1991년 게임보이용으로 발매된 메트로이드 시리즈의 두 번째 작품이자 첫 휴대용 작품.

요코이 군페이는 R&D1팀의 상징적 타이틀인 메트로이드의 후속작을 당시 R&D1이 개발하고 있던 게임보이로 제작하기로 마음먹었고, 그 결과 탄생한 것이 메트로이드 II 사무스의 귀환이다. 오리지널 메트로이드가 리들리 스콧의 에일리언의 영향을 받았다면, II는 다수의 메트로이드를 때려잡으며 결국엔 퀸을 제거하는 것까지 제임스 카메론의 에일리언 2에 모티브를 얻었다고 한다.

메트로이드 1편의 사건으로 메트로이드의 위험성을 인식한 은하연방은 사무스에게 메트로이드의 고향이자 한때 조인족의 땅이었던 행성 SR388에 진입하여 메트로이드를 섬멸하라는 임무를 부여한다.

스테이지가 진행됨에 따라 점점 더 진화해가는 메트로이드들을 섬멸해 가면서, 마침내 메트로이드를 낳을 수 있는 유일한 존재인 퀸 메트로이드마저 물리친 사무스는 이제 막 깨어난 베이비 메트로이드와 마주치게 된다. 베이비 메트로이드는 사무스를 엄마로 각인하게 되고 그녀의 모성애를 일깨운다. 결국 사무스는 메트로이드를 멸종시키라는 은하연방의 명령을 거부하고 베이비와 함께 SR388을 떠나게 된다.

게임 시스템은 전작과 비슷하지만 게임 구조는 1편과 달리 선형적으로 구성되어 있다. 모든 메트로이드를 남김없이 없애야 하며, 한 지역의 메트로이드를 모두 없애야 다른 지역으로 가는 길이 열리는 형식. 모든 시리즈 중 가장 목표가 간단하고 일직선이다. 또한 게임보이의 한계 때문에 변경된 부분도 있었는데, 흑백 화면으로는 갑옷 업그레이드를 컬러로 표시할 수 없었기에 대신 추가된 사무스의 동그란 어깨 패드는 이후 메트로이드 시리즈의 특징 중 하나가 되었다. 새로운 능력으로 무한히 회전 점프를 할 수 있게 해 주는 스페이스 점프, 모프 볼 상태로 벽과 천장을 탈 수 있게 해 주는 스파이더 볼, 모프 볼 상태로 점프를 할 수 있게 해 주는 스프링 볼이 새롭게 추가되어 이동의 자유도는 시리즈 중 최고 수준에 세이브 포인트가 추가되어 저장이 좀 더 간편해졌다.[2] 에너지/미사일 충전 시설도 추가되어 회복이 편해진 건 덤. 다만 빔 능력이 여전히 겹쳐지지 않아서 마지막은 다시 아이스 빔이 강요된다거나, 여전히 지도를 주지 않아서 길을 헤메며 메트로이드와 다음 지역 입구를 찾아야 하는 1편의 단점도 여전히 계승되어 있다. 이 점은 후속작인 슈퍼 메트로이드에서 해결된다.

전체적으론 시리즈 첫 작인 1편의 뼈대를 살려서 이런저런 색다른 시도를 해 본 게임. 시스템을 정립한 것은 슈퍼 메트로이드라 크게 부각되지 않지만 메트로이드 퓨전은 스토리와 게임 무대인 B.S.L.부터 2편의 뒷이야기를 다루며 등장하는 적, 진행 방식도 2편의 느낌을 강하게 느낄 수 있다.

여담이지만 2D 시리즈 중 유일하게 미사일을 처음부터 30발 주고 시작하는 게임. 이게 웬 떡이냐 싶지만 대신 메트로이드는 빔 따윈 안 먹히고 미사일로만 잡을 수 있다.[3] 미사일 충전시설도 있지만 메트로이드를 잡을 미사일은 항상 남겨두는 것을 추천한다.

여담으로 시리즈 중 유일하게 보스 퇴치 후 긴급 탈출 전개가 없는 작품이다. 다른 메트로이드 시리즈에 익숙해진 플레이어는 좀 싱겁게 느껴질 수도 있을 듯(...).

크기도 작고 패턴도 들이박는 것 뿐. 체력도 꾸지다.

약간 어렵다. 크기도 좀 크고 전기 휘두르는 공격은 방어 판정이 있어서...

2에서 나오는 보스 중 유일하게 메트로이드가 아닌 녀석. 공 모양으로 점프하다 착지해서 탄 쏘기. 봄을 갈겨주다 보면 끝. 처치시 스프링 볼 획득.

본격적으로 어려워진다. 밑에서는 방어 판정이 있고 공격도 화염을 날리는 좀 위협적인 녀석. 덤으로 이녀석은 머리를 쓰는건지 가만히 있다가 돌격하는 등 좀 많이 어렵다.

최종 진화. 장난 아니고 정말 어렵다. 피격하는 건 그래도 제타보단 쉬우나 그걸 커버하는 맷집이 쎄다. 죽기살기로 미사일을 때려박자.

녀석들이 있는 곳 근처에 아이스 빔이 있으니 얻어주고 아이스&미사일5발.

최종 보스. 그래도 컨트롤만 잘 한다면 오메가보다는 쉽다.

패턴
목 날려서 공격: 목을 날려서 머리로 공격. 그 후 대부분 입을 연채로 쾌속 돌진하기도 하는데 미사일을 쳐박으면 잠시 경직. 이때 모프볼로 입으로 들어가주면 녀석에 핵에 들어가서 큰 대미지를 줄 수 있다

메트로이드 제로 미션을 기반으로 한 AM2R(Another Metroid 2 Remake)이라는 이름의 팬 리메이크가 제작되었다. 자세한 것은 문서 참조.

E3 2017면에 뜬금없이 3DS용으로 리메이크된다는 소식이 알려졌다. 발표만 되고 알려진 게 없는데도 메트로이드 프라임 4만으로도 메트로이드 팬들의 엄청난 환호소리가 들리는데, 인게임 영상에 발매 날짜까지 잡힌 3DS판 리메이크가 공개되면서 그야말로 미쳐 날뛰고 있다.

그리고 E3 2017년도에 시범과 예고편을 공개하면서 확정되었다. 자세한 건 메트로이드 사무스 리턴즈 문서 참조.

괴악한 내용물의 CM으로도 유명한 게임이다. 시작부터 괴상한 인사Hi GAME BOY!를 하거나 묘하게 하이톤인 나레이터의 말투부터 시작해서 영상 전체가 개드립의 향연이다(...). 특히 마지막에 나온 오모로이드드립은 슈퍼 마리오 RPG에서도 패러디되는 등 훌륭한 네타 요소로 남았다.