2002년 12월 1일부터 Rwandair Express라는 이름으로 키갈리-나이로비, 부줌부라로의 운항을 시작했다. 2009년부터는 본격적으로 노선을 확장하고, 지금의 르완다에어라는 이름으로 새롭게 태어났다. 2011년에는 보잉사로부터 아프리카 국적 항공사 처음으로 Sky Interior를 적용한 B737-800를 구매하였다. 2009년부터 순차적으로 늘어난 취항지는 2014년 해외 14개, 국내 2개로 성장 중. 2013년에는 올해의 아프리카 중소형 항공사에 선정되기도 했다.

2017년 8월에는 서아프리카 베냉의 코토누 국제공항을 제 2의 허브 공항으로 삼았다. 코토누에서 서아프리카 여러 국가로 절찬리 운행 중. 취항지는 더 늘어날 것으로 보인다.

1994년 르완다 내전의 영향으로 세계 최빈국 중의 하나였던 르완다지만, 국영 항공사를 가지게 된 데에는 지금의 대통령이자 2002년 당시 르완다의 국방 장관이었던 폴 카가메가 관련되어 있다. 당시에는 르완다에 국영 항공사가 없어서 국가 수반 등의 주요 인사가 해외를 갈 때 이웃나라 케냐 항공을 전세로 이용했었는데 이 케냐 항공이 가끔 우월한 지위를 이용하여 갑질(!)을 할 때가 있었다고 한다. 그래서 이에 자존심 상한 르완다가 '그래, 그럼 우리도 못할 거 없지!'라고 하면서 르완다에어를 만들었다는 썰이 있다.

국영 항공사인 만큼 99%의 지분을 르완다 정부가 소유하고 있다. 민간 매각 계획이 있었지만 이는 당분간은 어려울 듯.

2018년 6월 기준, 르완다에어의 취항도시는 다음과 같다.

르완다에어에 따르면 2018년 내 중국 광저우, 에티오피아 아디스아바바 에도 취항할 계획이라고 한다. 올해는 아니지만 말라위 릴롱웨, 남아프리카공화국 더반도 취항 예정 도시로 계획되어 있다고 한다.기사참조

한편 르완다에어는 뉴욕도 취항할 계획이라 한다. 2019년 6월쯤 예상하며 A330 neo 기종을 들여와 취항한다고 한다.

2018년 6월 기준, 키갈리 - 루사카 - 요하네스버그 구간[17]과 키갈리 - 요하네스버그 구간[18]에 남아프리카 항공이 코드셰어 중이다.

2018년 3월 기준 12대의 기종을 보유하고 있다.

드림마일즈(Dream Miles)라는 상용고객제도를 운영하고 있으며 다음과 같다. 유효기간은 2년이며 2년이 지나면 순차적으로 만료된다. 현재는 다른 항공사 이용 시 적립할 수 없지만 추후에는 제공 예정이라 한다. 드림마일즈로 추가 수하물 결제, 업그레이드, 항공권 구매 등 다른 상용고객제도와 같이 사용할 수 있도록 되어있다. 드림마일즈의 클래스는 다음과 같다.

이 항공사는 르완다의 국적항공사라는 이유만으로 무시 받거나 과소 평가 받는 경향이 있는데 아프리카에서 가장 빠르게 성장하고 있는 항공사 중 하나이다. 일단, 르완다의 위치 자체가 아프리카 정중앙에 있다보니, 서아프리카에서 동아프리카로 가는 환승 장사를 짭잘하게 하고(반대의 경우도 마찬가지), 동아프리카 지역 내에서도 괜찮은 항공사의 위상을 차지하고 있다. 승객들에게 좋은 점이라면 티켓 일정을 한번 바꿀 때는 수수료가 없다는 점. 지금도 여행사에서 르완다에어의 티켓을 발권하면 이 이름으로 나온다.

생각보다 기내식이 맛있다고 한다.

아프리카 항공사답게(?) 국제선 노선에는 이코노미 클래스 기준 23kg 수하물 2개를 허용해준다.

구글플라이트나 카약닷컴, 스카이스캐너로 르완다에어 항공편을 예약할 경우, 르완다에어 공식사이트로만 접속이 된다. 또한 가격대가 생각보다 비싸다.

기내 잡지로는 Inzozi라는 이름의 잡지가 있다. 르완다에어 홈페이지에서도 볼 수 있다.

한 때 르완다에어 한국인 승무원 채용으로 핫이슈가 되었다. 국내 한 항공사 승무원 채용학원에서 접수 대행 및 면접 주체를 한다며 홍보했고, 접수비 및 채용 진행 비용으로 어마어마한 비용을 예비 승무원들에게 요구했다. 최종합격했다는 소식까지 들려왔지만 정작 르완다에어에서는 한국인 승무원 채용공고를 낸 적이 없다고 했다. 또한 채용진행은 르완다에어 공식사이트에서'만' 가능하고 대행학원을 통해서는 채용진행을 하지 않는다는 공지도 올라왔었다. 즉 사기극이었던 것. 인터넷 뉴스 르완다에어 공지사항