수록곡은 모두 210곡으로, 곡마다 각각 이지와 하드 난이도가 있다. 수록곡마다 곡을 상징하는 엠블럼이 있으며 2.0.0 부터는 각 챕터마다 곡을 배치했고, 4.5버전에서는 곡들의 난이도 표기와 패턴을 대대적으로 수정했다. 챕터 후반부로 갈수록 상향 평준화된 난이도 체계가 앞 챕터 곡들에 비해 차이가 상당히 컸기 때문으로 보인다. 실제로도 난이도 조정 이후 체감 난이도는 표기 난이도에 근접하게 되었다.

인게임 순서대로 정렬하였으며 히든곡들은 원곡의 다음에 기재하였다. 9레벨 곡들은 숫자에, 각 챕터 별 보스곡은 곡명에 굵은 글씨로 표시한다.

스토리에 해당하는 각 챕터의 이름은 Cytus-ALIVE에 수록된 곡의 이름과 같고, 이 곡들은 Alive 챕터에 수록되어 있다. 모바일 버전 6.0 이후 Alive 챕터의 The New World를 끝으로 Cytus의 메인 스토리가 완결되었다. 후속작인 Cytus II의 스토리와의 연관성은 아직 명확하게 밝혀지지 않은 상황. 본편의 프리퀄이라는 설이 몆몆 유저들에서 나오고 있지만 개발사 측에서는 C2가 Cytus의 시퀄이라고 분명하게 밝히지 않고 있다. 자세한 사항은 해당 항목 참고.

사이터스 고유 곡 선택 방식이었던 '챕터' 가 아닌 전곡이 메인화면에 히든곡으로 존재한다. 챕터 선택창에서 1~10챕터의 수록곡의 이지와 하드 난이도 클리어를 나타내는 부분을 누르면 플레이 가능. Cutscene 모드라는 이름으로 소개된 BGA를 최초로 지원하며, Cytus-ALIVE에 수록된 곡들이 편집 없이 원곡 그대로 수록되었기 때문에 곡의 길이기 긴 편이다. 또한 초창기 작곡가인 Sta와 Cranky가 담당했다.[3]

게임을 실행할 경우 처음 나타나는 챕터. 초기에는 레벨이 낮은 패턴만 있어서 존재감이 옅은 편이지만 개편 이후 Light up my LOVE이나 Secret Garden 등 어려워진 패턴도 추가되었다.

대부분 연타형 채보가 많은 편이다. Entrance의 경우 최초의 보스곡이었으며, 챕터 분할 이후로도 Precipitation at the Entrance II와 같은 고난도 채보의 추가로 다른 곡들이 추가되어 4.0버전까지도 고난도 챕터로 분류되었다. 현재도 초창기 챕터 중에서는 난이도가 있는 편.

Halcyon빼고는 전부 무난한 난이도 위주의 곡들. 거의 모든 곡 레벨이 7 이하 이며 8레벨인 The Riddle Story는 박자가 조금 까다로워 높은 TP를 받기 어려울 뿐 익숙해지기만 한다면 상당히 쉬워진다. 히든곡을 제외한 수록곡의 갯수가 홀수(9개)인 유일한 챕터다.

3.0에서 추가. 다양한 유형의 채보를 골고루 경험 할 수 있다는 점에서 초보~중수 유저들의 평가가 좋은 편. 7.0.0 패치때 노트 변경이 없이 상향평준화의 피해를 봤음에도 불구하고 Parousia와 Sweetness and Love를 제외하면 표기레벨이 근접하여, 전체적으로 밸런스가 잘 잡혀있던 챕터.

대부분의 곡들이 패턴으로 봤을때는 물, 불렙이라는것을 찾아보기 힘드나, Recollections, Zauberkugel과 Biotonic의 난이도가 비교적 어렵지 않아서 챕터 내적으로 난이도는 낮은 편. 그러나 후일 추가된 Alive 챕터의 Vanessa로 인해 챕터 총점 2200만 점 만점을 달성하기는 어려워졌다. TP100의 경우 Recollections 때문에 달성하기 다소 어렵다.

