95번의 과부하를 해결하기 위해 2018년 11월 19일에 두 노선 모두 신설되었다.

2019년 1월에 99-1번이 미금중에서 자연앤e편한세상까지 연장되었다. 그리고 첫차가 7시에서 6시 40분으로 조정되었다. 막차는 그대로 8시 반.

이 노선이 신설되기 전에는 95번에 승객들이 몰렸는데[1] 아침에는 도농회차지.미금중학교 이후부터 아예 타지도 못하는 경우가 많았다. 이 문제를 해결하기 위해 99번이 신설되는 한편, 도농/미금 지역에서 버스를 타지 못하는 일이 없도록 미금중에서 출발하는 99-1번도 함께 신설되었다. 99-1번은 평일 출근시간대에만 99번 차량을 가져와 운행한다.

구리역에서는 기존 95번이 구리역 중앙버스전용차로 정류장에 정차하지 않고 1번 출구 앞 마을버스 정류장에 정차해 구리역에서 승객들을 하차시키고, 회차한 다음 다시 다산신도시 방향으로 되돌아 나올 때 롯데백화점.구리역입구 중앙버스 정류장(22230)에 정차한다. 덕분에 다산신도시에서 구리역을 가기 위해 이 버스를 이용하는 사람들은 중앙버스전용차로 정류장에서 횡단보도를 건널 필요 없이 바로 구리역으로 들어갈 수 있다.

인가 상 99번은 미금중(23110~1)에, 99-1번은 어린이공원7예정지(49824~5)에 정차하는 걸로 되어 있다 후자는 99-1번만 정차하는 걸로 되어 있다.

NEW BS090 3대로 운행한다. 1대는 65-1번, 나머지 2대는 대원고속 521번에서 면허를 전환하여 차출되었다.

이 노선의 배차간격이 길다보니 아직도 대부분의 사람들은 95번 버스를 이용한다.

본 노선과 비슷한 방식으로 운행하는 96-1번과 달리 측면과 후면에 99-1번이 함께 표시되어 있다. 힐스테이트 연장 이후에는 99번과 똑같은 양식에 기점만 힐스테이트로 수정되었다.

파일:GJLine_icon.svg 수도권 전철 경의·중앙선: 구리역