전년도 참가하였던 10개팀이 그대로 이어졌고, 여기에 대구 FC와 광주 상무 불사조가 새롭게 참가하여 총 12개 팀이 리그에 참가하였다.

1991년으로부터 12년 만에 단일리그로 회귀, 팀별로 홈 앤드 어웨이로 네 차례씩 경기를 치르는 풀리그 방식으로 바뀌었다.

44경기 17승 13무 14패(승점 64점)로 7위를 기록했다.

우성용이 40경기 15득점 8도움으로 득점순위 7위, 도움순위 7위를 기록하며 맹활약했다.

시즌 베스트 11에 소속선수 중 산토스가 선정되었다.

아마추어 2종클럽팀만 참가하는 각 권역별 예선 리그를 출발해서 플레이오프를 거쳐서 32강 본선까지 가는 등 아마추어팀에게까지 개방하는 모습까지 보여주는 진정한 FA컵을 만들어가는 모습을 보여주었다.

1.2라운드 예선을 거친후에 12개 프로팀과 예선을 통과한 대학,실업 18개팀, 동호인 2개팀이 토너먼트로 우승팀을 가린다.

2003년 11월21일부터 11월30일까지 구미, 김천, 남해, 수원, 천안, 의정부, 고양, 서울 등 전국 8개 도시에서 열렸다.

8강에서 전남 드래곤즈를 만나 패배하며 대회를 마감했다.