북한의 대남공작기관은 주로 조선로동당과 조선인민군에 소속되어있다. 대남공작기관이 펼치는 전략을 알기 쉽게 풀이하자면,

로 정리할 수 있다.

조선로동당 산하의 대남공작기관은 6.25 전쟁 당시부터 존재했으며 지금까지 알려진 바로는, 대남 선전을 주임무로 하는 통일전선부, 남한과 제 3국 침투 및 복귀 루트를 짜는 작전부, 대한민국내 간첩 조직을 구축하고 관리하는 대외연락부와 해외 정보 수집기관 대외정보조사부가 있다. 이 조직들은 명칭도 서로 비슷하고 정체가 드러나면 이름을 바꾸어버리기 때문에 그 실체를 파악하기가 상당히 힘들다.

2009년 4월 전인대 12기 회의에서 당소속 작전부 · 대외정보조사부가 인민무력성 정찰총국으로 흡수통합되었다.

통일전선부, 작전부, 대외연락부가 대남공작업무의 비밀유지와 독립성을 위해 평양직할시 모란봉구역 전승동에 있는 조선로동당 3호 청사에 있기 때문에 흔히 조선로동당의 대남공작기구를 3호 청사라고도 부른다. 다만 대외정보조사부는 창광거리 조선로동당 본청사에 있다.[2]

조선인민군 산하에는 총참모부 정찰국이 대남공작업무를 담당하고 있다. 정찰국도 한국전쟁 당시부터 존재했으나 전쟁 당시의 비밀공작에 대해서는 알려진 바가 없다. 하지만 휴전 후에는 주로 무장공비를 침투시켜 요인 암살, 주요 시설 폭파, 테러, 정보 수집 등의 대남공작을 벌여왔는데 대표적인 사건으로는 아웅산 묘소 폭탄 테러, 강릉 무장공비 침투사건, 1.21 사태 등이 있다.

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2009년 2월 총참모부 정찰국과 작전부, 대외정보조사부를 통합해 정찰총국으로 대남공작기관을 대대적으로 확대 개편하였다.
통일전선부는 조선로동당 소속으로 남았지만 대외연락부는 내각 소속으로 바뀌면서 명칭도 대외교류국(225국)으로 변경되었다.

2008년 적발된 원정화 사건 이후로 북한 내 방첩 활동을 전담하던 국가안전보위부도 대남공작 활동을 하는 것을 보면 대남공작 업무 분담이나 개편이 있었던 것으로 추정된다.