1999년 가톨릭 이념과 꽃동네의 인간존중 사상을 바탕으로 인류 복지를 구현하는 인재 양성을 위해 '꽃동네현도사회복지대학교'라는 이름으로 설립되었다. 그러나, 긴 교명으로 인한 혼란을 줄이고자 교명 변경을 추진하여, 2011년 7월 12일 '꽃동네대학교'로 변경하였다. 해당 교명 변경 당시 학교 측이 일방적으로 교명을 변경하여 큰 논란이 있었다. 방학기간 동안은 절대 변경하지 않는다고 하였으나, 방학기간에 바꾸어 버리는 큰 배신을 한 것이다. 이 일로 학교의 동문들 일부가 학교에 등을 돌리는 사태를 초래하게 된다.

2015년 대학구조개혁평가에서 D+등급을 받았다. 2016년도 신/편입생에게는 국가장학금 지급이 중단되며, 정부 재정 지원 사업 참여 역시 제한된다. 다만 D+등급은 D-등급과는 달리 학자금 대출에는 제한이 없다. 2017년도 평가에는 국가장학금 제한은 해제되었지만 정부재정지원제한은 유지되었다.

2018년 문재인 정부의 대학구조정책인 대학기본역량진단에서 최근 3년간 대학의 실적 자료를 활용해 교육 및 대학운영의 건전성, 수업 및 교육과정 운영, 학생 지원, 교육성과 등과 관련된 정량 지표와 대학의 교육여건 개선을 위한 노력을 진단하는 정성 지표를 기반으로 재평가 받아 대학구조개혁평가의 A/B등급에 해당하는 '자율개선대학'으로 결과를 받았다.

소규모의 학교이며 학생 수가 적다. 학부생 적기로 유명한 같은 청주시의 한국교원대학교의 1/4 정도.

2014년 5월 경 14학번 신입생이 교내 기숙사 옥상에서 떨어져 숨지는 사건이 발생하였다. 기숙사 옥상 입구 관리를 소홀히 했던 것이 화근. 이 사건 이후 남자기숙사 옥상은 항상 닫혀있고 기숙사 내에서 술을 마시지 못하게하였다. 그런데 학교 운동장이나 다른 곳에서 마시고 들어오는건 된다. 학교 측에서는 학생을 대상으로 심리치료나 상담을 받을 수 있게 조치를 하였다. 관련 기사가 존재했으나, 학교 측의 요청으로 사라진 듯 하다.