한의사의 권익옹호사업과 의료질서 확립에 기여하기 위해 설립된 대한민국 보건복지부 소관 특수법인이다. 이 단체의 설립 근거는 의료법 제28조에 기초한다.

대한민국의 한의학 분야 최고의 이익집단이기도 하다.

대한의사협회와 앙숙으로 오랜 기간 의료 제도 개편과 관련하여 마찰을 빚어 왔다. 심지어 영문명 표기를 놓고서도 소송전이 벌어진 적도 있다. 대한한의사협회는 본래 영문명을 Association of Korean Oriental Medicine으로 써왔으나 동양 비하적인 Oriental을 삭제하여 현재와 같은 명칭으로 변경했는데, 대한의사협회에서 한의사의 의사 따라하기라며 소송을 건 것. 결과는 대한한의사협회의 승리로 끝나서 현재의 영문 명칭이 사용되고 있다. 다만 영문 약칭은 과거 명칭에서 유래한 AKOM을 쓰고 있다. 굳이 따지자면 현재는 Association of Korean Medicine이라는 뜻이라고 해석할 수 있긴 하지만... 2018년 9월 대한의사협회에서 한방 치료를 받다가 부작용이 생긴 환자는 앞으로 치료하지 않겠다고 선언해 갈등이 더욱 심화되고 있다. 도대체 학창시절에는 의예과 출신과 한의예과 출신이 서로 어떻게 지냈을지 궁금할 지경이다. 부산대 : ???

1990년대에 약사의 한약 취급과 관련해서 대한약사회와 마찰을 빚기도 했으나 최근에는 의협에 대항하기 위해 두 단체가 협력하는 모습을 보이고 있다.#

최근 한의협은 의사와 한의사 면허를 모두 가지고 있는 의료인들이 설립한 한국의사한의사 복수면허자협회를 우군으로 끌어들이려 하는 모습을 보이지만, 복수면허자협회는 사안별로 협력하면서도 일방적으로 편을 들려고 하지는 않아서, 두 단체가 동상이몽(...)을 하고 있다는 시각이 있다. 관련 기사. 참고로 이 기사는 꽤 오래된 기사(2010년도)라서 사단법인인 현재의 복수면허자협회가 아니라 사단법인이 아니던 시절의 전신인 동서의학회를 언급하고 있다.

대한의사협회와 반대로 문재인 케어를 지지한다. 해당 문서 참고.

의료일원화와 관련해서는 한의사들 사이에 의견이 분분하나 젊은 한의사들을 중심으로 점점 찬성 의견이 많아지고 있는 듯하다. 2018년 최혁용[1] 대한한의사협회장은 중국식 의료일원화를 2020년까지 실현해내겠다고 공언했다.#