잭 바우어의 딸, 킴 바우어는 친구인 재닛과 생판 모르는 남성 둘과 만나 파티를 벌이다가 그 둘에 의해 납치당하고, 얼마 안 있어 재닛의 아버지로 위장한 테러리스트에 의해 아내가 납치당하게 된다. 그 둘을 담보로 게인즈라는 테러리스트가 잭 바우어에게 데이비드 파머의 암살을 강요한다.

아내와 딸을 구출하는 데 성공하지만, 또다른 위협이 그들을 기다린다. 세르비아의 테레리스트인 드레이즌 가족은 잭 바우어의 아내와 딸을 사살하기 위해 음모를 꾸민다.

아내는 다행히 토니 알메이다의 도움으로 구출당하지만, 딸인 킴은 CTU로 이송되는 과정에서 또다시 납치되고, 드레이즌 가족은 잭 바우어를 이용해 또다시 암살을 계획한다.

시즌 중 잭 바우어는 시즌 초반이니만큼 10명의 적들을 사살한다. 오히려 초반에 비행기를 폭파한 맨디(Mandy) 라는 여성 테러리스트가 항공기에 있던 승객 전부를 죽여서 킬 수가 더 많다. (...)

본래 시청률이 낮을 것을 고려해 두 개의 엔딩을 미리 만들어놓았고, 시즌 1이 골든 글로브 상을 받게 되고 시청률이 좋게 나오자 테리가 죽는 게 정식 엔딩으로 채택되게 된다.