9409번 광역버스가 전신이다. 관련 내용은 9409번 문서를 참조.

2012년 2월 28일에 9409번의 죽전, 강남대로, 소월로 구간을 단축하고 번호를 9401번의 지선처럼 변경하였다.

입석 금지가 시행되면서 9401번의 증차를 위해 2014년 7월 16일에 폐선되었다. 남는 차량은 9401번으로 모두 이동했다.

서울특별시 광역버스 노선들 중 최초로 노선번호에 A/B 구분이 들어갔다. 다만 본선 취급을 받은 9401번에는 A가 붙지 않았다.

9401번과 함께 서울역버스환승센터를 경유하고 고속도로를 달리는 둘 뿐인 서울시 광역버스 노선이었다.

운행 경로를 보면 알겠지만, 9000번과 모두 겹쳤다. 아니, 먼 옛날 서울시 소재 남성교통이 광주시 소재 경기고속과 9000번을 공동 배차하다가 개편 이후 폐선시킨 전례(9402번)가 있으니 사실상 9402번의 부활.

비어 있는 번호인 9402번이 아닌 9401B로 한 이유는 인지도가 9401번이 좀 더 높기 때문이라고 한다. 간단하게 생각하면 9401번 자체를 두 회사가 공동 배차한다고 생각하면 된다. 대신 B를 붙였기에 서로 간 환승은 가능했다.

여담으로 5대는 신형에 가까운 현대 에어로 스페이스를 쓰고 8대가 현대 유니버스로 대체했다. 다만 TOPIS에는 약간 오류가 있었는지 대차 초기엔 저상버스로 표기되어 있었다. 4권역을 운행하는 서울특별시 면허 광역버스 중에서는 처음 도입된 현대 유니버스 차량들이었다.

9401번의 존재감을 이용했고, 서울시 광역버스가 경기도 직행좌석버스보다 150원 저렴했기 때문에 분당에서도 수요는 나름 있었다. 하지만 같은 구간에 9000번이 좀 더 잘 와서 고전했다.[4] 승객 수는 분당-도심광역 중 꼴찌였다. 7007-1하고도 300명밖에 차이 안 나니까 말 다했다. 9000번은 6천 명대, 물론 출·퇴근 시간에는 이 노선도 얄짤없이 미어터졌다.

9401번처럼 차량 외부에 '서현역 직통'이라고 붙어 있었다. 다만 서현역이 길가에 있는 역이 아닌지라 초행자들은 정류장명을 숙지해야 했으며, 해당 정류장에서 서현역이 좀 떨어져 있다. 이는 9401번과 통합된 현재도 그렇다.

돌마로를 지나는 9401번과 달리, 한 블록 옆인 내정로[7]로 들어갔다.[8] 9401B번의 폐선 후, 내정로에 가는 서울 시내버스는 9404번 뿐이다.

정말 잘 밟고 다니던 노선이었다. 메이저 고속은 물론 부산교통(!), 경전고속 심지어는 폭주로 유명한 경원고속 등 스피드로 쟁쟁한 영남권 시외버스 회사마저도 따고 다닐 정도였다. 에코드라이빙 따위 무시하고 기본 113~115, 심하면 135 정도도 예사. 9401번은 워낙 차가 많아서도 느려졌는데, 9401B번은 마치 45-2, 906, 909 스피드 3성 시절로 돌아간 듯한 스피드가 일품이었다. 개편 후 서울 시내버스가 맞나 의심갈 정도로 경부고속도로의 패황이었다.

수도권 전철 1호선 : 종각역[13], 서울역

서울 지하철 2호선 : 을지로입구역

수도권 전철 4호선 : 서울역

수도권 전철 5호선 : 광화문역

수도권 전철 경의·중앙선 : 서울역[14]

분당선 : 오리역, 서현역[15]

신분당선 : 판교역[16]

인천국제공항철도 : 서울역

일반 철도역 : 서울역(KTX, ITX-새마을, 무궁화호, 누리로)