대부분의 수록곡이 레벨대에서 중~중상위권 미만 난이도의 곡이며 8레벨인 Logical Steps, Niflheimr, Old Gold는 뭔가 어정쩡한 8렙 채보를 보여주기 때문에 8렙 하위권 또는 물렙 취급 받는 중이고. 9레벨인 Colorful Skies, The Blocks We Loved는 챕터내에선 어렵게 취급받지만 특정부분을 빼면 매우 쉽다. 다행히도 어려운 구간이 두 군데 있는 Bloody Purity는 이런 취급에서 상대적으로 자유롭다.

꽤나 어려운 곡들이 많아서 초보자들은 여기서 힘이 빠지기도 한다. 특히 L2는 어지간한 실력으로도 힘들 정도. 본래 9레벨 챕터가 가장 많은 챕터였으나, 챕터 M, L에게 차례대로 밀렸다.

L 혼자 6개를 잡아먹은 챕터 7(7개), 하드 전체가 잡아먹은 챕터 M(10개), 구채보 이지, 하드 전체가 모두 10개나 잡아먹은 챕터 L(28개)을 제외하고는 9레벨이 가장 많은 챕터이다. 챕터 7, 9에 묻혀버린 비운의 챕터.

8레벨곡이 5개로 모든 챕터를 통틀어 가장 많았으나, L챕터에 수정된 패턴들이 추가되면서 2위로 밀려났다.

꽤나 인상깊은 곡들이 존재한다. 사이터스 전 최종 보스곡, 16비트 연타곡, 7레벨 보스곡, 스토리모드 최초 클래식 리믹스곡, 롱노트 연타곡, 트릴 지옥곡, 사이터스 대표 물렙곡, 그리고 사이터스 최악, 최후의 보스곡 등.

Cytus λ판에서의 챕터명은 Prologue. LIVE. PS Vita를 포함한 PSM 인증기기로 발매되는 Cytus λ 전용 챕터였으나 6.1 업데이트로 안드로이드 iOS도 플레이가 가능해졌다. 참고로 스토리 챕터 중 유일하게 유료다.

여기서도 물렙 곡들이 있는 편이다. 블루 아이즈와 바이올렛, 인페르누스, 프로세스가 그 예. 차이점이 있다면 블루 아이즈와 바이올렛은 상향평준화로 피해를 봐서 물렙이 되었고 인페르누스와 프로세스는 그냥 물렙 이라는 점이 다르다. 하지만 메개라는 불렙이기 때문에 마냥 물렙곡만 있는 챕터는 아니다.

보스곡·준보스곡 배치의 경우 챕터 P와 같이 난이도 인플레 피해 챕터로 선정된 챕터 5와 비슷한 면이 있는데, 한 순간이 어렵고 스크롤 속도가 빠른 채보 곡(Biotonic, Violet), 스크롤 속도가 느리고 TP100을 찍기 어려운 곡(Recollections, Megaera)이 있다는 점이 바로 그것이다. 다만 Zauberkugel과 Blue Eyes는 둘 다 물렙이라는 점만 빼면 별 공통점이 없다.

여담으로 VITA에 실린 판하고 챕터 일러스트가 다르다. VITA에 실린 일러스트는 캐릭터의 눈이 좀 더 크고 머리카락도 더 정교하게 그려져 있으며 머플러가 좀 더 크게 그려진 등 완성도가 보다 높다.

사이터스 최초의 외전격 챕터로, 클래식 리믹스 위주로 구성되어 있다. 모바일은 4.5버전 부터, 람다는 3.0부터 즐길 수 있다.
Cranky, Sta, Switchworks, xi, Yamajet, Persona, Hoskey, Icebird, Eyemedia가 참여하였다. 특이하게도 작곡자 명의가 아닌 캐릭터 이름이 사용되었다. 그리고 심볼이 두 종류밖에 없다.

챕터 심포니는 레이야크의 신작으로 예정된, 현재 개발중인 리듬게임 '프로젝트 심포니'의 캐릭터와 그 주제가를 소개하는 챕터이다. 추후에는 각 캐릭터별 영상도 올라올 예정이라고.

