본래 금정3번은 현재 운행 중인 금정3-1번이 경유하는 선동에서 출발했던 노선이었으나 선동 일대의 인구가 감소하며 승객 수가 떨어지고 적자가 누적되자 2000년대 초 당시 운행회사이던 선동버스가 파행운행을 하였다. 그러나 선동 주민들의 반발로 구청에서 제제가 들어왔고 이로써 운행이 재개되었고 회사명도 태성여객으로 변경되었다. 이후 태성여객은 연산버스로부터 연제구 마을버스 노선인 연제2번을 사들이는 등 세력이 꽤 많이 확장되었다.

그러나 2006년에 또다시 운행중단 및 파행운행을 하였다가 금정구청과 협상 후 운행이 재개되었다. 이 때 노선을 구서선경아파트까지 연장하여 구서역까지 운행하는 마을버스노선으로 조정하여 2대로 운행하게 되었고 선동 방향은 금정3-1번으로 분리되었으나 인가받지 않은 노선이었으며 '선경아파트 - 구서역' 구간을 금정3번으로 운행하다가 시간표에 따라 선동으로 연장운행하는 방식으로 운행하였다.

그러던 2008년에 시내.마을버스 노선 조정으로 금정3번의 '선경아파트 - 구서역' 구간이 정식노선으로 되었다. 금정3번은 2대의 차량으로, 금정3-1번은 연제2번 감차분으로 1대가 운행하게 되었다.

한참 후인 2014년에 노선을 부산외국어대학교까지 연장하였고 산성버스의 차량분 1대를 양수하여 신차를 증차분으로 투입하였다.

2016년 3월 12일에 노선이 '구서역 - 롯데캐슬 - 구서선경아파트 - 부산외대정문 - 부산외대캠퍼스 - 부산외대정문 - 남산역'으로 변경되었으며 좁은 도로에 불법주정차 차량까지 많아 다니기 어려웠던 구간을 직선화했다. 관련 공지사항 1 관련 공지사항 2

2017년 2월 23일에 금정3번 차량이 카운티에서 NEW BS090 차량으로 대차되어 2대가 투입되었다. 선동버스 시절 이후로 간만에 투입된 중형차량이며 외대 통학수요를 대응하기 위해 중형차량을 출고한 것으로 추정된다.

2018년 12월 13일에 동진여객 소속이었던 1191호를 양수하여 금정3번에 증차투입했다.[4]

등산로 중턱에 있는 부산외국어대학교 교정까지 올라가는 유일한 버스 노선이라서 통학수요가 꽤 많다. 다만 2020년 2월 29일부터 301번도 교정까지 올라오게 되면서 외대쪽 수요 감소가 예상되는 상황이다. 다만 선형이나 배차간격을 보면 301번이 불리하다.

외대 수요보다 구서2동 선경3차아파트와 우성아파트 주민들의 수요가 더 많다. 구서역에서 구서2동 선경3차아파트와 우성아파트까지 바로 코 앞까지 모셔다주는 노선이기 때문. 특히 주말에는 이마트 금정점에서 이 노선을 이용하는 쇼핑 수요까지 꽤 존재한다. 상술했듯이 NEW BS090의 투입 이후 호응도가 꽤 좋은 편이다.

가끔 연제2번 차량이 투입될 때도 있다. 관련 게시물

운행종료 시 3-1번과 함께 상현마을 정류장 앞에서 주박하며 주박장소 바로 맞은 편에 88집이라는 오리고기 식당 옆 동에 영업소 및 승무원 휴게실이 존재한다. 다만 선동주차장이나 수 미터 떨어져있는 하정로 부근 금정구지역자활센터 옆 공터에 금정3번 운휴차량이 간혹 목격되곤 한다. 그러나 2021년도 기준으로는 사무실 및 주박지를 다른 곳으로 이전한 것으로 보인다. 기존 선동 사무실은 폐쇄되었고 현재 공사중이다.

파일:Busan Metro Line 1 icon.png 부산 도시철도 1호선: 구서역, 남산역