경인여객 - 1999년 폐업

제물포버스 - 2003년 부도 이후 선진네트웍스[11]에서 모든 면허와 차량을 인수하여 인천선진교통 설립.

대진운수 - 1970년 제물포버스 계열사로 설립되었으나 2001년 마을버스 청농교통(현 세원교통)이 인수.

동서교통 - 2001년 마을버스 청룡교통이 대진운수를 인수하여 설립. 2004년 시영운수 계열 세양운수가 인수.

세양운수 - 2006년 세원교통 계열 명성교통이 잠시 인수하여 운행 하였다가 다시 세양운수로 변경되어 동년에 부천 도원교통 계열사인 청룡교통에 매각.

명성교통 - 3개월 정도 존재했다가 계열관계와 전혀 상관 없는 업체의 법인 성명권 침해 소송문제로 다른 사명으로 변경되어 재판까지 면하게 되어 사라진 전설의 회사.

경향여객 - 2003년 잠정적인 영업중단. 노선 매각으로 차익을 보던 브로커 기질이 다분한 회사였다. 경영난이나 임금 체불 문제등으로 망한 것이 아니라 당시 경향여객 경영진에서 노선을 몽땅 팔아넘겨 노선과 차량들이 자연스럽게(...) 타 회사들로 넘어간 경우다. 참고로 이 회사가 법적으로 폐업처리된건 무려 10년이나 더 지나서인 2013년이다. 그 전까지 경향여객은 잔존법인으로 엄연히 생존해 있던 회사였다. 단지 차량과 노선이 없었을 뿐이었다.(...)

인천버스 - 적자노선 사업체로 설립되어 용현운수 계열사로 존재 했으나 2003년에 매각. 현 원진운수.

인천여객 - 적자노선 사업체로 설립되었다. 경영권 분쟁으로 인해 2015년 10월 12일 시내버스 면허 취소 상태. 다만 현재 법인 자체는 남아있다.

관교운수 - 2001년 스위트버스로 변경했다가 2005년 대인교통으로 사명변경.

갈산운수 - 2002년 태양여객으로 사명변경.

부일버스 - 2011년 부일운수에서 분사 후 해성운수로 사명변경.

부일운수 - 2016년 말에 세운교통으로 사명변경.

세원교통 - 2018년 4월에 성산여객으로 사명변경.

영종여객 - 경기북부의 그 회사 맞다. 1998년 신공항여객으로 분사하고 인천에서 철수. 이후 선진고속을 거쳐 현재는 경기고속에 흡수되었다.

대양운수 - 현존하는 동두천의 그 회사 맞다. 2002년 신공항여객에 영종도 노선을 넘기고 인천에서 철수.[12]

용일여객 - 2006년 폐업. 인강여객이 인수.

신공항여객 - 1998년에 영종여객의 강화군내버스와 일부 인천가는 노선을 인천시내버스로 분리시킨 회사. 2002년에 모회사인 영종여객이 부도나면서 폐업. 강인여객이 인수.

강화군내버스 - 1998년 폐업. 강화선진버스에 흡수.

서해운수 - 2010년 대표이사 변경 후 신흥교통으로 사명변경.

철마교통 - 2009년 인천공항에서 일어난 302번 사고 이후 강인교통으로 사명변경.

인하운수 - 1999년도에 잠시 쓰였다 2009년도에 준공영 반대표 던지려고 분사했던 용현운수 자회사. 얼마 안가서 다시 통합 되었다.

신백승여행사 - 2012년에 시내버스 사업부가 신강교통으로 분사. 전세버스는 아직도 운용 중.

세진관광 - 김포공항 리무진버스 업체. 인천공항 개항 후 2004년에 노선반납.

삼환리무진관광 - 2004년에 설립되었던 삼환운수 자회사이자 공항리무진 업체. 2006년 폐업.

해운항공 - 2001년 개항한 인천공항 리무진버스 업체로 2003년 노선 반납.

도원리무진 - 2006년에 설립된 공항리무진 업체. 청룡교통에 흡수.

부평버스 - 태양여객의 방계회사, 한정면허 노선 운행. 2015년 750, 751, 753 노선 반납 및 740을 논현버스로 넘기면서 철수했다

논현버스 - 부평버스에서 740번을 받아서 운행한 뒤 2016년 5월 폐선될 때까지 운행.

스위트버스 - 2005년 대인교통으로 변경.

세종고속 - 강인여객이 면허를 반납한 710을 인수하고 710-1을 분리하여 운행했으나 파행운행으로 인해 노선을 운행하지 않으면서 얼마 안 가 시내버스 사업에서 철수했다. 사실상 폐업하였다.

삼화고속 - 2017년 9월 광역버스 사업 완전 철수.

용현운수 - 2018년 인천스마트로 사명변경.

삼일여객 - 2018년 명진교통으로 노선 양수.

이삼화관광 - 2019년 M버스, 광역버스 사업 완전 철수.

천지교통 - 2019년 더월드교통으로 사명변경.

정희운수 - 2019년 세원교통으로 사명변경, 2020년 903번이 폐선되어 법인과 면허만 남아있다.

대한여객 - 2020년 공영급행에 흡수.

하이버스 - 2020년 한정면허 만료로 754번 폐선으로 인가가 취소되었다. 이후 하이건설로 사명 변경.