경기교통이 부도난 이후, 인기있던 노선들은 금방 배분되었지만 분당과 산본을 오가던 333-1번과 2300번만큼은 경기교통 시절에도 대표적인 적자노선 중 하나였기에 어느 회사에서도 운행하려 하지 않았다. 이 때문에 분당/산본 주민들은 이동을 하려면 대중교통을 이용하기 위해선 멀리 돌아가는 전철을 타거나 태화상운이 운행하던 시외버스[6], 아니면 자가용을 이용하는수밖에 없었다.

아무리 수요가 저조한 편이라도 고정 수요는 상당히 있었기에 대체 노선 신설 요구가 지속적으로 제기되었고 결국 2003년 7월 9일에 경기고속에서 대체 노선으로 개통하였다.

개통 당시에는 성남대로 직통이었지만 수요가 저조해 지금과 같이 내정로, 분당구청 경유로 노선을 바꿨다. 군포구간은 개통 후 지금까지 변동없다.

적자가 심하던 노선을 위험부담을 가지고 개통한 것이기 때문에 시외부에서 끌고 온 구형 차량들로만 운행하였다.

경기교통 시절의 안 좋았던 인식 때문에 경기고속이 운행한 이후에도 쓴소리를 많이 들으며 가시밭길을 걷자 군포시청에서는 주요 정류장에 현수막 설치, 지역광고 신문에 광고, 노선이 안 지나가는 아파트까지 게시판에 홍보문을 붙이는 등 피나는 노력을 하였지만 위에서 서술한 태생적 문제 때문에 개통한 뒤에도 1년 넘게 수요가 없었다.

이는 배차간격이 긴 원인이 되었으며 거기에 왜 똥차밖에 안다니냐는 민원까지 받자 과감하게 증차하였다. 하지만 증차 이후에도 감차되었다가 환원되었다가를 반복했다고.

그러다 개통한 지 1년하고도 시간이 더 흐르자 승객들에겐 불친절하고 결행운행을 밥먹듯이 했던 경기교통과 다르게 기사들이 친절하고 결행운행도 없다는 인식이 심어지면서 이 노선에 대한 입소문이 퍼졌고, 업체에서는 시외버스처럼 시각표를 승객에게 나눠주고 시각표가 바뀌는 대로 바로 버스 안에 부착해 알리는 등 승객들의 만족을 위해 노력하였다.

그 결과, 기존 자가용으로 출퇴근하던 사람들과 시흥시, 안산시에서 판교 및 분당 남부, 더 나아가 용인시[9]로 출퇴근하는 사람들의 수요를 산본역 환승을 통해 어느 정도 흡수하는데 성공하면서 출퇴근 시간 때 만차는 기본이고[10] 평시에도 어느 정도 좌석을 깔고 가는 노선으로 정착했다.

그 이후 그럭저럭 잘 운행하던 노선이 2007년 단국대학교 죽전캠퍼스 개교로 단국대학교 통학 수요도 생기면서 배차간격은 더 짧아지게 되었다.

2020년 11월 2일 경기도 공공버스로 전환되면서 인면허기관이 광주시에서 성남시로 변경되었다.

분당구로 들어가는 안양행 시내버스로는 303번이 있었지만 서판교, 청계산, 인덕원역을 거쳐 관양중까지만 갔던데다 배차간격이 영 좋지 않았다. 더군다나 판교에서 안양을 거쳐 과천으로 들어가는 103번이 자리를 잡으면서 303번은 결국 폐선되었다.

현재 15대로 운행하고 있는데, 문제는 공급이 수요를 버틸 수 없는 상황. 출퇴근 시간 지나서도 보통은 15분 간격으로 운행하지만, 대낮에 사람이 없다 싶으면 25~30분 간격까지 튀어버린다. 게다가, 출퇴근 시간 수도권제1순환고속도로의 정체가 극심하여, 심할 때는 '산본IC - 청계영업소' 구간이 20분 이상 걸리는 일도 벌어진다. 평시에 20분이면 판교IC까지도 간다. 대체노선은 이매촌한신 기준으로 3330번이 있지만 범계역만 경유하는데다 결정적으로 야탑역에서 웬만하면 자리가 다 깔린다. 그리고 분당 남쪽을 커버할 수 없다.