2015년 9월 21일에 iTunes에 공식 사운드트랙 앨범이 발매되었다. 기존 곡들과 함께 onoken, 削除, Sta의 신곡 3곡이 수록되어있다.

모바일 6.0 버전부터 추가된 두 번째 외전 챕터. 5챕터에 수록되어 있는 Holy Knight에 등장하는 두 검사 아이리스와 로자벨의 이야기를 그리고 있다.[23] Where You Are Not와 Music. The Eternity of Us는 해금곡으로, 챕터의 8곡을 난이도 상관없이 전부 플레이 시 순차적으로 해금된다. The Fallen Bloom은 클리어시 배경 일러스트가 미묘하게 바뀐다.

여담으로 아이리스와 로자벨은 Cytus Alive 챕터 종료 후, 전용 챕터까지 생길 정도로 비중이 많아서인지 바네사와 함께 광고에 자주 등장하기도 한다.

8비트 고전게임풍의 곡이 주를 이룬다. 일러스트와 심볼 또한 그에 맞춰서 도트로 되어있다. 부제들의 앞글자를 따서 읽으면 Ice가 의도한 제목 장난이 나온다. 그 외에도 여기저기에 다양한 비밀을 숨겨놓았다고 한다.

챕터 Timeline은 대만에서 시간 여행을 하는 두 외계 소녀의 이야기를 담은 챕터이다. 각 곡의 해설은 이곳에서 볼 수 있었으나[28] 현재는 링크가 삭제되었다. 곡들은 VGO(Video Game Orchestra)와 협동해서 제작했다고 한다. VGO팀은 대만 타이베이에서 열린 2014 바하무트 라이브 공연에서 Cytus와 DEEMO의 Holy Knight와 Magnolia를 연주한 전적이 있다.

챕터의 약칭이 T인데, 전반적으로 타이완 섬의 역사와 미래에 다룬다는 점에서 Timeline 뿐만 아니라 Taiwan도 같이 의미한다고 볼 수 있다.

곡 선택 화면에서 년도를 터치하면 년도와 소녀가 없는 배경을 볼 수 있다. 일러스트레이터는 DEEMO의 Rayark Selection Vol.3의 일러스트레이터 LDT다. 오픈하우스에서 밝힌 적이 있다.

DEEMO 2.4 트레일러에 Penglaimovement과 A NEW HOME이 수록된다는것이 밝혀져 챕터 K, 챕터 L에 이어 챕터 Timeline이 디모에 이식된다는 사실이 알려졌다. 다만 이 챕터는 5곡만 추려서 이식되었다는 점이 다르다.

MONEY & MONEY 부터 Rebirth까지의 수록곡 채보가 특징이 있는 편인데, MONEY&MONEY의 경우 재즈곡이라 TP100 달성이 어렵고, Phubbing은 중간에 난 데 없이 32비트 트릴이 나오고, PROTEST는 보스곡, CATASTROPHE는 1자 7연타가 계속해서 나오며, Rebirth는 매우 짧은 홀드 노트가 계속해서 나온다. 그래서 9레벨이 2개밖에 없음에도 불구하고 난이도가 썩 쉬운 챕터는 아니다.

이전부터 이야기한 Deemo 곡들의 사이터스 이식이 실현화 된 챕터. Chapter L의 존재감에 상대 적으로 묻히고 있는 모양이지만 전체적으로 불렙이 많다.

Magnolia는 DEEMO에서의 '몰락한 보스곡' 이라는 타이틀을 벗고 Chapter D에서 보스곡의 면모를 보여주었다. 하지만 그 외의 곡들은 동시에 업뎃된 챕터 L이 워낙 넘사벽이라서 유저들은 물렙곡이 아니냐는 반응을 보이기도 했다.

일러스트는 Aub Ergine이 맡았으나 일반적으로 혹평이 많다. 그나마 소녀가 없는 일러스트는 상황이 나은 편.

부제가 모두 L로 시작한다. 각 곡의 길이가 5~6분 정도로 매우 길다! 제일 짧은 L5가 4분 41초다.

