도쿄도가 제작한 23종의 포스터에서 인천 장애인 아시안 게임 동메달리스트인 배드민턴 선수 스기노 아키코(杉野明子)의 경기 장면과 함께 "장애는 변명에 지나지 않는다. 졌다면, 자신이 약한 것일 뿐"이라는 문구를 담았는데, 마치 장애인에게 변명하지 말라며 다그치는 것처럼 비친다는 것이다. 비난을 쏟아지자 결국 포스터를 철거했다.#

한일 무역 분쟁 중이던 2019년 8월에는 2020 도쿄 패럴림픽에서 사용될 금은동 메달 디자인에 욱일기가 들어갔다는 논란이 한국에서 제기되었다.# 한국 측에서는 대한민국 선수들이 욱일기를 목에 걸게 좌시할수 없다며 도쿄 올림픽/패럴림픽 출전 보이콧 여론이 점차 높아지고 있다. 하지만 앤드루 파슨스 국제패럴림픽 위원장은 "전혀 문제없다. 패럴림픽 메달은 일본 부채의 이미지를 반영한 것"이라며 한국의 디자인 수정 요청을 단칼에 거절했다. #

2020년 전 세계에 판데믹 사태를 일으킨 코로나바이러스감염증-19 사태로 인해 2020 도쿄 올림픽이 1년 연기되면서 2020 도쿄 패럴림픽도 함께 1년 연기되었다.

개최국 일본은 2016 리우데자네이루 패럴림픽에서 노골드의 수모를 기록했기 때문에, 이 대회에서 설욕하기 위해 고군분투할 가능성이 높다.

2019년 5월, 명예고문으로 전 자유민주당 총재 다니가키 사다카즈가 임명되었다.

2019년 7월 30일, 신규 포스터 디자이너로 아라키 히로히코가 참가한다.[2]