위에서 서술했듯이 KD 운송그룹의 노력이 돋보이는 사례 중 하나다. 막대한 적자를 감수하면서 과감하게 자선사업에 뛰어든 점과 무에서 유를 창조하는 사업전략은 최고라고 할 수 있다. 거기에 노선을 정말 기가 막히게 짜서 최대한 적은 차량으로 탕수를 늘리는 높은 효율을 보여주었다. 덩달아 2010년대 들어 판교, 분당 일대에 IT업체들이 대거 입주함에 따라 통근수요가 폭발적으로 증가한 것도 이 노선의 성장에 기여했다. [12]

산본역에서는 경기외고 방면이 3번출구 쪽에, 분당방면이 4번출구 쪽에 정차한다.

수요 특성상 평일과 주말의 배차간격 차이가 상당히 심한 노선이다. 평일에는 10분정도 배차로 시내버스 수준의 준수한 간격을 보여주나, 주말만 되면 30분씩 벌어진다.

경강선 월곶~판교 구간이 개통될 경우 1호선 안양역, 4호선 인덕원역에서 신분당선 판교역, 분당선 이매역까지 매우 빠르게 도달할 수 있다. 그런데 평촌과 안양역을 핵심으로 두고 운행하는 3330번과 달리, 이 노선은 평촌을 고속도로로 통과해 버리고 산본·당정 쪽으로 내려가므로 경강선과 수요처가 다르다. 이 때문에 경강선 연장개통 이후에도 3500번은 수요에 타격을 거의 입지 않을 가능성이 높다.

2020년 발생된 코로나19 사태로 인한 수요 급감의 사유로 한두대씩 감차되더니 평일 기준 9대로만 운행했었다. 이후 10월 5일부터 별도의 사유[14]를 기반으로 기존 운행댓수로 복귀, 정상운행을 실시한다.

지금은 장사가 잘 된다고 할 수 있는 노선이지만 차 상태는 개통 이후로도 오랫동안 변함이 없었다는 게 흠이다. 개통 당시에야 이 노선이 얼마나 오래 갈 지 몰랐기에 다른 영업소에서 운행하던 연식이 오래된 차를 긁어모아 운행했지만 2015년까지도 차 상태가 말이 아니었다. 제일 최신형 차량이 BH116 페이스리프트 버전이고 나머지 차종 중에는 스틸바디가 전멸 직전까지 있었던 상황이니...거기에 위에서 서술했듯 개통 직후 투입 차량은 예전 시외사업부에서나 쓰던 폐차 직전의 스윙도어 전문형[16] 똥차를 가져다가 운행했다고 하니...

2013년 현재 기준으로는 그나마 차량상태가 나아진 듯, 구형 로얄 럭셔리 1세대 차량은 교체되어 더 이상 외곽순환고속도로를 빌빌거리며 60km로 기어가던 모습도 이젠 추억, 남양주 출신 로알 럭셔리 2 가스차도 투입되었다. 그러다 2015년 11월 3500번에 드디어 FX 전문형 신차가 1대 들어갔다. 타 노선에서 운행하던 차량이 아닌 말 그대로 새차를 투입한 것.

2016~2017년 사이에 여러 차례 트레이드를 통해 기존 구형 로얄럭셔리는 9000번으로 이동시키고 경기순환버스 출신 FX116 차량을 상당수 투입하여 이제는 대부분의 차량이 FX116이 되었다.

2017년 말에 로얄럭셔리2 가스차량 대차분으로 FX116 하모니 가스 차량을 출고했다. 이후 타 영업소 BH116 디젤차량 대차분으로 추가투입되어 4대 존재한다.

기종점 간 첫/막차가 얼마 차이나지 않는데, 군포 종착 차량은 운행종료 후 KD 안양차고지에서 주박한다. (호계운수 주변) 현재는 부곡공영차고도 쓰는 것으로 보인다

대원교통 9202번 출신 BH116 F/L 차량도 2대 있었다. 5500번에서 운행하던 차량으로 2016년에 3500번의 로얄럭셔리1 차량을 대차하며 들어온 차량이었다. 하지만 현재는 모두 폐차말소되었다.

2020년 6월에는 2009년식 차량 대차분으로 시외부 출신 FX II 116이 대량으로 투입되어 다니고 있다. 일부는 M버스 출신 초기형 FX116 대차분이었으나 유니버스 프라임 투입으로 1대를 제외하고 다른노선으로 이동하였다.

파일:Seoulmetro1_icon.svg 수도권 전철 1호선: 당정역[18]

[[파일:Seoulmetro4_icon.svg|width=17][ 수도권 전철 4호선: 산본역

파일:GyeonggangLine_icon.svg 수도권 전철 경강선: 판교역

파일:SBLine_icon.svg 수도권 전철 수인·분당선: 서현역, 미금역, 오리역

파일:SinbundangLine_icon.svg 신분당선: 판교역, 미금역