재밌는 건 L1부터 L10까지 노트 수를 차례대로 배열하자면, 각 노트 수의 일의 자릿수와 각 L의 시리즈 넘버가 일치한다. 신/구채보 뿐만이 아니라, DEEMO에 이식된 L: The Lower Collection, L: The Upper Collection에서도 마찬가지다.

모든 곡들이 상상을 초월하는 막장 채보로 이루어져 있기 때문에 채보에 대한 엄청난 비난과 탄식이 쏟아졌다. 전체적으로 느린 스크롤에 conflict 저리가라하는 3, 4단 발광폭타에 기괴한 홀드노트와 슬라이드, 게다가 말도 안되는 밀도의 단타로 무장했다.

결국 Ice는 2016년 1월 22일 9.1 업데이트로 채보를 수정했다. 전체적으로 판정선 BPM이 2배로 뻥튀기되고 채보가 대폭으로 너프를 먹음으로 난이도가 크게 내려갔다. 또한 선곡 화면에서 L 실루엣이 있는 부분을 클릭하면 구채보를 플레이할 수 있다. 곡별 L 실루엣 위치는 다음과 같다.

2017년 3월 8일 ふ？가 구 L1 TP100을 달성함으로 Chapter L 전곡 TP100이 현실이 되었다.

스토리가 있다. Chapter L이 나왔을 때 당시에는 구체적으로 밝혀진 바가 없었지만, 페이스북에 올라온 채보 재수정 관련 안내문에 Ice가 쓴 글과 Ice의 개인 트위터에 언급된 떡밥에 따르면 금발의 소년인 Meteo(메테오)와 푸른 머리의 소년 Meteor(미티어)[29]가 주인공이 되는 이야기라고 한다. Entrance는 상징적으로 이 이야기와 연관되는데, 신들이 사는 천계와 인간들이 사는 인간계를 잇는 통로를 Entrance라고 부른다고 한다. 자세한 스토리를 알고 싶은 위키러는 Chapter L앨범에도 중국어로 적힌 스토리북이 들어있으니 참고. 한국어 번역본은 여기를 통해 볼 수 있다.

10.0 업데이트로 추가된 Night Keepers의 챕터. 다른 챕터와 다르게 곡이 8개이다. 또한 유일하게 모든 노래에 보컬이 들어간 챕터이기도 하다. 챕터 K와 챕터 T, 챕터 L처럼 스토리가 존재하며, 내용은 이곳을 참조. 전체적으로 노래에 몽환적인 분위기를 풍기며 불렙곡 또한 없기 때문에 어느정도 어려운 난이도를 원한다면 권장되지는 않는 챕터이다.

Ice가 언급한 부제는 Chapter Memorial로 기념비라는 의미이다. 정식 부제로는 채택되지 않았다.

다운로드 횟수 100만건 돌파 기념으로 무료로 풀린 챕터. 특이 사항으로, 모든 곡들의 하드 난이도가 9레벨이다. 이로 인해 GARDENIA, LES PARFUMS DE CELEBREZ, Afterglow를 제외한 모든 곡들이 만만치 않은 난이도로 구성되어있다. 모든 곡들이 매시업을 베이스로 한다는 특성 때문인지 길이가 긴 편이다. 일러스트는 모두 Ryori란 사람이 그렸다. 이외에도 챕터 R의 모든 픽셀 아트와 챕터 K의 몇몇 일러스트도 이 사람이 그렸다.

각 매시업 작곡가는 각 부제에 맞는 챕터에 곡을 가지고 있다. 직원의 이야기에 따르면 의도된 사항이라고.

플레이 가능한 곡은 아니지만, 시작화면(인트로), 결과화면에서 뜨는 음악. 그리고 기타 앨범 수록곡 등을 정리. 과거에는 앨범 "ALIVE"의 곡들이 여기 있었지만 6.0패치 이후 플레이어블 뮤직이 되면서 옮겨졌다. 또한 1.X당시 타이틀 곡도 8.0에 챕터 Million에 The Beginning이란 제목의 히든곡으로 수록되며 옮겨졌다.[30]