인 야구팀인 이바라키 골든 골즈[2]에서 활동한 특이한 경력이 있었다. 대졸에 군복무를 마치고 이바라키에서 1년간 활동해 신인치고는 다소 많은 나이에도 불구하고, 팀내에서는 나름대로 주목받았지만 결국 1군에는 못 올라왔다.

3선발로 10승을 올린 제이미 브라운과는 재계약했지만, 전년도 2선발로 팀내 다승 1위였지만 구위가 타자들을 압도하지 못한다면서 팀 하리칼라와의 재계약을 포기했다. 대신 크리스 윌슨을 영입했다.

1월 13일부터 3월 11일까지 괌과 오키나와에서 전지훈련을 했다. 긴테쓰 버팔로즈 감독과 주니치 드래곤즈 수석코치를 역임한 사사키 쿄스케가 타격 인스트럭터로 참여했고, 전년도 삼성 캠프에서 같이 훈련했던 오치아이 에이지는 은퇴 후 삼성에서 코치 연수를 받기로 하면서 전지훈련에도 참여했다.

당시 공익근무요원로 군복무 중이었던 윤성환은 시즌 중 소집해제를 앞두고 전지훈련 참여를 위해 그동안 휴가를 한 번도 쓰지 않고 모았다는 것이 알려져 화제가 됐다. 또한 신고선수로 입단했음에도 여타 신인 선수들을 제치고 전지훈련에 참여하게 된 송주호와 조인권도 눈길을 끌었다.

2년 연속 우승으로 시즌 전부터 나머지 7개 구단으로부터 공공의 적 취급을 받았다.

배영수가 토미 존 서저리로 이탈한 가운데 선발투수 중 10승 이상을 올린 투수는 제이미 브라운 뿐이었다. 시즌 초반에 일찌감치 크리스 윌슨을 퇴출시키고 브라이언 매존을 데려왔지만 매존 역시 그리 좋은 모습을 보이지 못했다. 그래도 봉중근에게 봉미미란 별명을 선사했다 토미 존 서저리를 받은 후 전년도 시즌 후반에 복귀한 권혁이 중간계투로 시즌 중반까지 압도적인 구위를 보여주며 그간 많이 던졌던 탓에 힘이 떨어진 권오준을 대신해 셋업맨으로 활약했으나, 권혁 역시 혹사로 인해 경미한 부상을 당했고 8월 이후 3주 가량을 쉬었다.

타선에서는 노쇠화와 젊은 선수들이 치고 나오지 못했다는 게 가장 큰 문제였다. 세대교체의 선두로 손꼽히던 조평신 1호기조영훈과 조평신 2호기조동찬이 각각 부진과 부상으로 성적이 폭망하면서 1군 선수 중에서 20대 선수라고는 서른을 눈 앞에 둔 박한이와 신명철 뿐이었다. 이 때문에 선수를 영입할 줄만 알지 키울 줄은 모른다라는 비판도 나왔다. 그나마 8월 2일에 대구 LG 트윈스전에서 대타로 나온 채태인이 띵하고 홈런을 치면서[3] 새로운 기대주로 떠올랐다. 이 홈런 한 방으로 선동열 감독은 2008년에는 채태인을 주전 1루수로 쓰겠다고 했지만 실제로 그렇게 되진 않았다.

이 해에 삼성이 여름에 강하다는 게 성적으로 입증됐다. 7월 15일부터 한 달 동안 진행된 서머리그[4]에서 삼성이 우승을 차지한 것. 전년도 무릎과 어깨 수술로 거의 쉬다시피 했던 심정수는 서머리그 MVP를 수상했고 정규시즌 홈런 1위으로 성공적인 복귀를 했지만 0.255의 타율로 역대 홈런왕 중 최저 타율을 기록한데다 삼진 역시 1위를 하면서 심정수는 '심봉사', '청각타법의 달인'이라는 달갑지 않은 별명을 함께 얻었다.

62승 60패 4무, 4위로 정규시즌을 마쳤다.

시즌 초 곽동현이 개인사정으로 임의탈퇴됐다.

4월 20일에 윤성환이 소집해제됐다. 윤성환은 6월 20일에 1군에 올라왔다.

8월 12일에 정현욱과 현재윤이 소집해제됐다. 현재윤은 8월 15일에, 정현욱은 8월 21일에 1군에 올라왔다. 현재윤은 9월 확장 엔트리와 겹치면서 많이 출장하지 못했고, 2007년 야구 월드컵 대표팀에 뽑히면서 일찌감치 1군 엔트리에서 제외됐다.

준플레이오프에서 한화 이글스를 상대로 1승 2패로 졌다.